ARGOMENTO:

Una introduzione dettagliata in italiano la trovate a questo indirizzo

Applicazioni

La dinamica molecolare (MD) è un metodo di simulazione che permette, ad esempio, lo studio delle dinamiche delle proteine nel loro ambiente. E' usato nelle accademie e dalle industrie farmaceutiche per un gran numero di applicazioni, incluso lo sviluppo di nuovi farmaci, per il test dei farmaci ed in genere per studiare la funzione delle proteine

Come funziona?
Ogni atomo è rappresentato usando la classica equazione di Newton (equazione motoria?) ed evolve in accordo con i campi di forza che modella la natura chimica di ogni atomo (Carbonio, Ossigeno, Idrogeno, etc) nel loro ambiente locale. All'inizio ogni atomo interagisce con tutti gli altri entro un determinato raggio di interazione, così facendo nelle lunghe distanze l'interazione fra gli atomi è più debole (di solito da 10 a 12 A (Angstrom equivale a 1E-10 metri). Ogni passo del codice della dinamica molecolare solitamente corrisponde ad un 1 fs (10E-15 secondi). Entrambi questi fattori contribuiscono al grande costo computazionale delle simulazioni di dinamica molecolare: bridging molecular (come lo traduco?), scale atomiche (dell'ordine dei nanosecondi) con un scale biologiche (micro-milli secondi) è quindi una grande sfida nella biologia computazionale. Se riusciamo a gestire e superare questo limite, allora le applicazioni biomediche della dinamica molecolare sono illimitate.

Full-atom molecular dynamics
Nelle simulazioni effettuate con questo algoritmo le proteine, i lipidi, le membrane, le molecule d'acqua, gli ioni, e via di scorrendo sono rappresentate mediante tutti i loro atomi. Questa è la simulazione di dinamica molecolare più comune effettuata dagli scienziati ma è anche la più costosa. Il vantaggio è che tutte le caratteristiche delle molecole del sistema sono tenute in conto (nello specifico l'acqua intorno alla proteina è di solito molto importante) ma il costo computazionale è così alto che di solito queste simulazioni vengono effettuate solo su grandi e costosi supercomputer. Infatti di solito queste simulazioni usano da decine a migliaia di processori.

PS3GRID
PS3GRID, i processori Cell e la PlayStation3 rendono improvvisamente possibile eseguire le simulazioni full atom molecular dynamics su una singola PS3 con un buon tempo di consegna. Il gran numero di PS3 disponibili rende possibile l'utilizzo di differenti protocolli computazionali per esplorare esecuzioni parallele ed indipendenti e calcolare le energie in gioco (la quantità fondamentale della termodinamica per capire il sistema).

Gli utenti di PS3GRID eseguono interi sistemi molecolari rappresentando parti di una membrana cellulare con un numero di atomi che varia fra i 30.000 e i 100.000 a seconda del problema in esame. I risultati raccolti dalle diverse esecuzioni sono analizzati. In questo senso PS3Grid non è una singola applicazione o un progetto con un singolo problema, piuttosto è un nuovo strumento computazionale a disposizione degli scienziati. Noi stiamo infatti collaborando con altri gruppi accademici di ricerca. Ogni applicazione sarà descritta sul sito web e i risultati scientifici pubblicati.

Set-up del sistema
Naturalmente avrete bisogno di una ps3 per eseguire PS3Grid, ma per installare ed eseguire boinc vi serve anche la normale attrezzatura di un computer, vale a dire mouse e tastiera, più un monitor od un televisore che supporti almeno come risoluzione i 720p (1280*720 pixel). Questo per via del fatto che con una risoluzione inferiore il sistema diventa inutilizzabile.

Ci sono due modi per scaccolare pacchetti di PS3Grid, il primo e più semplice è scaricare dal sito ufficiale una distribuzione live ridotta ai minimi termini di yellow dog linux, con su già installato boinc e settato per iniziare a scaccolare da subito su ps3grid. Avrete quindi bisogno di una pendrive da almeno 512mb su cui copiare il contenuto dello zip scaricato, e almeno una tastiera per scegliere in fase di boot la risoluzione da adottare. Dopo di che dal menu delle impostazioni della ps3 (game os) scegliete di installare un nuovo OS (ve lo cercherà in automatico sulla pennetta), dopo di che lo avviate selezionando il sistema operativo di default. Il sistema si riavvierà ed eseguirà il boot dalla vostra pendrive. Una volta completato il boot come ho detto inizierà a scaccolare con un account generico preinstallato. Nota importante: la distro live supporta solo il collegamento ad internet via cavo ethernet!

Il secondo modo per scaccolare sulla ps3 è installare per intero Yellow Dog Linux . Per inciso, ci sono anche altre distribuzioni che possono essere installate sulla ps3, ma prenderò in esame solo quest'ultima.
Una guida dettagliata ed esaustiva sull'installazione è disponibile sul sito ufficiale, in inglese a questo indirizzo . Dopo di che installate boinc e aggiungete PS3Grid fra i progetti che intendete supportare con i metodi tradizionali. La procedura è identica per tutte le piattaforme.

Per quale motivo dovrei voler installare la distro completa di yellow dog linux invece di usare quella live?
Le ragioni che vedo essenzialmente sono due, la prima è che la distro live include solo il client boinc e firefox, non molto flessibile ed adatta giusto allo scaccolo, mentre l'installazione completa vi fornirà per l'appunto tutti gli strumenti di cui potete avere bisogno su un comune computer. La seconda ragione, altrettanto importante, è che la connettività wi-fi è disponibile solo se installate la distro completa. Una guida dettagliata è disponibile a questo indirizzo .

Nelle statistiche su boincstats e su boinc.italy il mio account non è collegato a quello che uso negli altri progetti, come mai?
Ad ogni nuovo host viene assegnato un id, e se boinc rileva che sono in esecuzione più progetti su uno stesso host vi assegnerà un ulteriore ID comune a tutti essi chiamato Cross Project ID (cpid). In altre parole avete un identificatore unico condiviso fra i vari account dei vari progetti che permette ai sistemi per il calcolo delle statistiche di unificare tutti i vostri risultati sotto un solo nome.
Per avere quindi lo stesso cpid che usate sugli altri progetti o modificate il file di configurazione di boinc (per esperti, non mi soffermo più di tanto), oppure più semplicemente aggiungete fra i progetti in opera sulla vostra ps3 uno dei progetti che avete in scaccolo sul computer, usando naturalmente il vostro account. Boinc quindi aggiornerà il CPID dell'account di ps3grid con quello degli altri account. Naturalmente su ps3 scaccolerete solo i progetti supportati, e per il momento l'unico stabile è ps3grid, solo alcuni altri stanno facendo delle sperimentazioni (seti).
Un altra soluzione utile è quella di collegare il vostro boinc manager ad un account manager tipo BAM, farà tutto lui in automatico, prendendosi come al solito i suoi tempi tecnici per l'aggiornamento dei dati.

Come seleziono la risoluzione da utilizzare nella distro live?
Durante la fase di boot, al promt del boot loader (kboot) premete ripetutamente TAB sulla vostra tastiera usb fino a scegliere la risoluzione appropriata. Se non lo fate vi sceglierà automaticamente 576p, il formato per le TV pal, assolutamente inadeguato per un computer.

Come ritorno ad eseguire il Game OS?
Arresti il sistema, poi lo avvi nuovamente tenendo premuto il tasto di accensione per 5 secondi. Sentirete un primo classico beep di accensione, poi dopo i 5 sec un secondo più corto che vi confermerà che è in boot il game OS. Purtroppo però a me mi resetta ogni volta le impostazioni audio-video e mi tocca reimpostarle. Una volta finita la partita o il film, se volete ritornare a scaccolare su boinc dovete nuovamente selezionare come sistema operativo predefinito la pennetta dalle impostazioni di sistema e riavviare.

oggi ho dato i primi crediti al team :P

ma com'è che ancora non esce fra le statistiche?

www.boincitaly.org/i...on=com_content&task=view&id=41&Itemid=49

Credo che semplicemente il progetto non sia stato incluso nella pagina delle statistiche. Siccome deve farlo Ghz, a mano, ed in questi giorni è MOLTO occupato, mi sa che dovrai aspettare un pò. Non ti preoccupare

ok

Grazie per il Thread ufficiale.

Per "bridging molecular" io non saprei trovare niente di meglio di "creare un ponte molecolare", nel senso che si lavora lì a metà tra la scala dei nanosecondi e quella dei millisecondi.
Ma non mi viene un modo più bello di dirlo...

Ciao Kuarl,
ho da poco installato linux ydl6 sulla mia nuova ps3 e mi sono unito al vostro team per ps3grid, ho però un problema sono due giorni che provo a farlo andare ma la wu rimane in downloading così come anche altri file che tenta di scaricare, sotto messages mi dice che non li trova ho provato a fare anche un reset project ma non ho risolto, sbaglio qualcosa o è il loro server?

a me i server funzionano tutti bene e scaccolo regolare. Come hai installato boinc? prova ad eseguirlo da amministratore, magari non ha i permessi in scrittura nella directory dove l'hai installato.

Io comunque uso la distro live, con linux ci scaccolerei soltanto, per il resto uso il computer e non ho bisogno dell'installazione completa.

Innanzitutto grazie a kuarl per il thread ufficiale

Per quanto riguarda PS3 grid c'è stato il cambio del master url per l'attach al progetto che ora è www.ps3grid.net, tutto dovrebbe ancora funzionare anche per chi si era già agganciato con il vecchio url, comunque boinc lo notifica, quindi consiglio di esaurire le wu e fare un detach e nuovo attach al progetto con il nuovo url. Non so se i problemi di Quarkup possano essere dovuti a questo, prova a riportare sul forum i messaggi che ti da boinc e vediamo ;)

Ciao,
GHz

Ciao GHz, ho provato a fare il detach ma non ho risolto, nei messaggi mi dice file not found, per prova ho poi lanciato yoyo@home e quello va penso che riproverò tra qualche giorno anche perchè ho incasinato linux e mi sa che lo devo reinstallare (ho cambiato le impostazioni di accesso e ora non mi riconosce più l'utente)
Grazie dell'interessamento e complimenti anche da parte mia a Kuarl per il thread Ciao

Ieri hanno risolto il problema con il server di ps3grid ed adesso il download funziona sto procedendo con la mia seconda WU
Ciao e Grazie

Wewe referente ti sei perso una news

May 9, 2008 Detail of the first numerical experiment.
The first set of numerical experiments run on ps3grid.net produced 5,000 trajectories, 4 microseconds of simulated time, over 200 years of CPU time with a daily output of 100 ns and few GBytes, two orders of magnitude closer to single-molecule pulling experiments. Thanks to all volunteers for this effort.

kuarl ha scritto:

Come ritorno ad eseguire il Game OS?
Arresti il sistema, poi lo avvi nuovamente tenendo premuto il tasto di accensione per 5 secondi. Sentirete un primo classico beep di accensione, poi dopo i 5 sec un secondo più corto che vi confermerà che è in boot il game OS. Purtroppo però a me mi resetta ogni volta le impostazioni audio-video e mi tocca reimpostarle. Una volta finita la partita o il film, se volete ritornare a scaccolare su boinc dovete nuovamente selezionare come sistema operativo predefinito la pennetta dalle impostazioni di sistema e riavviare.

Come ho scritto nella 3D di presentazione nuovi utenti la mia PS3 lavora 23.5su24 per F@H (1/2 ora ci gioco ). Sempre di contributo alla ricerca si tratta

Non la spengo mai (la bolletta la paga il mio datore di lavoro ), passo dai giochi a F@H. Lo sforzo è minimo ovviamente.

Il problema che è stato citato del reset delle impostazioni esiste ancora ? Ci sono anche altre "rognette ?

Ho trovato questo post che parla di un metodo per non dover settare la risoluzione video della PS3 ogni volta che si entra in linux:
www.ps3grid.net/forum_thread.php?id=109#494

La mia traduzione (leggermente modificata ed integrata) è questa:

Krunchin-Keith [USA]: moderatore forum PS3GRID

Scritto il 18 May 2008 15:49:35 UTC

Ho scoperto come cambiare la risoluzione grafica di default nella versione linux-live, in questo modo non c'è bisogno di premere continuamente TAB ogni volta che la PS3 fa il boot con linux.

La soluzione non è facile ma nemmeno così difficile da realizzare.

- Spegnete la PS3
- Prendete la penna USB con la distro linux-live e connettetela a un PC (le istruzioni seguenti sono per Windows XP e per Windows VISTA)
- Aprite la cartella della penna USB
- Aprite la cartella ETC
- All'interno c'è un file chiamato "kboot.con", cliccateci sopra con il tasto destro del mouse e selezionate <PROPRIETA'> e poi deselezionate <SOLA LETTURA> (cioè dovete poter modificare il file)
- Fate una copia del file e mettetela al sicuro sul vostro PC
- Aprite il file "kboot.con" con il BLOCCO NOTE (ricordatevi di deselezionare la casella <USA SEMPRE IL PROGRAMMA SELEZIONATO PER APRIRE QUESTO TIPO DI FILE> ). Si può usare anche WORDPAD ma è pericoloso perchè non visualizza i caratteri di formattazione testo.
- Vi appare una lunga stringa di testo (meglio selezionare <A CAPO AUTOMATICO> ) che comincia con "# $Id: kboot.conf 11 2007-01-08 18:32:23Z yaegashi $default=autotimeout=10.....
- Dove è scritto "default=auto" è necessario sostituire la scritta "auto" con la vostra risoluzione.
- Io ho scelto "yuv1080i" perchè 1080i è la risoluzione grafica che usa normalmente la mia PS3. Le sigle per le altre risoluzioni le trovate una di seguito all'altra sempre nello stesso testo.
- Fate attenzione a non modificare il resto del testo ne a cancellare qualsiasi carattere del testo. Se sbagliate qualcosa uscite senza salvare o recuperate la copia di back-up che vi siete fatti precedentemente.
- Salvate ed uscite
- Cliccate sul file "kboot.con" con il tasto destro del mouse e selezionate <PROPRIETA'> e poi selezionate <SOLA LETTURA> (ripristinate le impostazioni iniziali)

Rimettete la penna USB sulla PS3 e accendetela. Ora la risoluzione grafica viene settata automaticamente al valore da voi scelto.

A me funziona

Per tornare al GAME OS si usa il metodo già descritto nel 3D ed è necessario cambiare la risoluzione video (niente di preoccupante, lo fa in automatico)

Come mai sul sito di BOINC il progretto ora compare con la dicitura "GPU Grid - PS3 Grid" ?
Sulla home page non vedo particolari news ... che centra la GPU ? Forse hanno intenzione di usare oltre al Cell anche l'RCS ???

Forse fanno solamente una sezione unica per PS3-GRID e GPU-GRID (Global/Gnutella Processing Unit).

astroale ha scritto:

Come mai sul sito di BOINC il progretto ora compare con la dicitura "GPU Grid - PS3 Grid" ?
Sulla home page non vedo particolari news ... che centra la GPU ? Forse hanno intenzione di usare oltre al Cell anche l'RCS ???

Mi sono ricreduto

A giudicare da un piccolo minuscolo thread sul forum ufficiale di PS3GRID sembra che stiano lavorando per supportare la GPU NVIDIA ( link ) ma la news risale al 29 maggio e poi niente più notizie

Ho aggiunto BOINC.Italy nel Team Recruiting Thread del forum ufficiale PS3Grid, vediamo se qualche italiano è in ascolto

Questo è il link

Qualche notizia e il banner di laianoon.

ghz! abbiamo trovato un altro referente per ps3grid

x baxnimis
scusa, ma il mio messaggio è stato sepolto nei meandri della chat..
se vuoi vedere ps3 fra i progetti, ti conviene aprire un thread nel forum delle richieste

Ducati 749 ha scritto:

ghz! abbiamo trovato un altro referente per ps3grid

x baxnimis
scusa, ma il mio messaggio è stato sepolto nei meandri della chat..
se vuoi vedere ps3 fra i progetti, ti conviene aprire un thread nel forum delle richieste

lo avevo letto quel messaggio ma credevo ti fossi sbagliato. Visto che c'è un thread ufficiale pensavo che la cosa fosse automatica.... vado a fare la richiesta

hai perfettamente ragione, in teoria sarebbe una cosa automatica..

in PRATICA un thread nuovo nuovo è molto più visibile