ARGOMENTO:

Salve a tutti ragazzi da come ho potuto notare nel mondo del calcolo distribuito esistono parecchi progetti che trattano l'argomento delle proteine tipo: WCG, SIMAP,ROSETTA ecc..... ciò che mi chiedo pero è questi progetti comunicano tra di loro? Trattando argomenti simili non rischiano di elaborare cose gia elaborate dagli altri sprecando il loro tempo? Nel senso se ponendo caso Rosetta avrebbe bisogno di elaborare determinate proteine gia elaborate da Simap cosa farebbe? Chiederebbe a Simap di accedere al suo datebase e fornigli quella decina di migliaia di informazioni per risparmiare tempo? O agirebbe con un attegiamento di sfida costringendo i propri utenti a elaborare informazioni gia esistenti perche magari pensa semplicemente che il suo metodo di elaborazione è migliore o magari perche non ha voglia di andare a cercare le info nel database dell'altro progetto o per qualsiasi altro motivo? Una collaborazione tra progetti con simili obiettivi non accorcerebbe nettamente i tempi? ( Magari questa cosa esiste già anche se io la sto solamente teorizando ma mi piacerebbe averne la certezza)

SIMAP non si occupa di Folding
WCG usa un algoritmo simile a Rosetta ma punta direttamente a specifiche malattie
Rosetta studia il folding per migliorare l'algoritmo
Poem pure

Ma questi due non ha senso che condividano i risultati visto che al momento quello che cercano di ottenere è un affinamento dell'algoritmo di previsione (e ne usano 2 completamente diversi)

Quindi l'unica collaborazione è tra WCG e Rosetta e che io sappia funziona

Parlando di folding, ecco cosa ho appena trovato spulciando su wikipedia
fold.it/portal/

Foldit è un gioco sperimentale per computer che riguarda il ripiegamento di proteine; il suo scopo è trovare, grazie all'intuito (e alla fortuna) del giocatore, delle forme che le proteine assumono naturalmente negli organismi viventi.

Il processo tramite cui gli esseri viventi creano le strutture primarie delle proteine, basato sui geni, è oggi compreso con una certa precisione, e sappiamo anche come leggere le sequenze di DNA. Ciò che ancora difficile conoscere per la scienza è come la struttura primaria si trasforma nella struttura tridimensionale della vera e propria proteina funzionante. Il processo generale è noto, ma predire la struttura delle proteine richiede un'enorme quantità di calcoli.

Foldit è un tentativo di usare le naturali abilità del cervello umano nell'interpolazione di forme per trovare scorciatoie che le macchine attuali non riescono a scovare. I ricercatori, intanto, raccolgono le informazioni pubblicando dei puzzle, basati su diverse proteine ben note, affinché le persone li risolvano e analizzano i risultati.

(ho fatto copia e incolla da wikipedia anche perche non ci ho capito molto)

Heruannon ha scritto:

Parlando di folding, ecco cosa ho appena trovato spulciando su wikipedia
fold.it/portal/

(ho fatto copia e incolla da wikipedia anche perche non ci ho capito molto)

se ti interessa c'è l' articolo !

Dario ha spiegato0 giusto, e come ha detto wcg usa degli algoritmi di rosetta (se fai attenzione vedi delle wu di wgc che si chiamano rosetta)...

e docking?

robertogl [HWU] ha scritto:

e docking?

si occupa di docking

cioè le interazioni tra proteine più che il loro ripiegamento

comunque anche D@H usa un algoritmo tutto suo , tra le altre cose alternativo a quello del minimo livello di energia usato da altri

perchè leggevo tempo fa di alcuni che si lamentavano delle poche pubblicazioni di docking,che tra l'altro non riguardavano la ricerca in sè...ora come stanno le cose?

Grazie mille Lord! Scarico subito il gioco, di sicuro è molto meglio dei giochini facebook delle fattorie e degli aquari per passare il tempo, e poi almeno diamo una mano alla ricerca e teniamo i nostri cervellini sempre occupati XD

PS: vorrei anche sapere se qualcuno di voi lo ha gia provato e anche le proprie impressioni. Inoltre si hanno info su chi gestisce la cosa? sono attivi nel progetto?

Foldit è gestito dagli stessi di Rosetta (David Baker and company) e ha funzionato bene fin dalla sua nascita ottenendo ottimi risultati alla competizione CASP.
BOINC.Italy ha anche il suo team su foldit. Io ci ho giocato abbastanza quando era agli inizi, adesso ci ho perso un po' la mano e mi sembra sia diventato anche un po' più complesso.
Thread sul nostro forum.

Avrei alcune domande riguardo al gioco:
Come faccio ad entrare nel team di boinc italy?
Quando ho finito di arrotolare srotolare impasticciare una proteina e penso di aver raggiunto il risultato massimo che io possa raggiungere, cosa devo fare? devo premere qualcosa per inviare il risultato?
Ho anche notato che ai lati vi è una piccola classifica, qella è la classifica di chi sta modificando la mia stessa proteina? Posso chattare con loro o con i membri del team e confrontare le nostre classifiche in quella piccola finestrina?

Ti ho risposto nel thread appena linkato.