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valterc Windows 7, Nvidia 980 (25.03.24, 21:11)
valterc https://www.gpugrid.net/results.php?hostid=100638 (25.03.24, 21:11)
puurome2 Purtroppo di Work Unit ATM non ce ne sono più per GPUGRID. Quando c'erano la work unit mi andava sempre in errore. Questo problema delle unità ATM ce l'hanno molti utenti Windows. (24.03.24, 21:09)
samu986 valterc, ah, ok, grazie mille! Speriamo ce ne possano essere allora! (24.03.24, 10:11)
valterc (non sono disponibili sempre però) (22.03.24, 16:18)
valterc uhmmm le workunit ATM: Free energy calculations of protein-ligand binding vanno anche su Windows (22.03.24, 16:17)
samu986 zioriga, oh...ecco spiegato l'arcano...beh, grazie mille per la delucidazione! Spero che andando avanti ce ne potranno essere anche per Windows. Grazie ancora! (21.03.24, 17:58)
zioriga la risposta è semplice, attualmente le Wu per GPU sono solo per LInux (21.03.24, 11:39)
samu986 Buongiorno a tutti, sapete per caso se GPUGRID funziona bene? A me interessano le WU per GPU, infatti ho selezionato solo quelle, ma non mi arriva niente da mesi. Qualcuno potrebbe aiutarmi, per cortesia? (21.03.24, 10:59)
boboviz problemi su Denis@home (11.03.24, 16:02)
Spot T entity macina con l'armata al completo, io a ranghi ridotti e Boinc.Italy è attualmente prima (in L2) (29.02.24, 19:12)
Spot T Ieri è iniziato FB 2024, con le varie novità e subito lo sprint. Per chi volesse partecipare il progetto è Numberfields (29.02.24, 19:10)
boboviz e con i 5gb da scaricare tutte le volte.... (29.02.24, 15:48)
boboviz con il vecchio wrapper (29.02.24, 15:48)
boboviz ancora le wus virtualbox di Rosetta (29.02.24, 15:48)
zioriga al momento io sono quarto assoluto e BOINC.Italy è al terzo posto (14.02.24, 17:57)
zioriga Per chi volesse 'partecipare, c'è in funzione il challenge BOINCStats su RamanujanMachine https://www.boincstats.com/stats/challenge/team/chat/1121 (14.02.24, 17:57)
Spot T eh... il discorso non fa una piega... (11.02.24, 19:33)
Nubman @valterc: chiedono di te https://www.primegrid.com/forum_thread.php?id=10427&nowrap=true#169137 (11.02.24, 18:29)
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ARGOMENTO:

POEM 03/01/2008 19:08 #468

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Da alcuni giorni ho cominciato ad interessarmi a POEM, secondo me molto stimolante.
Prima di scrivere del progetto in modo approfondito preferisco porre alla vostra attenzione alcuni aspetti che io stesso, due in particolare, ho chiesto che fossero puntualizzati nel forum di POEM (è in inglese e per fortuna, anche mia, non è in tedesco): What's the status of this project?
Francesco
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Re:POEM 07/01/2008 21:51 #627

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Ho joinato anch'io questo nuovo progetto e mi piace molto il fatto che i ricercatori e sviluppatori del progetto siano sempre molto disponibili a rispondere e dare chiarimenti sul forum.

Qui avevo tradotto la descrizione del progetto. Se vuoi fare il thread ufficiale magari ti può servire:
www.hwupgrade.it/forum/showthread.php?t=1620824
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Re:POEM 08/01/2008 23:23 #668

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Effelle ha scritto:

Da alcuni giorni ho cominciato ad interessarmi a POEM, secondo me molto stimolante.
Prima di scrivere del progetto in modo approfondito preferisco porre alla vostra attenzione alcuni aspetti che io stesso, due in particolare, ho chiesto che fossero puntualizzati nel forum di POEM (è in inglese e per fortuna, anche mia, non è in tedesco): What's the status of this project?


Interessanti le domante che hai scritto, e vedo che i responsabili del progetto sono molto disponibili a rispondere. Se vuoi occuparti di questo progetto fai pure, c'era anche stefdur (di GamesRadar) che aveva idea di seguire il thread ufficiale, magari potete mettervi d'accordo e dividervi i compiti, vedete voi :)

Ciao,
GHz
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Re:POEM 10/01/2008 21:48 #766

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Volevo dirvi che per POEM l'utente 7D9 ha già creato una bozza per il thread ufficiale..

Metti mai che qualcuno voglia diventare referente, c'è meno lavoro da fare così!

www.hwupgrade.it/forum/showpost.php?p=20097919&postcount=164
"A proton walks into a Large Hadron Collider, and sees another proton, and OH SHI-"

La Repubblica Italiana è fondata sul lavoro, quindi LAVORATE !
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Re:POEM 11/01/2008 11:53 #788

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Ma POEM e ROSETTA non fanno lo stesso lavoro?
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Re:POEM 11/01/2008 12:11 #790

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Hazon ha scritto:

Ma POEM e ROSETTA non fanno lo stesso lavoro?


Dal forum di POEM:

Hi,

many thanks, for the good wishes and also for joining. We are still preparing the "science" pages, which I hope will answer your questions thoroughly.

As a quick first answer: Protein simulation is presently dominated by two approaches.

1) You learn/copy from nature (ROSETTA@HOME is a good example). Given a new sequence, one tries to copy structural fragments of known proteins and assembles them to good structures. Pros: Works for big proteins, gives excellent structures for high sequence similarity. Cons: Does not work, when there is no sequence similarity (new folds), does not work when there is no experimental data (transmembrane proteins, to which 40% of all known drugs bind), no kinetics

2) You simulate the folding process as it occurs in nature (Folding@Home) with a biophysical model. This is done with molecular dynamics (MD), an essentially sequential method with a time resolution of 10E-15 s/step. For a folding process in millisecond range you need A LOT of steps. Pros: full dynamics info, folding times, high accuracy structures, Cons: works only for small proteins, specific questions

POEM tries to interpolate between these two worlds. It uses an atomistic model for the protein free energy, i.e. is can work for new folds and applications in nanobiotechnology, where there is no experimental data. In contrast to MD, it exploits Anfinsons thermodynamic hypothesis (Nobel Prize in Chemistry 1972) that proteins in their biologically active state have a minimal free energy. The simulation process is thus replaced by an optimization process that is thousands of times faster than MD. Pros: Can do at least medium size proteins, gets the folding landscape, works for "new folds", Cons: still limited to proteins < 100 amino acids, no real kinetics (yet).

With POEM@HOME we will try to make progress on these two cons. Specifically we hope to make progress for


* "new fold" proteins with low sequence similarity to existing proteins
* proteins in nonphysiological environments (we just got a grant to develop implants, which are more biocompatible)
* understanding the folding process of more complex proteins that cannot be studied with direct kinetic simulation
* protein-protein interactions, where the partners change their conformation upon docking (biological signal process)
* refinement of model structures for transmembrane proteins


I hope this helps, more later!
Cheers
Wolfgang

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Re:POEM 14/01/2008 21:04 #897

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@ stefdur: qualche post fa GHz ha detto che forse te ne volevi occupare tu del thread ufficiale. E' così? Ci stai pensando tu? Solo per sapere...
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Re:POEM 14/01/2008 22:54 #914

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7D9 ha scritto:

@ stefdur: qualche post fa GHz ha detto che forse te ne volevi occupare tu del thread ufficiale. E' così? Ci stai pensando tu? Solo per sapere...

Sì, effettivamente ci sto pensando, e l'idea mi piacerebbe anche, l'unico problema è che temo di non avere abbastanza tempo e abbastanza conoscenze per portare avanti la cosa. Comunque, domani vi farò avere la decisione definitiva.
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Re:POEM 15/01/2008 00:14 #922

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stefdur ha scritto:

7D9 ha scritto:

@ stefdur: qualche post fa GHz ha detto che forse te ne volevi occupare tu del thread ufficiale. E' così? Ci stai pensando tu? Solo per sapere...

Sì, effettivamente ci sto pensando, e l'idea mi piacerebbe anche, l'unico problema è che temo di non avere abbastanza tempo e abbastanza conoscenze per portare avanti la cosa. Comunque, domani vi farò avere la decisione definitiva.


Per fare il thread ufficiale non ci dovresti mettere molto. Qualche post sopra Dario ha linkato la mia traduzione di poem, quindi il più grosso è già fatto. Prendi spunto dagli altri thread ufficiali e sei a posto. :)

Poi in ogni caso ci può essere anche più di un referente.. se vuoi nel primo post magari puoi mettere anche il mio nome come referente così ti farei da riserva quando tu sei impegnato..

Facci sapere. Ciao!
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Re:POEM 15/01/2008 10:05 #932

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Hazon ha scritto:

Ma POEM e ROSETTA non fanno lo stesso lavoro?

Hazon, scusa, ho potuto vedere solo adesso.
Alla tua domanda, penso, troverai una risposta più che soddisfacente nella presentazione di POEM pubblicata in BOINC.Italy da 7D9 il 29 dicembre dello scorso anno.
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Re:POEM 16/01/2008 13:40 #974

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7D9 ha scritto:

stefdur ha scritto:

7D9 ha scritto:

@ stefdur: qualche post fa GHz ha detto che forse te ne volevi occupare tu del thread ufficiale. E' così? Ci stai pensando tu? Solo per sapere...

Sì, effettivamente ci sto pensando, e l'idea mi piacerebbe anche, l'unico problema è che temo di non avere abbastanza tempo e abbastanza conoscenze per portare avanti la cosa. Comunque, domani vi farò avere la decisione definitiva.


Per fare il thread ufficiale non ci dovresti mettere molto. Qualche post sopra Dario ha linkato la mia traduzione di poem, quindi il più grosso è già fatto. Prendi spunto dagli altri thread ufficiali e sei a posto. :)

Poi in ogni caso ci può essere anche più di un referente.. se vuoi nel primo post magari puoi mettere anche il mio nome come referente così ti farei da riserva quando tu sei impegnato..

Facci sapere. Ciao!

Ok, ci ho riflettuto, ed ho deciso di aprire il topic ufficiale.
Adesso creo il topic e aggiungo il materiale che mi avete fornito, prendendo spunto da altri topic ufficiali. ;)
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[Thread Ufficiale] POEM@home 16/01/2008 14:01 #976

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Link utili:

Articolo di approfondimento sul portale
Indirizzo per connettersi al progetto: boinc.fzk.de/poem/ (da copiare e incollare nel Boinc Manager)
Link per effettuare il Join a BOINC.Italy
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Re:POEM 16/01/2008 14:07 #977

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stefdur ha scritto:
Ok, ci ho riflettuto, ed ho deciso di aprire il topic ufficiale.
Adesso creo il topic e aggiungo il materiale che mi avete fornito, prendendo spunto da altri topic ufficiali. ;)


Grandi! :king:

Chiudo questo topic quindi, si continua su quello ufficiale :)

www.boincitaly.org/i...unena&Itemid=2&func=view&id=976&catid=20

Vi metto entrambi come referenti.

Ciao,
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Re:POEM@Home 16/01/2008 14:15 #979

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Risultati ottenuti da POEM@Home:
- Dicembre 2007


In alto vediamo la conformazione non ripiegata della cosiddetta “cerniera triptofano”, una delle più piccole proteine con una struttura tridimensionale stabile. In basso vediamo la sovrapposizione della struttura ripiegata da POEM@HOME (rosa) con quella sperimentale (turchese). Le strutture a nastro indicano quella che viene chiamata conformazione a beta-foglietto. Molte proteine di questa dimensione non sono stabili, ma in questo peptide la stabilità è raggiunta raggruppando le catene laterali di triptofano su un lato del beta-foglietto. Queste catene laterali non amano stare in acqua (effetto idrofobico) e il nostro modello predice correttamente il loro raggruppamento in accordo con gli esperimenti. L’errore medio di ogni atomo nella struttura ripiegata è di 1,38 Amstrong, circa il “diametro” di una molecola di acqua come riferimento. La struttura ripiegata è in accordo con gli esperimenti ad una risoluzione sperimentale. Le piccole beta-forcine hanno un numero di funzioni biologiche, il che rende interessante studiarle. Tra le altre cose modulano l’entrata dei virus nelle cellule (come per esempio l’HIV).


In alto vediamo la conformazione non ripiegata della della proteina accessoria dell’HIV, un’altra proteina di cui il virus HIV ha bisogno per entrare nella cellula. In basso vediamo la sovrapposizione della struttura ripiegata da POEM@HOME (blu) con la conformazione sperimentale di questi 40 amminoacidi in tre alfa-eliche. L’errore medio per ogni atomo nella struttura ripiegata è di soli 2,56 Amstrong, di nuovo all’interno della risoluzione sperimentale.
- Aprile 2008


Negli ultimi mesi abbiamo completato con successo il folding di alcune proteine. Il ripiegamento mostrato nelle immagini qui sopra è 1UXD (link). Il repressore del fruttosio creato dall'Escherichia Coli è in grando di legare il DNA in un movimento elica-giro-elica. Una possibile via per il folding scoperta da POEM@Home è stata renderizzata utilizzando tre rappresentazioni differenti, che sono accessibili tramite le tre immagini qui sotto. Per produrre un movimento continuo una interpolazione lineare tra gli stati di POEM è stata costruita tramite Chimera.
Nel primo video può essere osservata la formazione delle tre eliche che avviene prima che la proteina si ripieghi in una struttura compatta tramite alcune rotazioni della catena principale. Il secondo filmato contiene una rappresentazione a palline e bastoncini nella quale si può vedere che, alla fine del processo di ripiegamento, la catena principale rimane per lo più statica mentre la catena secondaria rimane flessibile. Questo è dovuto al fatto che una rotazione della catena principale implica sempre un grosso cambiamento energetico poiché molti atomi vengono spostati. L'ultimo filmato (il più in basso) mostra il processo di ripiegamento con una rappresentazione a sfera (verde = idrofilo, preferisce la vicinanza all'acqua; bianco = idrofobico, non ama l'acqua). Qui la caratteristica maggiormente visibile del processo di ripiegamento è che la proteina tende a diventare una struttura molto compatta con un nucleo idrofobico. I filmati 1 e 3 evidenziano le due teorie contrapposte sul ripiegamento delle proteine: collasso idrofobico e formazione di strutture secondarie. Il folding di 1UXD suggerisce che entrambi i meccanismi coesistono. Versioni dei filmati di maggior risoluzione saranno presto disponibili nei forum.
(I tre video sono visibili sulla pagina ufficiale: boinc.fzk.de/poem/index.php?section=resultpage )
Ultima Modifica: da stefdur.
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Re:POEM@Home 16/01/2008 15:20 #980

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Bel lavoro stefdur. :mano:

La partecipazione di altre community comincia a dare i suoi frutti. Mi fa piacere. :)
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Re:POEM@Home 16/01/2008 23:54 #1005

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Perdonate l'assenza, che fa sembrare il thread che ho aperto come una maniera veramente poco signorile di lanciare il sasso e ritirare subito la mano. Non è così. Sono tempo, forze e lucidità necessari a mancarmi al momento: come mi pare di avere alluso, non sto per niente bene e da lunedì mi sto riempiendo in day hospital di cortisone via flebo (un grammo al giorno), per cui non posso dormire neppure con sonnifero e simili, sino a quando non avrò concluso questo ciclo di flebo, che sarà precisamente venerdì mattina.
Poiché, come sempre allo stesso modo mi pare di avere già accennato, sono stato e sono costretto ad attendere a un vero tour de force, continuerò pertanto a usare questo mio stato di insonnia per scrivere una sorta di articolato ''progettonzo'' dettagliato, ma non troppo, perché so bene chi mi troverò davanti venerdì pomeriggio allorché dovrò illustrare le linee guida che ho scelto, consapevole e attento al dibattito professionale, per introdurre - o, se si vuole, per riaprire sotto una veste moderna -, un tema di ricerca a me molto caro, dalle pagine di una rivista nella quale non ho ancora peraltro mai scritto. ;)
Vi ringrazio degli sforzi che state profondendo.
Grazie.
:mano: :cincin: :ave: :mano: :cincin: :ave: :mano: :cincin: :ave:
:italy: :clap: :D
Francesco
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Re:POEM@Home 17/01/2008 20:34 #1040

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Perdonate l'assenza, che fa sembrare il thread che ho aperto come una maniera veramente poco signorile di lanciare il sasso e ritirare subito la mano. Non è così. Sono tempo, forze e lucidità necessari a mancarmi al momento: come mi pare di avere alluso, non sto per niente bene e da lunedì mi sto riempiendo in day hospital di cortisone via flebo (un grammo al giorno), per cui non posso dormire neppure con sonnifero e simili, sino a quando non avrò concluso questo ciclo di flebo, che sarà precisamente venerdì mattina.
Poiché, come sempre allo stesso modo mi pare di avere già accennato, sono stato e sono costretto ad attendere a un vero tour de force, continuerò pertanto a usare questo mio stato di insonnia per scrivere una sorta di articolato ''progettonzo'' dettagliato, ma non troppo, perché so bene chi mi troverò davanti venerdì pomeriggio allorché dovrò illustrare le linee guida che ho scelto, consapevole e attento al dibattito professionale, per introdurre - o, se si vuole, per riaprire sotto una veste moderna -, un tema di ricerca a me molto caro, dalle pagine di una rivista nella quale non ho ancora peraltro mai scritto. ;)
Vi ringrazio degli sforzi che state profondendo.
Grazie.
:mano: :cincin: :ave: :mano: :cincin: :ave: :mano: :cincin: :ave:
:italy: :clap: :D

Ehm, non per essere un guastafeste, ma hai sbagliato thread :asd:
Questo è il thread ufficiale di POEM@Home che ho aperto ieri, tu hai aperto l'altro topic su POEM :asd:
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Re:POEM@Home 18/01/2008 08:32 #1049

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Me ne ero accorto già prima di postare, stefdur. ;)
E' tutta colpa di quell'amministratore cattivello che risponde al nome di GHz, che ha chiuso il thread adatto! :muro:
Quindi, GHz, per favore, ti prego di pulire questo thread e di appiccicare questi ultimi post in quell'altro aperto da me , riaprendolo.
Grazie in anticipo. :ave:
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Re:POEM@Home 18/01/2008 16:13 #1068

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Effelle ha scritto:

Me ne ero accorto già prima di postare, stefdur. ;)
E' tutta colpa di quell'amministratore cattivello che risponde al nome di GHz, che ha chiuso il thread adatto! :muro:
Quindi, GHz, per favore, ti prego di pulire questo thread e di appiccicare questi ultimi post in quell'altro aperto da me , riaprendolo.
Grazie in anticipo. :ave:


Non ne capisco il perchè visto che c'è il topic ufficiale (questo) comunque lo riapro, non c'è problema :boh:
I post non li posso spostare perchè sto forum del cavolo non lo permette, puoi ripostare di la e poi cancello questi di qua. Ciao!
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Re:POEM 19/01/2008 17:22 #1084

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Poiché il thread "uffciale" è stato ritenuto una sede non appropriata per discutere del progetto, inserisco qui la discussione.
Effelle ha scritto:

:rotoli:
Perdonate l'assenza, che fa sembrare il thread che ho aperto come una maniera veramente poco signorile di lanciare il sasso e ritirare subito la mano. Non è così. Sono tempo, forze e lucidità necessari a mancarmi al momento: come mi pare di avere alluso, non sto per niente bene e da lunedì mi sto riempiendo in day hospital di cortisone via flebo (un grammo al giorno), per cui non posso dormire neppure con sonnifero e simili, sino a quando non avrò concluso questo ciclo di flebo, che sarà precisamente venerdì mattina.
Poiché, come sempre allo stesso modo mi pare di avere già accennato, sono stato e sono costretto ad attendere a un vero tour de force, continuerò pertanto a usare questo mio stato di insonnia per scrivere una sorta di articolato ''progettonzo'' dettagliato, ma non troppo, perché so bene chi mi troverò davanti venerdì pomeriggio allorché dovrò illustrare le linee guida che ho scelto, consapevole e attento al dibattito professionale, per introdurre - o, se si vuole, per riaprire sotto una veste moderna -, un tema di ricerca a me molto caro, dalle pagine di una rivista nella quale non ho ancora peraltro mai scritto. ;)
Vi ringrazio degli sforzi che state profondendo.
Grazie.
:mano: :cincin: :ave: :mano: :cincin: :ave: :mano: :cincin: :ave:
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stefdur ha scritto:

Effelle ha scritto:

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Perdonate l'assenza, che fa sembrare il thread che ho aperto come una maniera veramente poco signorile di lanciare il sasso e ritirare subito la mano. Non è così. Sono tempo, forze e lucidità necessari a mancarmi al momento: come mi pare di avere alluso, non sto per niente bene e da lunedì mi sto riempiendo in day hospital di cortisone via flebo (un grammo al giorno), per cui non posso dormire neppure con sonnifero e simili, sino a quando non avrò concluso questo ciclo di flebo, che sarà precisamente venerdì mattina.
Poiché, come sempre allo stesso modo mi pare di avere già accennato, sono stato e sono costretto ad attendere a un vero tour de force, continuerò pertanto a usare questo mio stato di insonnia per scrivere una sorta di articolato ''progettonzo'' dettagliato, ma non troppo, perché so bene chi mi troverò davanti venerdì pomeriggio allorché dovrò illustrare le linee guida che ho scelto, consapevole e attento al dibattito professionale, per introdurre - o, se si vuole, per riaprire sotto una veste moderna -, un tema di ricerca a me molto caro, dalle pagine di una rivista nella quale non ho ancora peraltro mai scritto. ;)
Vi ringrazio degli sforzi che state profondendo.
Grazie.
:mano: :cincin: :ave: :mano: :cincin: :ave: :mano: :cincin: :ave:
:italy: :clap: :D

Ehm, non per essere un guastafeste, ma hai sbagliato thread :asd:
Questo è il thread ufficiale di POEM@Home che ho aperto ieri, tu hai aperto l'altro topic su POEM :asd:

Effelle ha scritto:

Me ne ero accorto già prima di postare, stefdur. ;)
E' tutta colpa di quell'amministratore cattivello che risponde al nome di GHz, che ha chiuso il thread adatto! :muro:
Quindi, GHz, per favore, ti prego di pulire questo thread e di appiccicare questi ultimi post in quell'altro aperto da me , riaprendolo.
Grazie in anticipo. :ave:

GHz ha scritto:

Effelle ha scritto:

Me ne ero accorto già prima di postare, stefdur. ;)
E' tutta colpa di quell'amministratore cattivello che risponde al nome di GHz, che ha chiuso il thread adatto! :muro:
Quindi, GHz, per favore, ti prego di pulire questo thread e di appiccicare questi ultimi post in quell'altro aperto da me , riaprendolo.
Grazie in anticipo. :ave:


Non ne capisco il perchè visto che c'è il topic ufficiale (questo) comunque lo riapro, non c'è problema :boh:
I post non li posso spostare perchè sto forum del cavolo non lo permette, puoi ripostare di la e poi cancello questi di qua. Ciao!

Penso che adesso GHz possa cancellare senza problemi i post nel thread ufficiale .
Francesco
BOINCStats: statistiche per progetto (immagine)

GenuineIntel Intel(R) Core(TM)2 Quad CPU Q8200 @ 2.33GHz [Family 6 Model 23 Stepping 7] (4 processors), 4 GB RAM, NVIDIA GeForce 9800 GTX/9800 GTX+ (511MB), vari HD (SATA e EIDE), Sabayon-Linux-amd64-2.6.33
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