ARGOMENTO:

non ne so tanto di quella scheda video, ma penso sia una scheda video integrata. Migliorare le prestazioni sarebbe inutile, a meno che te non riesca a moltiplicare per 5 la sua potenza
cmq ci giochi con il pc?? perché per un uso video\navigazione internet va benone...

Acubens ha scritto:

ciao! si si, lo so! ci mancherebbe!
ma credevo che la mia fosse almeno decente! tutto qua!
tu che ne pensi? fa proprio schifo???
grazie!

Da quello che ricordo, ma dovrei controllare, la mirage 3 era una vga integrata nel chipset....(ho appena visto il post sopra, è proprio integrata!!)
Ti consigliavo di non attivare la grafica perchè il chip vga di questo tipo non è in grado di gestirla correttamente e quindi "riversa" il lavoro sulla cpu, rallentandola.

P.S. Mi sa che gli admin è meglio se rigirano questi post nella sezione help

P.P.S
Ti sei già aggiunta al gruppo Boinc Italy?

Acubens ha scritto:

ah, bene!!!! ed io pensavo d'aver fatto l'affarone del secolo! che tristezza quando non ne capisci niente! va be... alla fine 450 euro per un Asus con Intel Celeron (R) D CPU 220 @ 1.20 Ghz, 1.50 GHz , con 4 G di ram, sistema a 32 bit... alla fin fine... certo, non è il pc della nasa... ma... cerco di consolarmi! (in realtà scrivo tutto questo per cercare consolazione).

Ahhhh, il celeron.....
Ahhhh, vga di fascia bassa integrata con shared memory (almeno l'avesse dedicata)
Hai speso poco, ma hai poco.
Vista che punteggio ti riporta??

Benvenuta Acubens!

Riguardo al nome della proteina, solitamente nel nome della WU c'è anche un codice a 4 lettere/cifre che corrisponde al codice sul database protein data bank . Quindi tu prendi sto codice, lo metti nel database e ti dice cos'è. Per esempio dall'immagine che hai postato ho visto che c'è un codice: tqh1 .
Non so dirti niente di più preciso, mi spiace.

Acubens ha scritto:

aggiungo,
perché in "accepted energy" c'è il vuoto assoluto cos' come in "RMSD"?
grazie!

Anzi, mi viene in mente di chiedere una cosa. leggevo di Rosetta@home ed in generale di tutti i tipi di calcolo distribuito. Ma... mi sapete effettivamente dire in cosa consiste? Nel senso, da quel che ho letto su rosetta@home non ho ben capito come effettivamente funziona. per esempio, quella struttura proteica che ho precedentemente allegato... da dove sbuca fuori? Esiste veramente? E... come fa il calcolo distribuito ad analizzare, in questo caso, la struttura di una proteina (che poi ho letto che la funzione di Boinc per rosetta sarebbe più o meno quella di una spettroscopia NMR) senza un campione o niente? Scusate la domanda, ma nn trovo risposta da nessuna parte!
La questione mi incusiosisce molto!
Grazie!

Allora, accepted energy e RMSD sono vuoti probabilmente per un problema di grafica.

Lo scopo di Rosetta è quello di prevedere la struttura tridimensionale di proteine reali basandosi solo sulla sequenza amminoacidica.
Cioè... diciamo che tramite metodi biochimici si scoprono diverse proteine e se ne analizza la sequenza. Da qui a determinarne la struttura tridimensionale sperimentalmente è tutt'altro che facile ed economico. Allora programmi come Rosetta cercano di prevederla tramite delle simulazioni al computer, simulazioni che vengono svolte dai computer dei volontari partecipanti al calcolo distribuito.
Hai provato a guardare il video che c'è nella prima pagine del progetto qui sul portale boincitaly? Dovrebbe essere abbastanza chiaro.

Qualcuno sa perché le percentuali della computazione ad un certo momento regrediscono?

E' già 3-4 volte che la WU dopo esser arrivata a 81% regredisce a 78%.

jegger ha scritto:

Qualcuno sa perché le percentuali della computazione ad un certo momento regrediscono?

E' già 3-4 volte che la WU dopo esser arrivata a 81% regredisce a 78%.

Te lo fa solo una wu o tutte?

Io l'ho notato sia per rosetta che per WCG. Ora comunque sembra siano andate avanti.
Ma è una cosa che succede a qualcuno? Dipende dal mio client o sono le loro WU?

jegger ha scritto:

Io l'ho notato sia per rosetta che per WCG. Ora comunque sembra siano andate avanti.
Ma è una cosa che succede a qualcuno? Dipende dal mio client o sono le loro WU?

ma regrediscono durante l'elaborazione?
oppure dopo un riavvio o sospensione dell'elaborazione?

Durante l'elaborazione.

EDIT: uhm in realtà mi capita anche al riavvio.

jegger ha scritto:

Durante l'elaborazione.

EDIT: uhm in realtà mi capita anche al riavvio.

Durante l'elaborazione non è molto normale.

Al riavvio è già una cosa più normale se non ha raggiunto il checkpoint

Grazie per la risposta. Lo terrò d'occhio.
Almeno ho capito che al riavvio è una cosa che può capitare abitualmente.

Ragazzi, sapete dirmi perchè dal 13 gennaio (circa un mese dunque) non si elegge più il predictor of the day?

Sembra che il brutto periodo hw sia passato, speriamo bene

The new hardware is now being installed, and we are very happy to put the server failures behind us-hopefully we will have no outages this severe again for a long time!

The manuscript I described in my last post on solving crystal structures using Rosetta has now been formally accepted for publication in Nature; the paper will be in an issue on newstands in a month or two.

Acubens ha scritto:

aggiungo,
perché in "accepted energy" c'è il vuoto assoluto cos' come in "RMSD"?
grazie!


Anzi, mi viene in mente di chiedere una cosa. leggevo di Rosetta@home ed in generale di tutti i tipi di calcolo distribuito. Ma... mi sapete effettivamente dire in cosa consiste? Nel senso, da quel che ho letto su rosetta@home non ho ben capito come effettivamente funziona. per esempio, quella struttura proteica che ho precedentemente allegato... da dove sbuca fuori? Esiste veramente? E... come fa il calcolo distribuito ad analizzare, in questo caso, la struttura di una proteina (che poi ho letto che la funzione di Boinc per rosetta sarebbe più o meno quella di una spettroscopia NMR) senza un campione o niente? Scusate la domanda, ma nn trovo risposta da nessuna parte!
La questione mi incusiosisce molto!
Grazie!

Allora le sigle come questa tqh1 sono tipiche del database PDB, che raccoglie le strutture delle proteine ottenute mediante NMR (risonanza magnetica nucleare, oppure raggi X come l'Help Conquer Cancer del WCG).
Analizzare una struttura si può fare tramite predizioni: cioè se si ha la struttura di proteina molto simile che ha una sequenza primaria (cioè la semplice sequenza degli amminoacidi) quasi uguale si può utilizzare e fare calcoli su di quella.

Acubens ha scritto:

Ma... mi sapete effettivamente dire in cosa consiste? Nel senso, da quel che ho letto su rosetta@home non ho ben capito come effettivamente funziona. per esempio, quella struttura proteica che ho precedentemente allegato... da dove sbuca fuori? Esiste veramente? E... come fa il calcolo distribuito ad analizzare, in questo caso, la struttura di una proteina (che poi ho letto che la funzione di Boinc per rosetta sarebbe più o meno quella di una spettroscopia NMR) senza un campione o niente? Scusate la domanda, ma nn trovo risposta da nessuna parte!
La questione mi incusiosisce molto!
Grazie!

Rosetta@home fa moooootttoddipppiu, e' un progetto molto ambizioso che si e' prefissato come scopo quello di arrivare a predire con una fedelta' del 100% la struttura quaternaria di una proteina partendo dalla pura sequenza primaria. Semplicemente l'applicazione prova ogni possibile combinazione aminoacido-aminoacido e scarta le possibilita' che richiedono uno status energetico elevato, ovvero quelle che in natura non potrebbero esistere, in quanto il ripiegamento di una proteina si trova sempre nello status energetico che richiede la minor quantita' di energia possibile. Attualmente (e da quello che ricordo) non vengono analizzate intere proteine, ma solo alcuni loop di particolare interesse (predire la struttura di un foglietto-beta non e' molto difficile ad esempio) di proteine note, e' la versione finale del loop e' poi confrontata col vero loop analizzato, studiato e riprodotto in laboratorio.
Non so pero' se nel frattempo hanno aggiunto qualche cosa di nuovo nel mezzo, ma non credo, data la infinita mole di lavoro che gia' e' da fare

Oltre al fatto che i server sono giù per manutenzione (ma non erano nuovi?), sto scaccolando una serie di wu con all'interno la stringa _casp9_ . Ma non era finito mesi fa??

Ciao ragazzi,
oggi ho ripreso ad elaborare dopo un po' di tempo,finalmente sono tornato on-line 24/24!
Un saluto a tutti.

Itachi Uchiha ha scritto:

Ciao ragazzi,
oggi ho ripreso ad elaborare dopo un po' di tempo,finalmente sono tornato on-line 24/24!
Un saluto a tutti.

Vorrei impostare il pc in modo che gestisca un file di rosetta alla volta invece che 4 dato che ho un quadcore.
E' possibile?
ps solo con rosetta fa così.

leosmesc ha scritto:

Vorrei impostare il pc in modo che gestisca un file di rosetta alla volta invece che 4 dato che ho un quadcore.
E' possibile?
ps solo con rosetta fa così.

Ovvero elaborare una wu di rosetta su un core e sugli altri 3 altre wu di altri progetti?