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boboviz oggi lo ricontrollo, grazie Nub (31.05.22, 11:53)
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Antonio Cerrato con il nuovo progetto dell'AIRC, quello del covid sembra girare bene (31.05.22, 11:26)
Antonio Cerrato l'app di dreamlab non si apre più oppure mi segna 600 ore con 0 calcoli (intanto questa mattina ho avvisato la pagina instagram dell'airc del nuovo progetto) (31.05.22, 11:15)
Nubman Avrebbero dovuto lasciare il Formula BOINC così com'era negli anni precedenti (29.05.22, 09:50)
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valterc boh, apro un thread... (24.05.22, 16:57)
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Pubblicazioni 03/08/2020 18:28 #134414

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Fatto il solito giro di aggiornamenti....


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Pubblicazioni 19/02/2021 22:16 #135684

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Altro giro di aggiornamenti semestrale (oltre ad aver spostato alcuni progetti nei chiusi e riportati in vita altri, tipo Van der Waerden)


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Pubblicazioni 19/06/2021 07:18 #136532

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Pubblicazioni WCG mancanti nell'elenco attuale
(inserisco anche quelle che ho segnalato nei giorni scorsi nel thread dedicato al WCG)

# Progetto Drug Search for Leishmaniasis
Carol V. Mesa et al. (2015) ‘In Silico Screening of Potential Drug with Antileishmanial Activity and Validation of their Activity by in Vitro and in Vivo Studies’, Journal of Chemistry and Chemical Engineering, 9(6). doi: 10.17265/1934-7375/2015.06.002.
Link: www.davidpublisher.o...dex.php/Home/Article/index?id=20345.html


# Progetto Computing for Clean Water
Xiong, W. et al. (2011) ‘Strain engineering water transport in graphene nanochannels’, Physical Review E, 84(5), p. 056329. doi: 10.1103/PhysRevE.84.056329.
Link: journals.aps.org/pre/pdf/10.1103/PhysRevE.84.056329



# Progetto "Microbiome Immunity Project"
- Gligorijević, V. et al. (2021) ‘Structure-based protein function prediction using graph convolutional networks’, Nature Communications, 12(1), p. 3168. doi: 10.1038/s41467-021-23303-9.
Link: www.nature.com/articles/s41467-021-23303-9



# Progetto "Discovery Dengue Drugs"
- Malmstrom, R. D. (2011) Discovering Dengue Drugs-Together: Grid Scale Virtual Screening with Mean Field Free Energy of Binding Rescoring. Dissertation. The University of Texas Medical Branch. Available at: hdl.handle.net/2152.3/763 .


# Progetto "Help Defeat Cancer"
- Yang, L. et al. (2007) ‘High Throughput Analysis of Breast Cancer Specimens on the Grid’, in Ayache, N., Ourselin, S., and Maeder, A. (eds) Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention – MICCAI 2007. Berlin, Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg, pp. 617–625. doi: 10.1007/978-3-540-75757-3_75.
Link: link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-540-75757-3_75


Yang, L. (2009) ‘Robust segmentation and object classification in natural and medical images’. doi: 10.7282/T3DN458J.
Link: rucore.libraries.rutgers.edu/rutgers-lib/26109/PDF/1/play/


Foran, D. J., Chen, W. and Yang, L. (2011) ‘Automated Image Interpretation Computer-Assisted Diagnostics’, Analytical Cellular Pathology, 34(6), pp. 279–300. doi: 10.1155/2011/239761.
Link: downloads.hindawi.com/journals/acp/2011/239761.pdf



# Progetto "AfricanClimate@Home"
- Tadross, M. et al. (2010) Modelling the Influence of Vegetation, Soil Moisture and Aerosols on Early Summer Southern African Climate. Report to the Water Research Commission WRC Report No. 1681/1/10. Available at: www.wrc.org.za/wp-content/uploads/mdocs/1681-1-101.pdf .


# Progetto The Clean Energy Project
Aspuru-Guzik, A. (2016) Towards 3rd generation organic tandem solar cells with 20% efficiency: Accelerated discovery and rational design of carbon-based photovoltaic materials through massive distributed volunteer computing. DE--SC0008733, 1330957, p. DE--SC0008733, 1330957. doi: 10.2172/1330957.
Link: www.osti.gov/servlets/purl/


Amador-Bedolla, C. et al. (2013) ‘Organic Photovoltaics’, in Informatics for Materials Science and Engineering Data-driven Discovery for Accelerated Experimentation and Application. Butterworth-Heinemann. Available at: doi.org/10.1016/B978-0-12-394399-6.00017-5.

Olivares-Amaya, R. (2012) Quantum Chemistry in Nanoscale Environments: Insights on Surface-Enhanced Raman Scattering and Organic Photovoltaics. Doctoral dissertation. Harvard University. Available at: nrs.harvard.edu/urn-3:HUL.InstRepos:9453699.

Pyzer-Knapp, E. O., Simm, G. N. and Aspuru Guzik, A. (2016) ‘A Bayesian approach to calibrating high-throughput virtual screening results and application to organic photovoltaic materials’, Materials Horizons, 3(3), pp. 226–233. doi: 10.1039/C5MH00282F.
Link: pubs.rsc.org/ko/content/getauthorversionpdf/C5MH00282F



# Help Cure Muscolar Dystrophy
Nadalin, F. and Carbone, A. (2018) ‘Protein–protein interaction specificity is captured by contact preferences and interface composition’, Bioinformatics. Edited by A. Valencia, 34(3), pp. 459–468. doi: 10.1093/bioinformatics/btx584.
Link: academic.oup.com/bio...article-pdf/34/3/459/25117036/btx584.pdf


Sacquin-Mora, S. (2011) Représentations gros-grain pour la modélisation des protéines : Propriétés mécaniques et interactions. Université Paris-Diderot - Paris VII. Available at: tel.archives-ouvertes.fr/tel-00652917/document.


# Progetto FightAIDS@Home
Deng, N. et al. (2015) ‘Distinguishing Binders from False Positives by Free Energy Calculations: Fragment Screening Against the Flap Site of HIV Protease’, The Journal of Physical Chemistry B, 119(3), pp. 976–988. doi: 10.1021/jp506376z.
Link: pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/jp506376z


Lin, Y.-C. et al. (2011) ‘Structural basis for drug and substrate specificity exhibited by FIV encoding a chimeric FIV/HIV protease’, Acta Crystallographica Section D Biological Crystallography, 67(6), pp. 540–548. doi: 10.1107/S0907444911011681.
Link: scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?S0907444911011681



# Progetto OpenZika
Ekins, S. et al. (2020) ‘Déjà vu: Stimulating open drug discovery for SARS-CoV-2’, Drug Discovery Today, 25(5), pp. 928–941. doi: 10.1016/j.drudis.2020.03.019.
Link: www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S1359644620301458
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Pubblicazioni 13/07/2021 12:28 #136569

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Come su suggerimento del buon Nik78 ho cominciato una "transizione" dei link delle pubblicazioni al sistema DOI.
La cosa sarà "mista":
- DOI per i link generici, agli abstract
- vecchi link diretti ai pdf che sono inaccessibili via DOI.

Per dire, tutti i vecchi link del progetto GPUGRID sono sbagliati, avendo spostato tutto su altre piattaforme...

Mi ci vorranno settimane


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Pubblicazioni 27/08/2021 22:16 #136640

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Nuova pubblicazione in arrivo per il progetto Help Cure Muscolar Dystrophy del WCG.

Per il momento abbiamo il pre-print.
- Dequeker, C. et al, From complete cross-docking to partners identification and binding sites predictions, pre-print, doi: 10.1101/2021.08.22.457276
Link: www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.08.22.457276v1

Qui l'annuncio della prof.ssa Carbone: Invalida chiave consumatore / segreta in configurazione
(magari fatelo ri-twittare dall'account del gruppo)
Ringraziano per il messaggio: boboviz

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Pubblicazioni 16/09/2021 17:13 #136681

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Mi ci vorranno settimane


Son stato troppo ottimista :muro:


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Pubblicazioni 28/11/2021 23:30 #136993

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Son stato troppo ottimista :muro:


Finita!! Finita!!
Ho passato, dove ho potuto, i link al sistema DOI .
Inoltre: moltissimi link sono passati da http ad https e alcuni progetti avevano cambiato completamente sito (gpugrid, per esempio).

Adesso un pò di riposo, poi il solito "aggiornamento" periodico.


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Pubblicazioni 06/02/2022 16:29 #137264

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Adesso un pò di riposo, poi il solito "aggiornamento" periodico.


Aggiornamento periodico completato!!


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Ringraziano per il messaggio: sabayonino

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Pubblicazioni 06/02/2022 18:27 #137265

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Riposati ! :asd:

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Pubblicazioni 07/02/2022 16:41 #137267

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Riposati ! :asd:


Grazie ancora mille per le iconcine!!!


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