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Tutto il materiale presente in queste pagine è libero e di pubblico utilizzo. Vi chiediamo di citare la fonte nel caso fosse utilizzato.

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Gentili visitatori di questa sezione,
varie volte è stato chiesto se il lavoro dei nostri pc fosse realmente utile alla scienza. Abbiamo quindi pensato di raccogliere le pubblicazioni scientifiche (seguendo il motto "publish or perish") che è stato possibile reperire per i progetti scientifici BOINC. Sono inoltre presenti le pubblicazioni che riguardano l'infrastruttura BOINC e quelle Condor (che da tempo è accessibile attraverso Boinc) ed XtremWeb.
Il lavoro è stato lungo e non senza difficoltà, ma è stato anche un modo per scoprire chi, in maniera abbastanza visionaria, alla fine degli anni 80 sosteneva che fosse necessario "andare a caccia della potenza inutilizzata delle workstation" e, a metà degli anni 90 (quando si andava con il SupraFaxModem 14400), suggeriva di "suddividere il lavoro attraverso la rete internet".

Il tutto deve essere preso con beneficio di inventario per i seguenti motivi:
1) NON tutti i progetti indicano le pubblicazioni (soprattutto quelli di argomento matematico).
2) Quelli che pubblicano la sezione "results", molto spesso NON la aggiornano. Abbiamo cercato sui vari motori di ricerca scientifici (Pubmed, Arvix, ecc) di dare una situazione aggiornata del tutto.
3) Alcuni progetti indicano tutte le pubblicazioni del team di ricerca/dipartimento di facoltà, SENZA specificare chiaramente quali sono quelle legate a BOINC. Abbiamo cercato di rintracciare quelle corrette.
4) Alcuni progetti (come, per esempio, Edges) hanno poche pubblicazioni riguardanti la scienza vera e propria, ma molte legate all'infrastruttura BOINC.
5) Le piattaforme e i progetti talvolta si intersecano tra di loro (es EGEE, Sztaki, Extremadura e Almeregrid).  
6) Abbiamo cercato di dare precedenza a pubblicazioni su riviste/libri. Per vari progetti possono esserci anche poster di conferenze/talk/phd thesis, ecc.
7) Non tutti i paper sono pubblicamente accessibili. Per alcuni è necessario pagare/essere abbonati alla rivista.
8) Sono state prese in considerazione pubblicazioni SOLO in lingua inglese.
9) Per quanto riguarda i progetti BOINC, sono state prese in considerazione pubblicazioni successive al 2003 (con l'eccezione di alcuni come Seti, GIMPS, e altri progetti non-boinc), anno della nascita della piattaforma.
10) Nei "Progetti Chiusi" sono stati inseriti progetti non più raggiungibili o per cui gli admin abbiano decretato la fine.
11) Nel mondo ci sono centinaia e centinaia di progetti di citizen science, da quelli a valenza locale (es, controllo dell'inquinamento di una piccola città) a quelli a valenza internazione. Abbiamo cercato di elencarne alcuni, per importanza e/o per la particolarità della ricerca.

Per questo motivo chiediamo ai volontari di avere pazienza e se hanno qualche riferimento che ci è sfuggito o se ci sono degli errori, di indicarcelo. (Questo indirizzo email è protetto dagli spambots. È necessario abilitare JavaScript per vederlo.).


Altri (Burp).

Astronomia, Fisica e Chimica (Asteroids, Astropulse, Cosmology, Einstein, LHC, Milkyway, NanoHub, QuChemPedia, QMC, Seti, Universe, Xansons).

Biologia e Medicina (Denis, GpuGrid, RNAWord, Rosetta).

Boinc - Condor/HTCondor - XtremWeb

Climatologia e Studio della Terra (ClimatePrediction, QCN).

Matematica (Collatz Conjecture, Enigma, Gerasim, Ithena, NFS, NumberFields, PrimaBoinca, PrimeGrid, Rake Search, Van Der Waerden Numbers).

Multidisciplinari (CSG, IberCivis, TACC, WCG, Yoyo).

Progetti Chiusi (ABC, Acustics, AndersonAttack, Aqua, Bealf, BraTS, CaS, Chess, Climate, Constellation, Correlizer, DG Putra, DistribuitedDataMining, Docking, Drugdiscovery, Edges, EoN2, Extremadura, Feyman, FightMalaria, Genome, Hep, Hydrogen, Lattice, Leiden, MalariaControl, Magnetism, NanoHive, NetMax, Neurona, NRG, Oproject, Optima, Orbit, Physiome, Poem, Pogs, Predictor, Proteins, PucBi, RectilinearCrossingNumber, RenderFarm, RiojaScience, Sat, Simap, Spinhenge, Superlink-Technion, Sztaki, Tampaku, Terrain, UFluids, Uspex, VGTU, VirtualPrairie, Volpex, VRS).

Progetti Italiani (Gene, Simone).

Progetti Non-Boinc/Citizen-Science (BlackHoles, CosmoQuest, Dezeez, Dimes, EteRNA, EyeWired, Folding, Fold.it, Gimps, HashClash, Hydrology, LifeMapper, Mark2Cure, Models, Muon1, Phylo, Rad, ScreensaverLifesaver, SetiLive, SeventeenOrBust, Socientizer, Stall Catchers, Stardust, The Cure, The Dreamlab, Zoo Universe).

Scienze Cognitive (MindModelling).

 

Aggiornato 19/02/2021

 


 

Dear visitors,
was asked several times if the work of ours PC was really useful for science. We therefore decided to collect scientific publications, which could be found for the BOINC science projects and Citizen Science. There are also publications that relate to the BOINC infrastructure, Condor (which has long been accessible through Boinc) and ExtremeWeb. The work was long and not easy, so all must be taken with benefit of inventory for the following reasons :

1) FEW projects show the publications (especially those of mathematical argument) .
2) Those who publish the "results", very often NOT update these. We tried on various scientific search engines (Pubmed, Arvix, etc.) to give an updated picture of the whole.
3) Some projects indicate all publications of the research team/department faculty , WITHOUT specify clearly what are those related to BOINC . We tried to track down the correct ones.
4) Some of the projects (such as, for example, Edges) have few publications on the science itself, but many related to BOINC infrastructure.
5) The platforms and projects sometimes "intersect" each other (eg EGEE, SZTAKI, Extremadura and AlmereGrid).
6) We have tried to give priority to publications in journals/books. For various projects can also be posters conference/talk/phd thesis, etc. .
7) Not all papers are free publicly available. For some you need to pay/be subscribers to the magazines.
8) Have been taken into consideration publications ONLY in English.
9) With regard to the BOINC projects , have been taken into consideration publications subsequent to 2003 (with the exception of a few like Seti, Gimps, and other non-boinc projects), year of birth of the platform.
10) In the "Closed Project" were inserted projects are no longer reachable or projects for which the admins have decreed the end.
11) In the world there are hundreds and hundreds of citizen science projects, from those with a local value (eg, pollution control of a small city) to those with an international value. We have tried to list some of them, for importance and / or for the particularity of the research.

For this reason we ask for volunteers to be patient and if they have any reference that we missed or if there are any mistakes, tell us. (Questo indirizzo email è protetto dagli spambots. È necessario abilitare JavaScript per vederlo.)

 

Astronomy, Physics and Chemistry (Asteroids, Astropulse, Cosmology, Einstein, LHC, Milkyway, NanoHub, QuChemPedia, QMC, Seti, Universe, Xansons).

Biology e Medicine (Denis, GpuGrid, RNAWord, Rosetta).

Boinc - Condor/HTCondor - XtremWeb

Climatology and Earth's Study (ClimatePrediction, QCN).

Closed Projects (ABC, Acustics, AndersonAttack, Aqua, Bealf, BraTS, CaS, Chess, Climate, Constellation, Correlizer, DG Putra, DistribuitedDataMining, Docking, Drugdiscovery, Edges, EoN2, Extremadura, Feyman, FightMalaria, Genome, Hep, Hydrogen, Lattice, Leiden, Magnetism, MalariaControl, NanoHive, NetMax, Neurona, NRG, Oproject, Optima, Orbit, Physiome, Poem, Pogs, Predictor, Proteins, PucBi, RectilinearCrossingNumber, RenderFarm, RiojaScience, Sat, Simap, Spinhenge, Superlink-Technion, Sztaki, Tampaku, Terrain, UFluids, Uspex, VGTU, VirtualPrairie, Volpex, VRS).

Cognitive Science (MindModelling).

Italian Projects (Gene, Simone).

Mathematics (Collatz Conjecture, Enigma, Gerasim, Ithena, NFS, NumberFields, PrimeGrid, PrimaBoinca, Rake Search, Van Der Waenden Numbers).

Multidisciplinary (CSG, IberCivis, TACC, WCG, Yoyo).

Not-Boinc Projects/Citizen-Science (BlackHoles, CosmoQuest, Dezeez, Dimes, EteRNA, EyeWired, Folding, Fold.it, Gimps, HashClash, Hydrology, LifeMapper, Mark2Cure, Models, Muon1, Phylo, Rad, ScreensaverLifesaver, SetiLive, SeventeenOrBust, Socientizer, Stall Catchers, Stardust, The Cure, The Dreamlab, Zoo Universe).

Others (Burp).

 

Updated 02/19/2021


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Avatar di boboviz
boboviz ha risposto alla discussione #136993 28/11/2021 23:30

Son stato troppo ottimista :muro:


Finita!! Finita!!
Ho passato, dove ho potuto, i link al sistema DOI .
Inoltre: moltissimi link sono passati da http ad https e alcuni progetti avevano cambiato completamente sito (gpugrid, per esempio).

Adesso un pò di riposo, poi il solito "aggiornamento" periodico.
Avatar di boboviz
boboviz ha risposto alla discussione #136681 16/09/2021 17:13

Mi ci vorranno settimane


Son stato troppo ottimista :muro:
Avatar di NiK78
NiK78 ha risposto alla discussione #136640 27/08/2021 22:16
Nuova pubblicazione in arrivo per il progetto Help Cure Muscolar Dystrophy del WCG.

Per il momento abbiamo il pre-print.
- Dequeker, C. et al, From complete cross-docking to partners identification and binding sites predictions, pre-print, doi: 10.1101/2021.08.22.457276
Link: www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.08.22.457276v1

Qui l'annuncio della prof.ssa Carbone: Invalida chiave consumatore / segreta in configurazione
(magari fatelo ri-twittare dall'account del gruppo)
Avatar di boboviz
boboviz ha risposto alla discussione #136569 13/07/2021 12:28
Come su suggerimento del buon Nik78 ho cominciato una "transizione" dei link delle pubblicazioni al sistema DOI.
La cosa sarà "mista":
- DOI per i link generici, agli abstract
- vecchi link diretti ai pdf che sono inaccessibili via DOI.

Per dire, tutti i vecchi link del progetto GPUGRID sono sbagliati, avendo spostato tutto su altre piattaforme...

Mi ci vorranno settimane
Avatar di NiK78
NiK78 ha risposto alla discussione #136532 19/06/2021 07:18
Pubblicazioni WCG mancanti nell'elenco attuale
(inserisco anche quelle che ho segnalato nei giorni scorsi nel thread dedicato al WCG)

# Progetto Drug Search for Leishmaniasis
Carol V. Mesa et al. (2015) ‘In Silico Screening of Potential Drug with Antileishmanial Activity and Validation of their Activity by in Vitro and in Vivo Studies’, Journal of Chemistry and Chemical Engineering, 9(6). doi: 10.17265/1934-7375/2015.06.002.
Link: www.davidpublisher.o...dex.php/Home/Article/index?id=20345.html


# Progetto Computing for Clean Water
Xiong, W. et al. (2011) ‘Strain engineering water transport in graphene nanochannels’, Physical Review E, 84(5), p. 056329. doi: 10.1103/PhysRevE.84.056329.
Link: journals.aps.org/pre/pdf/10.1103/PhysRevE.84.056329



# Progetto "Microbiome Immunity Project"
- Gligorijević, V. et al. (2021) ‘Structure-based protein function prediction using graph convolutional networks’, Nature Communications, 12(1), p. 3168. doi: 10.1038/s41467-021-23303-9.
Link: www.nature.com/articles/s41467-021-23303-9



# Progetto "Discovery Dengue Drugs"
- Malmstrom, R. D. (2011) Discovering Dengue Drugs-Together: Grid Scale Virtual Screening with Mean Field Free Energy of Binding Rescoring. Dissertation. The University of Texas Medical Branch. Available at: hdl.handle.net/2152.3/763 .


# Progetto "Help Defeat Cancer"
- Yang, L. et al. (2007) ‘High Throughput Analysis of Breast Cancer Specimens on the Grid’, in Ayache, N., Ourselin, S., and Maeder, A. (eds) Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention – MICCAI 2007. Berlin, Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg, pp. 617–625. doi: 10.1007/978-3-540-75757-3_75.
Link: link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-540-75757-3_75


Yang, L. (2009) ‘Robust segmentation and object classification in natural and medical images’. doi: 10.7282/T3DN458J.
Link: rucore.libraries.rutgers.edu/rutgers-lib/26109/PDF/1/play/


Foran, D. J., Chen, W. and Yang, L. (2011) ‘Automated Image Interpretation Computer-Assisted Diagnostics’, Analytical Cellular Pathology, 34(6), pp. 279–300. doi: 10.1155/2011/239761.
Link: downloads.hindawi.com/journals/acp/2011/239761.pdf



# Progetto "AfricanClimate@Home"
- Tadross, M. et al. (2010) Modelling the Influence of Vegetation, Soil Moisture and Aerosols on Early Summer Southern African Climate. Report to the Water Research Commission WRC Report No. 1681/1/10. Available at: www.wrc.org.za/wp-content/uploads/mdocs/1681-1-101.pdf .


# Progetto The Clean Energy Project
Aspuru-Guzik, A. (2016) Towards 3rd generation organic tandem solar cells with 20% efficiency: Accelerated discovery and rational design of carbon-based photovoltaic materials through massive distributed volunteer computing. DE--SC0008733, 1330957, p. DE--SC0008733, 1330957. doi: 10.2172/1330957.
Link: www.osti.gov/servlets/purl/


Amador-Bedolla, C. et al. (2013) ‘Organic Photovoltaics’, in Informatics for Materials Science and Engineering Data-driven Discovery for Accelerated Experimentation and Application. Butterworth-Heinemann. Available at: doi.org/10.1016/B978-0-12-394399-6.00017-5.

Olivares-Amaya, R. (2012) Quantum Chemistry in Nanoscale Environments: Insights on Surface-Enhanced Raman Scattering and Organic Photovoltaics. Doctoral dissertation. Harvard University. Available at: nrs.harvard.edu/urn-3:HUL.InstRepos:9453699.

Pyzer-Knapp, E. O., Simm, G. N. and Aspuru Guzik, A. (2016) ‘A Bayesian approach to calibrating high-throughput virtual screening results and application to organic photovoltaic materials’, Materials Horizons, 3(3), pp. 226–233. doi: 10.1039/C5MH00282F.
Link: pubs.rsc.org/ko/content/getauthorversionpdf/C5MH00282F



# Help Cure Muscolar Dystrophy
Nadalin, F. and Carbone, A. (2018) ‘Protein–protein interaction specificity is captured by contact preferences and interface composition’, Bioinformatics. Edited by A. Valencia, 34(3), pp. 459–468. doi: 10.1093/bioinformatics/btx584.
Link: academic.oup.com/bio...article-pdf/34/3/459/25117036/btx584.pdf


Sacquin-Mora, S. (2011) Représentations gros-grain pour la modélisation des protéines : Propriétés mécaniques et interactions. Université Paris-Diderot - Paris VII. Available at: tel.archives-ouvertes.fr/tel-00652917/document.


# Progetto FightAIDS@Home
Deng, N. et al. (2015) ‘Distinguishing Binders from False Positives by Free Energy Calculations: Fragment Screening Against the Flap Site of HIV Protease’, The Journal of Physical Chemistry B, 119(3), pp. 976–988. doi: 10.1021/jp506376z.
Link: pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/jp506376z


Lin, Y.-C. et al. (2011) ‘Structural basis for drug and substrate specificity exhibited by FIV encoding a chimeric FIV/HIV protease’, Acta Crystallographica Section D Biological Crystallography, 67(6), pp. 540–548. doi: 10.1107/S0907444911011681.
Link: scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?S0907444911011681



# Progetto OpenZika
Ekins, S. et al. (2020) ‘Déjà vu: Stimulating open drug discovery for SARS-CoV-2’, Drug Discovery Today, 25(5), pp. 928–941. doi: 10.1016/j.drudis.2020.03.019.
Link: www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S1359644620301458
Avatar di boboviz
boboviz ha risposto alla discussione #135684 19/02/2021 22:16
Altro giro di aggiornamenti semestrale (oltre ad aver spostato alcuni progetti nei chiusi e riportati in vita altri, tipo Van der Waerden)
Avatar di boboviz
boboviz ha risposto alla discussione #134414 03/08/2020 18:28
Fatto il solito giro di aggiornamenti....
Avatar di boboviz
boboviz ha risposto alla discussione #132123 17/01/2020 11:38

A una rapida lettura dell'articolo, mi sembra non aggiunga niente di significativamente nuovo, ma potrei anche sbagliarmi

L'avevo già messo (era in preprint su Arxiv).
L'articolo è un interessante "volo d'aquila" sul mondo Boinc, rivolto a chi non lo conosce e, soprattutto a ricercatori che potrebbero usarlo.
Avatar di zioriga
zioriga ha risposto alla discussione #132122 17/01/2020 11:34
link.springer.com/ar...e/10.1007/s10723-019-09497-9#enumeration

si trova il link di un documento a firma D.Anderson, sul funzionamento di BOINC

A una rapida lettura dell'articolo, mi sembra non aggiunga niente di significativamente nuovo, ma potrei anche sbagliarmi
Avatar di boboviz
boboviz ha risposto alla discussione #131980 07/01/2020 12:44
Con alcuni mesi di ritarto, ma ce l'ho fatta.
Aggiornamento periodico completato!!
Avatar di xdarma
xdarma ha risposto alla discussione #131462 02/10/2019 21:12
Pardon, ho fatto confusione.
Comunque, climateprediction.net permette di vedere a quali pubblicazioni si è contribuito attraverso una pagina del proprio account.
Ma nel mio caso, ho contribuito a queste pubblicazioni:
Attributing the 2017 Bangladesh floods from meteorological and hydrological perspectives
Flood event attribution and damage estimation using national‐scale grid‐based modelling: Winter 2013/2014 in Great Britain
Che non risultano nella pagina ufficiale delle pubblicazioni.
Aspettiamo che venga aggiornata la pagina principale... :rotoli:
Avatar di sabayonino
sabayonino ha risposto alla discussione #131303 23/08/2019 12:32
Questo PDF l'ho aggiornato a Dicembre 2018
Ovviamente non è ancora completo
E' una trasposizione di quello che ha messo Bobo
Avatar di ReLeon
ReLeon ha risposto alla discussione #131301 23/08/2019 08:23

Ho aggiunto due righe alla pagina principale delle pubblicazioni sul loro uso libero e gratuito.


Buono, meglio specificare dettagli, per chi avrà tempo e voglia di prendere in mano la tua biblioteca virtuale sui progressi della scienza di boinc
Da non nativo digitale, preferirei sempre averne una copia da strusciare con i pollici, per una strana nostalgia ancestrale.
Avatar di boboviz
boboviz ha risposto alla discussione #131251 24/07/2019 17:42
Ho aggiunto due righe alla pagina principale delle pubblicazioni sul loro uso libero e gratuito.
Avatar di boboviz
boboviz ha risposto alla discussione #130980 02/05/2019 22:16
A pochi giorni dal quinto compleanno della sezione "Pubblicazioni", il solito giro di aggiornamenti.
Ho inoltre aggiunto alcuni accorgimenti per rendere più "navigabile" la sezione.
Daje!!
Avatar di boboviz
boboviz ha risposto alla discussione #130643 07/03/2019 23:22

Per sbaglio ho trovato questo:
BOINC: A Platform for Volunteer Computing
Di Anderson datato 9 Dicembre 2018, può esser utile?


L'ha messo in home page anche DA sul portale Boinc
L'ho già messo in coda per il prossimo aggiornamento di maggio
Avatar di xdarma
xdarma ha risposto alla discussione #130641 07/03/2019 21:38
Per sbaglio ho trovato questo:
BOINC: A Platform for Volunteer Computing
Di Anderson datato 9 Dicembre 2018, può esser utile?
Avatar di sabayonino
sabayonino ha risposto alla discussione #129346 25/10/2018 12:49
Il team di Boinc mette a disposizione il mezzo ...
Coloro che dovrebbero utilizzare il mezzo sono quelli che stanno nelle Università / Centri di ricerca o comunque chi non ha la possibilità di permettersi centri di elaborazione costosi.
Il problemadi fondo è far conoscere il mezzo alle Università ... come si faceva una volta . La ricerca partiva per lo più da lì.
Avatar di boboviz
boboviz ha risposto alla discussione #129343 25/10/2018 10:06
Uff, finito pure stò giro, ci ho messo meno del previsto (solo 3 giorni) perchè mi ero preparato ben bene tutto offline.
Ho trovato un bel pò di tesi di dottorato/phd su vari progetti. Se fosse possibile spingere ancora di più in tal senso....ma il team di boinc non sembra particolarmente interessato a supportare i giovani ricercatori.
Ci si vede nel 2019.
Avatar di boboviz
boboviz ha risposto alla discussione #129298 22/10/2018 12:24
Con l'autunno c'è il solito aggiornamento periodico delle pubblicazioni.
C'è un bel pò di polpa questo giro....
Avatar di boboviz
boboviz ha risposto alla discussione #128287 08/05/2018 15:08

Approfittando del ritorno del sito ho cominciato il solito giro semestrale di aggiornamento delle pubblicazioni.
Ne ho trovate così tante che ho idea mi ci vorrà un semestre per finire l'inserimento :ciapet:


E invece no. Finito!
- aggiunte pubblicazioni a vari progetti
- inserito link in ogni pagina per tornare alla home delle pubblicazioni
- spostati progetti morti nella sezione adeguata

Sto pensando ad altre migliorie della sezione, vediamo cosa ne esce....
Avatar di boboviz
boboviz ha risposto alla discussione #128130 24/04/2018 22:39
Approfittando del ritorno del sito ho cominciato il solito giro semestrale di aggiornamento delle pubblicazioni.
Ne ho trovate così tante che ho idea mi ci vorrà un semestre per finire l'inserimento :ciapet:
Avatar di sorcrosc
sorcrosc ha risposto alla discussione #126121 24/10/2017 21:08
Ho visto l'ultima notizia su yoyo riguardo una nuova pubblicazione:
www.rechenkraft.net/forum/viewtopic.php?f=57&t=16785
Avatar di boboviz
boboviz ha risposto alla discussione #126068 18/10/2017 12:43

Ti faremo un ologramma alla memoria , la scienza distribuita ringrazia. :ciao:


Basta un like e una birra media, và
Avatar di ReLeon
ReLeon ha risposto alla discussione #126065 18/10/2017 12:11

Finito il solito giro semestrale di aggiornamento. Spostati alcuni progetti nei chiusi, trovate pubblicazioni per progetti che non c'erano (chess@home, PucBi, ecc), ecc


Ti stai allargando, non ti bastano più i progetti supportati, eh??
Ti faremo un ologramma alla memoria , la scienza distribuita ringrazia. :ciao:

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