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[Thread Ufficiale] Ibercivis 21/11/2008 12:48 #13697

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Ibercivis è risorto con nuovo sito , ed un nuovo database .
E' stato pertanto creato un nuovo Team. Risulta quindi un progetto nuovo.
Qui le nuove statistiche :
www.boincitaly.org/statistiche.html?show=project&pid=162



=====================================================================
Il vecchio progetto risulta pertanto chiuso
Nelle statistiche interne di BoincItaly risulta come :
www.boincitaly.org/s...iche-boincitaly.html?show=project&pid=31
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Re:Progetto IBERCIVIS 21/11/2008 13:05 #13700

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Potrebbe essere interessante.. si si
Non possiamo fare più finta di niente; al confronto dei politici siamo delle mezze seghe, dei conglomerati fecali simil cilindrici.
SVEGLIAAA!
Nelle auto blu ci sono più festini che nei nostri backstage, le loro intercettazioni sono più porche delle nostre interviste, persino le loro madri si vergognano più delle nostre. Loro sono delle eroiche puttane, delle superpotenze seminali e noi.. noi cosa siamo diventati? Ragazzette da sposare… Riprendiamoci i coma etilici, i fetori passionali, dirottiamo sull'edonismo e smettiamola di fare concerti per salvare le balene! Torniamo a passare l'inverno a scopare come ricci e l'estate a curarci le malattie veneree.
Solo così riusciremo a riprenderci ciò che è nostro o lasceremo a loro non solo il potere ma anche il Rock'N'Roll.

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Re:Progetto IBERCIVIS 21/11/2008 13:35 #13701

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Si, ne hanno parlato anche nell'ultimo workshop di BOINC, ed è stato annunciato in alcune news sul sito di BOINC negli scorsi mesi.

Non è un progetto nato per uno scopo specifico, è nato per dare la possibilità ai ricercatori spagnoli di utilizzare la potenza del calcolo distribuito per le loro ricerche. Quindi è un contenitore di progetti, un "multiprogetto". I progetti possono variare nel tempo.....se ce ne sono di validi si può valutare se supportarlo o meno.......
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Re:Progetto IBERCIVIS 21/11/2008 13:54 #13703

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GHz ha scritto:

Si, ne hanno parlato anche nell'ultimo workshop di BOINC, ed è stato annunciato in alcune news sul sito di BOINC negli scorsi mesi.

Si si, ricordo era il tizio spagnolo che aveva esordito con una fase del tipo, "scusate non parlo l'inglese, ma qualcosa di simile" con conseguente risata del pubblico, e in effetti aveva un accento spagnolo incredibile.

Cmq, il suo intervento e' bastato per far includere il progetto nella lista sulla HP di BOINC sotto la voce Multiple applications .

A breve (e forse neanche a lungo) non ho tempo di farlo io, ma se qualcuno lo vuole tradurre posso andarmi a vedere che nome aveva il file e vi mando il link (se e' ancora in rete), altrimenti avevo scaricato tutto su un DVD.

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Re:Progetto IBERCIVIS 21/11/2008 17:08 #13711

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astroale ha scritto:
A breve (e forse neanche a lungo) non ho tempo di farlo io, ma se qualcuno lo vuole tradurre posso andarmi a vedere che nome aveva il file e vi mando il link (se e' ancora in rete), altrimenti avevo scaricato tutto su un DVD.[/quote]

Il video è questo:

{google}-4849393269611156985{/google}

Queste sono le slide dell'intervento:

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Re:Progetto IBERCIVIS 21/11/2008 21:16 #13721

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Todos los medicamentos incluyen en su composición una sustancia química llamada principio activo (a la que genéricamente denominaremos ligando) y que es responsable de la actividad de dicho medicamento.
El resto de sus componentes, denominado excipiente, está constituido por sustancias inactivas cuya misión, entre otras, es asegurar que el principio activo llegue al lugar donde debe actuar.
Estos lugares normalmente se encuentran localizados tanto en la superficie como en el interior de ciertas estructuras macromoleculares "receptoras" como son las proteínas y los ácidos nucleicos entre otros.

Al final de su viaje, un ligando ha de encontrar su centro activo y acoplarse a él. Este proceso, denominado docking, es bastante complejo y en él entran en juego una serie de procesos químicos gobernados por leyes físicas, entre ellas las que tienen que ver con la energía que se consume o libera en tal proceso.

El saber cómo ocurre esta unión, así como la caracterización y cuantificación de los distintos eventos que tienen lugar en tal proceso, es un área de investigación en creciente desarrollo, ya que este conocimiento nos aportará los elementos necesarios que nos permitirá, en teoría, diseñar moléculas con la estructura óptima necesaria para que su actividad sea no sólo mucho mejor, sino que además no produzca interferencias con otros centros activos no deseados, lo que daría lugar a los conocidos "efectos secundarios".

En la actualidad contamos con sofisticadas técnicas experimentales de cuyos resultados se extrae información tridimensional tanto de las proteínas como de los ligandos, es decir, cómo están situados sus átomos en el espacio y cuál es la disposición geométrica de la unión entre ambos. Por lo tanto, sabemos cómo se han unido las moléculas y cuánto vale esa unión. Si fuéramos capaces, a partir de esas estructuras tridimensionales y con las leyes físicas y químicas que conocemos, de reproducir los resultados experimentales, estaríamos en la posición de poder predecir, para cualquier otro ligando, cómo sería su unión y cuánto valdría, antes de hacer costosas pruebas farmacológicas.

1. DOCKING PROTEICO
Tutti i medicinali includono nella loro composizione una sostanza chimica chiamata principio attivo che è responsabile dell'azione di tale medicinale. Il resto dei componenti, chiamati eccipienti, sono fondamentalmente sostanze inattive il cui scopo è, fra l'altro, assicurare che il principio attivo arrivi a destinazione.
Queste destinazioni sono normalmente localizzate sulla superficie o all'interno dei cosiddetti recettori, come le proteine e gli acidi nucleici.

Alla fine del viaggio, il principio attivo deve legarsi al recettore, Questo processo, denominato "docking" è molto complesso e chiama in causa una serie di processi chimici e fisici che 'governano' la quantità di energia consumata o liberata durante il processo.

Lo studio di questa unione (fra principio attivo e recettore n.d.d.), così come capire meglio i singoli eventi che hanno luogo nel processo sono campi di studio in rapido sviluppo. Questi studi potrebbero consentirci di disegnare molecole con una struttura ottimale per l'efficacia medicinale e per l'eliminazione degli effetti collaterali.

Attualmente, stiamo studiando con sofisticate tecniche sperimentali le caratteristiche tridimensionali dei principi attivi e delle proteine e le varie possibilità di unione fra gli stessi.
Partendo da questi studi sul docking e basandoci sulle leggi fisiche e chimiche che già conosciamo, saremo nella posizione di poter predire l'efficacia dell'unione fra farmaco e proteina evitando costosissimi esperimenti farmacologici.

se qualcuno conosce il castellano dovrebbe farmi il favore di controllare
grazie ;)
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Re:Progetto IBERCIVIS 21/11/2008 21:18 #13722

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ho scaricato qualche WU (sullo studio dei materiali) sono cortissime, ma hanno una deadline SUICIDA

UN GIORNO!! :eek: :eek:
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Re:Progetto IBERCIVIS 22/11/2008 02:26 #13728

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Ducati 749 ha scritto:

ho scaricato qualche WU (sullo studio dei materiali) sono cortissime, ma hanno una deadline SUICIDA

UN GIORNO!! :eek: :eek:


Ma sono pazzi. Il mio pc mi :bip:

Io conosco un po' il castellano. Domani se ho un attimo controllo quello che hai scritto e ti faccio sapere.
PC1: Intel Q9400 2.66 GHz, ASUS P5KC, nVidia GeForce 9400GT (smontata al momento), ATI HD5850, maxtor 250 GB, 4 GB ram Kingston.
PC2: Intel E8400 3.0 GHz, ASROCK G31M-GS, 2 GB ram Kingston, maxtor 80 GB, nVidia GTX275





http://stats.free-dc.org/badges.php?proj=yoy&id=17281&rows=1

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Re:Progetto IBERCIVIS 22/11/2008 17:06 #13750

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A me la fisica nucleare piace, ma odio gli spagnoli... come si fa?
"A proton walks into a Large Hadron Collider, and sees another proton, and OH SHI-"

La Repubblica Italiana è fondata sul lavoro, quindi LAVORATE !

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Re:Progetto IBERCIVIS 22/11/2008 18:37 #13769

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Venturini Dario ha scritto:

A me la fisica nucleare piace, ma odio gli spagnoli... come si fa?

valencia non è in spagna :stordita:
per le altre università.. chiudi un occhio ... lo facciamo per la scienza :asd:
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Re:Progetto IBERCIVIS 22/11/2008 19:38 #13772

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Venturini Dario ha scritto:

A me la fisica nucleare piace, ma odio gli spagnoli... come si fa?


Tira una monetina poi vedi. Comunque pensa alla scienza prima di tutto
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Re:Progetto IBERCIVIS 23/11/2008 13:57 #13817

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  • HOME del progetto
  • pagina di BOINC
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  • Tutte le pagine linkate sono scritte in spagnolo

    Le APPLICAZIONI
    Non tutte le applicazioni supportano tutti i sistemi operativi ma c'è comunque una vasta scelta . Un esempio:

    Docking
    Microsoft Windows (98 or later) running on an Intel x86-compatible CPU
    Linux running on an Intel x86-compatible CPU
    Linux running on an AMD x86_64 or Intel EM64T CPU
    Materiales16
    Microsoft Windows (98 or later) running on an Intel x86-compatible CPU
    Microsoft Windows running on an AMD x86_64 or Intel EM64T CPU
    Linux running on an Intel x86-compatible CPU
    Linux running on an AMD x86_64 or Intel EM64T CPU
    Mac OS X 10.3 or later running on Motorola PowerPC
    Mac OS 10.4 or later running on Intel
    Fusion
    Microsoft Windows (98 or later) running on an Intel x86-compatible CPU
    Linux running on an Intel x86-compatible CPU
    Linux running on an AMD x86_64 or Intel EM64T CPU

    Dati tecnici

    Quorum = 1, Replicazione iniziale =1
    Deadline = 1 giorno
    Durata delle WU: da 1000s a 5000s (da 15min a 1h15min)
    Crediti: direi fissi... cira 2,40 per 1000s di scaccolo
    Server status: manca perchè dicono che i server sono sparsi per le varie università
    Screensaver: ???

    I PROGETTI

    1. DOCKING PROTEICO
    Tutti i medicinali includono nella loro composizione una sostanza chimica chiamata principio attivo che è responsabile dell'azione di tale medicinale. Il resto dei componenti, chiamati eccipienti, sono fondamentalmente sostanze inattive il cui scopo è, fra l'altro, assicurare che il principio attivo arrivi a destinazione.
    Queste destinazioni sono normalmente localizzate sulla superficie o all'interno dei cosiddetti recettori, come le proteine e gli acidi nucleici. Alla fine del viaggio, il principio attivo deve legarsi al recettore, Questo processo, denominato "docking" è molto complesso e chiama in causa una serie di processi chimici e fisici che 'governano' la quantità di energia consumata o liberata durante il processo.

    Lo studio di questa unione (fra principio attivo e recettore n.d.d.), così come capire meglio i singoli eventi che hanno luogo nel processo sono campi di studio in rapido sviluppo. Questi studi potrebbero consentirci di disegnare molecole con una struttura ottimale per l'efficacia medicinale e per l'eliminazione degli effetti collaterali.

    Attualmente, stiamo studiando con sofisticate tecniche sperimentali le caratteristiche tridimensionali dei principi attivi e delle proteine e le varie possibilità di unione fra gli stessi.
    Partendo da questi studi sul docking e basandoci sulle leggi fisiche e chimiche che già conosciamo, saremo nella posizione di poter predire l'efficacia dell'unione fra farmaco e proteina evitando costosissimi esperimenti farmacologici.

    2. MATERIALI
    I materiali che cerchiamo di simulare (riprodurre) sono vetrosi e sistemi disordinati in generale. Il vetro infatti è uno stato intermedio tra il solido e il liquido. Dal punto di vista microscopico sono molto diversi dai solidi comuni poichè gli atomi non si dispongono seguendo una struttura pediodica (da qui il termine "disordinati" ).
    Lo studio teorico dei materiali vetrosi trova più applicazioni della fisica dei materiali comuni.

    Ad esempio, recentemente sono stati fatti significativi passi avanti, ispirati alla Fisica della rotazione del vetro, e nel campo dell’ottimizzazione della Scienza del Calcolo.

    Troviamo vetri nei materiali magnetici chiamati "spin-glasses" dove la disposizione del poli nord e sud delle "calamite atomiche" è rigida, ma aleatoria. Inoltre, appare un comportamento vetroso in un gran numero di materiali disordinati come i superconduttori. Il disordine danneggia profondamente le proprietà magnetiche e di conduzione elettrica dei materiali magnetoresistenti, che potrebbero essere la base per la prossima generazione di dischi fissi.

    Un altro aspetto importante riguarda il fatto che con le applicazioni di Ibercivis nell’area della Fisica dei Materiali complessi, affrontiamo un punto completamente nuovo nell’ambito del supercalcolo distribuito.

    3. FUSIONE NUCLEARE
    La fusione nucleare a contenimento magnetico potrebbe essere una fonte di energia che risolverà in futuro alcuni dei problemi presenti nel nostro sistema energetico. Specialmente quelli collegati con la scarsezza di risorse, posto che il combustibile sia virtualmente inesauribile, e quelli collegati con la emissione di contaminanti, specialmente gas effetto serra che portano a un surriscaldamento globale.

    Su questa linea di lavoro abbiamo cominciato a costruire nel sud della Francia il grande Tokamak ITER (International Thermonuclear Experimental Reactor) che entrerà in funzione nel 2016 circa.

    Il Plasma è lo stato fisico in cui appare la materia quando viene scaldata a centinaia di milioni di gradi, quelli necessari a raggiungere la fusione. In questo stato la materia ha proprietà molto diverse che negli altri stati fisici ( solido, liquido e gassoso) rispetto a quelli a cui siamo abituati.

    Esempi importanti di plasma sono le stelle, il fuoco, le aurore boreali ed i plasma della fusione. La creazione di Plasma di fusione consiste, ne più ne meno, nel ricreare sulla terra alcuni fenomeni che capitano nelle stelle. Nel Plasma, gli ioni caricati positivamente e gli elettroni caricati negativamente, si muovono in libertà, andando a collidere gli uni con gli altri e generando complessi comportamenti collettivi.

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    Ultima Modifica: da baxnimis.

    Re:Progetto IBERCIVIS 23/11/2008 19:02 #13836

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    per le traduzioni che mancavano un grazie a Giusy :aveave:


    adesso avete un sacco di cose da leggere :asd:

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    Ultima Modifica: da baxnimis.

    Re:Progetto IBERCIVIS 23/11/2008 19:15 #13839

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    Cmq sembra carino questo progetto... Vediamo... E' che scarseggiano i processori!! :asd:

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    Re:Progetto IBERCIVIS 23/11/2008 20:19 #13847

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    il progetto sembra molto interessante

    grazie mille a giusy per le traduzioni :ave:
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    Re:Progetto IBERCIVIS 23/11/2008 20:45 #13850

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    qualcosa non mi torna....
    l'applicazione FUSION è legata al progetto 'fusione'
    DOCKING alle proteine
    MATERIALES 16-32-64-128-48-24 ai materiali

    ma le applicazioni PROTOMOL, NANOLUZ e NEUROSIM cosa c'entrano?
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    Re:Progetto IBERCIVIS 23/11/2008 21:19 #13856

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    Ducati 749 ha scritto:

    qualcosa non mi torna....
    l'applicazione FUSION è legata al progetto 'fusione'
    DOCKING alle proteine
    MATERIALES 16-32-64-128-48-24 ai materiali

    ma le applicazioni PROTOMOL, NANOLUZ e NEUROSIM cosa c'entrano?


    leggiucchiando da qualche altra parte del sito ho visto che ci sono nuove applicazioni... ma non ci sono spiegazioni esaurienti

    credo bisognerebbe andare sul blog e cercare... ma cazzo solo spagnolo... niente nemmeno in inglese

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    Re:Progetto IBERCIVIS 23/11/2008 21:39 #13857

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    NANOLUZ
    questa applicazione è legata (così come PROTOMOL) al CSIC ( centro superiore per la ricerca scientifica governativo NDD)
    l'applicazione NANOLUZ studia la trasmissione della luce su scala nanometrica

    Esta aplicación, con Protomol, son aplicaciones con las que colabora el CSIC. La aplicación de nanoluz investiga acerca de la transmisión de luz a escalas nanométricas.

    ha senso? :help:

    PROTOMOL
    applicazione open source dell'università di Notre Dame (?) che studia le interazioni fra gli atomi delle molecole. in particolare i peptidi (catene di aminoacidi all'interno delle proteine NDD) costituiti da 2 o 3 aminoacidi.

    Protomol 2.1 es una aplicación que simula las interactiones entre los átomos de las moleculas. Un investigador del CSIC empieza a usarlo ahora como beta de ibercivis para identificar los conformeros mas probables de dipeptidos y tripeptidos en la naturaleza (pues no se conoce debido a su reducido tamaño). Los cáculos masivos empezaran cuando la aplicación pase a producción.

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    Ultima Modifica: da Ducati 749.

    Re:Progetto IBERCIVIS 24/11/2008 00:17 #13872

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    Ducati 749 ha scritto:

    ho scaricato qualche WU (sullo studio dei materiali) sono cortissime, ma hanno una deadline SUICIDA

    UN GIORNO!! :eek: :eek:

    Ok allora ottimo da far girare su server accesi h24.
    Probabilmente finora hanno usato risorse interne alle universita', e la deadline corta dipende solo da quello ... se in futuro vorranno usare piu' potenza esterna (bisognera' magari ricordaglielo sul loro forum) dovranno accontentarsi di una deadline piu' lunga.

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    Re:Progetto IBERCIVIS 24/11/2008 00:27 #13873

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    Venturini Dario ha scritto:

    A me la fisica nucleare piace, ma odio gli spagnoli... come si fa?

    :asd: e come mai ?
    Invece io li ammiro perche' da qualche anno a questa parte hanno raddoppiato i finanziamenti alla ricerca e i primi risultati iniziano a vedersi. Vedi il PS3Grid, che e' uno dei progetti BOINC piu' tecnologicamente innovativi (il primo che sfrutta una GPU): e' spagnolo e guarda il caso, e' seguito da un italiano fuggito dalle nostre universita' che qualcuno farnetica di farle finanziare dai privati. Privati che qui da noi sono quasi esclusivamente piccole ditte a carattere famigliare a zero tecnologia e grosse ditte finte private tipo la FIAT che esistono solo grazie a continui finanziamenti pubblici ... della serie vedremo mai un progetto BOINC nato nelle nostre universita' ? ... pessimismo e fastidio ...

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