PROGETTI ATTUALMENTE ATTIVI:
FightAIDS@Home - Phase 2 (FAAH2)
Outsmart Ebola Together (OET)
Uncovering Genome Mysteries (UGM)
Mapping Cancer Markers (MCM)
The Clean Energy Project - Phase 2 (CEP2)
Pagina dei requisiti minimi:
www.worldcommunitygr...g/help/viewTopic.do?shortName=minimumreq
Stato dei vari progetti:
FightAIDS@Home - Phase 2 (FAAH2)
Outsmart Ebola Together (OET)
Uncovering Genome Mysteries (UGM)
Mapping Cancer Markers (MCM)
The Clean Energy Project - Phase 2 (CEP2)
Help Conquer Cancer (HCC) -
Chiuso:
www.cs.toronto.edu/~juris/WCG/HCCprogress.html
Discovering Dengue Drugs-Together (DDDT) -
Chiuso:
www.utmb.edu/discove...guedrugs%2Dtogether/Project%20Status.htm
AfricanClimate@home (ACH) -
Chiuso:
www.csag.uct.ac.za/worldcommunitygrid
FightAIDS@home (FAAH) -
Chiuso:
fightaidsathome.scripps.edu/status
Human Proteome Folding Phase 2 (HPFP2) -
Chiuso:
homepages.nyu.edu/~rb133/wcg/rbonneau_posts.html
Nutritious Rice for the World -
Chiuso:
protinfo.compbio.washington.edu/rice/status.html
Links interessanti:
Forums di WCG:
www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/index
Statistiche globali di WCG:
www.worldcommunitygrid.org/stat/viewGlobal.do
Link al team BOINC.Italy su WCG:
www.worldcommunitygr...g/team/viewTeamInfo.do?teamId=J4K5DVH5Q1
Alcune notizie (articoli un pò datati ma esaurienti):
www.businessonline.i...ity_Grid_per_fare_del_bene_al_mondo.html
www-03.ibm.com/press/it/it/pressrelease/19444.wss
FightAIDS@home (FAAH) - Chiuso
Combattere l'AIDS da casa
Status del progetto e scoperte: le informazioni su questo progetto sono pubblicate nelle pagine sottostanti e sul sito di "Combattere l'AIDS da casa" dagli scienziati del progetto. Per gli ultimi aggiornamenti sullo status del progetto, per favore scaricate il report (in formato .pdf) di "Combattere l'AIDS da casa". Per commentare o rivolgere domande sul progetto, per favore scrivete nel forum di "Combattere l'AIDS da casa".
L'aggancio delle proteasi dell'HIV - Cos'è l'AIDS?
UNAIDS, il programma delle Nazioni Unite sull'HIV/AIDS, stima che nel 2004 c'erano più di 40 milioni di persone nel mondo infettate dall'HIV, il virus della Sindrome da ImmunoDeficenza Acquisita. Il virus ha influenzato le vite di uomini, donne e bambini in tutto il mondo. Al momento non c'è alcuna cura in vista, solo trattamenti con una varietà di medicinali.
Il Laboratorio del Prof. Arthur J. Olson all'Istituto di Ricerca Scripps (TSRI) sta studiando metodi computazionali per progettare nuovi farmaci anti-HIV basati sulla struttura molecolare. È stato dimostrato più volte che la funzione di una molecola - una sostanza fatta di molti atomi - è dovuta alla sua forma tridimensionale. L'oggetto dello studio di Olson è la proteasi dell'HIV, una componente fondamentale del virus che, se bloccata, impedisce al virus di maturare. Questi blocchi, conosciuti come "inibitori delle proteasi", sono quindi un modo per evitare l'insorgere dell'AIDS e prolungare la vita. Il Laboratorio Olson sta usando metodi computazionali per identificare nuovi potenziali medicinali che abbiano la giusta forma e caratteristiche chimiche per bloccare la proteasi dell'HIV. Questo approccio generale è chiamato "Sviluppo strutturale dei medicinali" e come riferito dagli Istituti Nazionali di Scienze Mediche Generali ha già avuto importanti effetti sulle vite delle persone che convivono con l'AIDS.
Ancor peggio l'HIV è un "replicatore impreciso" e quindi continua ad evolversi in nuove varianti, alcune delle quali sono resistenti ai medicinali attuali. È quindi vitale che gli scienziati continuino la loro ricerca per nuovi e migliori farmaci per combattere questo "bersaglio in movimento".
Gli scienziati sono in grado di determinare tramite esperimenti le forme di una proteina e di un farmaco separatamente, ma non sempre di entrambi quando combinati. Se gli scienziati conoscessero come una molecola di un farmaco si adatta nel sito attivo della proteina bersaglio, i farmacisti potrebbero capire come creare farmaci ancora migliori che siano più efficaci di quelli esistenti.
Per rispondere a queste sfide, il progetto della World Community Grid “Combatti l'AIDS da casa” utilizza un programma software chiamato “Autodock” (autoaggancio) sviluppato nel laboratorio del Prof. Olson. Autodock è un insieme di strumenti in grado di predirre come le piccole molecole, quali quelle dei potenziali farmaci, si potrebbero legare o “agganciare” ad un recettore di una struttura tridimensionale conosciuta. La prima versione di Autodock fu scritta nel laboratorio Olson nel 1990 dal Dott. David S. Goodsell. Da allora, sono state rilasciate nuove versioni, sviluppate dal Dott. Garrett M. Morris, che aggiungono i risultati e le strategie di nuove scoperte scientifiche e che rendono il software computazionalmente più robusto, veloce e facile da usare per gli altri scienziati. Dall'inizio di questo progetto, la World Community Grid ha utilizzato una versione pre-rilascio di Autodock 4. Nell'agosto 2007 WCG ha cominciato ad utilizzare la nuova versione aperta al pubblico di Autodock 4 che è più veloce, più accurata, può gestire ricerche flessibili sulle molecole ed può inoltre essere usata per l'analisi dell'aggancio tra molecole. Autodock è utilizzato nel progetto “Combattere l'AIDS da casa” all'interno della World Community Grid per agganciare un grande numero di piccole molecole alla proteasi dell'HIV, così le migliori molecole possono essere trovate per via computazionale, selezionate e testate in laboratorio per valutare l'efficacia contro il virus dell'HIV. Unendo le forze l'Istituto di Ricerca Scripps, la World Community Grid e la crescente comunità di volontari possono trovare migliori trattamenti molto più velocemente che mai in precedenza.
Status del progetto e scoperte: le informazioni su questo progetto sono pubblicate nelle pagine sottostanti e sul sito di "Combattere l'AIDS da casa" dagli scienziati del progetto. Per gli ultimi aggiornamenti sullo status del progetto, per favore scaricate il report (in formato .pdf) di "Combattere l'AIDS da casa". Per commentare o rivolgere domande sul progetto, per favore scrivete nel forum di "Combattere l'AIDS da casa".
Testo originale:
www.worldcommunitygr...rg/projects_showcase/viewFaahResearch.do
(Tradotto da: iuccio)
Lo Screensaver:
Tempo attuale di elaborazione per wu: Dipende dalle work units. Indicativamente dalle 2 alle 7/8 ore su processore AMD Athlon64 3200 @2000 MHz con Windows XP Home Edition a 32 bit.
Nutritious Rice for the World - Chiuso
Nota personale: per chi fosse contro gli OGM (postate nel thread e smonterò in ogni caso tutte le vostre motivazioni) ricordo che questo progetto non vuole fare dell'ingegneria genetica, ma semplicemente studiare in modo più dettagliato i caratteri delle diverse varietà di riso per effettuare i tradizionali incroci in modo più efficiente.
Missione
Lobiettivo di questo progetto è di predire la struttura delle proteine delle più importanti varietà di riso. Lintento è quello di aiutare gli agricoltori ad incrociare in maniera migliore delle varietà con raccolti ad alta produttività, promuovere una migliore resistenza alle malattie e agli insetti nocivi e utilizzare una ampia gamma di nutrienti che possano dare beneficio alle persone nel mondo, soprattutto in quelle regioni dove la fame è una questione critica.
La determinazione della struttura delle proteine è un processo estremamente difficile e costoso. Comunque è possibile predire attraverso dei calcoli la struttura proteica a partire dalla sequenza di DNA corrispondente. Il Gruppo di Ricerca per la Biologia Computazionale dellUniversità di Washington ha sviluppato un software allavanguardia per fare questo. La difficoltà è che ci sono migliaia di proteine diverse nel riso. Questo rappresenta una sfida computazionale che un singolo computer non può risolvere in un ragionevole arco di tempo. Pertanto i volontari del World Community Grid sono invitati a contribuire a questo scoraggiante compito. Tramite la collaborazione con ricercatori e agricoltori la speranza è di aumentare la quantità e la qualità dei raccolti di riso nel mondo.
Importanza
La fame e la malnutrizione sono i maggiori rischi per la salute nel mondo. Quasi il 30 % della popolazione mondiale soffre di qualche forma di malnutrizione
[1]. Ogni anno, 10 milioni di persone muoiono di fame e di malattie correlate alla fame. In effetti ogni anno muoiono più persone per fame e malnutrizione di quante non ne muoiano a causa di AIDS, malaria e tubercolosi messe insieme
[2].
Il riso è la maggior fonte di nutrimento per più della metà della popolazione mondiale. Il 20 % del totale di energia introdotta con il cibo per ogni uomo, donna e bambino nel mondo proviene dal riso. Nella sola Asia più di 2 miliardi di persone ricavano il 70% dellenergia della loro dieta quotidiana dal riso e dai suoi derivati
[3].
Migliorare le varietà di riso per ottenere raccolti più produttivi, più resistenti e nutrizionalmente ottimizzati avrà un impatto positivo sulla vita di miliardi di persone.
Approccio
La creazione di varietà migliori di riso è stato tradizionalmente compiuto attraverso lincrocio di varietà diverse per produrre ibridi con caratteristiche migliori. Però questo si limita allincrocio di varietà con caratteristiche facilmente osservabili.
Caratteristiche complesse (come alta produttività, resistenza alle malattie o contenuto nutrizionale) derivano da complesse interazioni biochimiche di singoli componenti proteici. Identificare queste proteine e capire le loro proprietà e interazioni dà agli agricoltori lopportunità di influire su queste caratteristiche in maniera raffinata scegliendo finemente i candidati per gli incroci. Predire la struttura delle proteine può dare informazioni sul ruolo che svolgono nella biochimica di queste caratteristiche.
1. Secondo la
Food and Agriculture Organization of the United Nations
. (Vedi il
PDF
.)
2. Secondo il
United Nations World Food Programme
. (Vedi
Horizon of Hope
di John M. Powell, Deputy Executive Director of World Food Programme's External Affairs and Resource Development Department.)
3. Secondo la
Food and Agriculture Organization of the United Nations
. (Vedi
"Rice is life": International Rice Commission meets in Peru
press release.)
Testo originale:
www.worldcommunitygr...g/projects_showcase/rice/viewRiceMain.do
Stato del progetto:
link
Nel riquadro sono riportate circa 40.000 proteine ognuna rappresentata da un punto.
Punti azzurri:Proteine in fase di calcolo.
Punti viola:Proteine non ancora iniziate.
Punti gialli: proteine finite.
Durata dei tasks:
Da verificare.
Screensaver:
Da verificare.
Video:
World Community Grid Tackles Rice Crisis
Human Protein Folding Phase 2 (HPF2) - Chiuso
Descrizione:
Human Protein Folding Phase 2 (HPF2) continua laddove la prima fase ha terminato. I due obiettivi più importanti del progetto sono di: 1) ottenere strutture ad alta definizione di specifiche proteine umane e di proteine patogene e 2) esplorare maggiormente i limiti della predizione della struttura delle proteine sviluppando ulteriormente il software di predizione strutturale Rosetta. Così il progetto si indirizza a due imperativi paralleli molto importanti, uno biologico e laltro biofisico.
Il progetto, che ha avuto inizio all Institute for Systems Biology e adesso continua al Department of Biology and Computer Science dellUniversità di New York, raffinerà, usando il software Rosetta in un modo che tiene conto di un maggior dettaglio atomico, le strutture risultanti dalla prima fase del progetto. Lobiettivo della prima fase era di capire la funzione delle proteine. Lobiettivo della seconda fase è di incrementare la risoluzione della predizione per certi sottogruppi di proteine umane. Una migliore risoluzione è importante per molte applicazioni, tra cui lidentificazione attraverso modelli virtuali di bersagli per i medicinali e la loro modalità di attacco. Elaborando alcune proteine ben studiate su World Community Grid (come le proteine del lievito), la seconda fase servirà anche a migliorare la comprensione della fisica delle strutture proteiche e ad avanzare la nostra conoscenza nella predizione delle strutture proteiche. Questo aiuterà anche gli sviluppatori di Rosetta a migliorare ulteriormente il software e laffidabilità delle sue predizioni.
HPF2 focalizzerà l'attenzione sulle proteine umane secrete (proteine nel sangue e negli spazi tra cellule). Queste proteine possono essere importanti per la comunicazione tra cellule e sono spesso degli indicatori chiave per fare una diagnosi. Queste proteine si sono rivelate utili anche come medicinali (quando sintetizzate e somministrate dai medici alle persone che ne sono carenti). Esempi di proteine secrete umane usate in cure terapeutiche sono l'insulina e l'ormone umano della crescita. Capire la funzione delle proteine secrete umane può aiutare i ricercatori a scoprire la funzione di proteine del sangue e di altri fluidi interstiziali.
Il progetto guarderà anche allo studio delle proteine secrete patogene. Anche se ancora nella sua prima fase, HPF2 si incentrerà sul Plasmodium, lagente patogeno che causa la malaria. I ricercatori sperano che lalta risoluzione della predizione della struttura delle proteine secrete dalla malaria servirà da infrastruttura bioinformatica per quei ricercatori che stanno lavorando duramente in tutto il mondo per capire la complessa interazione tra gli ospiti umani e i parassiti della malaria. Benché esistano poche soluzioni miracolose e la biologia sia uno dei campi più complicati sulla Terra, i ricercatori pensano che questo lavoro aiuterà a capire le basi di questa interazione ospite-patogeno o perlomeno delle sue componenti. I ricercatori forniranno i risultati delle loro scoperte alla comunità scientifica e successivamente lavoreranno con la comunità per visualizzare, utilizzare e raffinare i dati. Questa comprensione potrebbe poi essere la base per impostare gli interventi.
Infine, questo progetto congiunge i sui sforzi con NYU e ISB per sostenere una medicina predittiva, preventiva e personalizzata (dando per presupposto che queste proteine secrete siano degli elementi chiave per la medicina del futuro). E troppo presto per dire quali proteine si scopriranno essere dei biomarcatori (sostanze talvolta trovate in quantità eccessiva nel sangue, altri fluidi corporei o tessuti e che possono essere usate per indicare la presenza di qualche tipo di cancro). In ogni caso è chiaro che molte di esse saranno delle proteine secrete. Come per la prima fase del progetto, la potenza di Word Community Grid sarà fondamentale per fornire rapidamente dei risultati ai ricercatori delle comunità biologiche e biomediche.
Testo originale:
www.worldcommunitygr...rg/projects_showcase/viewHpf2Research.do
Stato del progetto:
homepages.nyu.edu/~rb133/wcg/rbonneau_posts.html
Durata dei tasks:
Circa 9 ore su un portatile Pentium M 1,6 GHz.
Screensaver: