ARGOMENTO:

Come ogni bienni stà per partire la competizione internazionale CASP , con in prima fila tutti i maggiori ricercatori che si occupano di ripegamento/predizione proteica.
Storicamente, il team Boinc Italy organizza un challenge interno (ma pubblicizzato anche su forum esterni) sul progetto Rosetta, che di solito è quello più costante, sia come lavoro che come risultati, piazzandosi sempre ai primi posti della competizione.
Che facciamo? Lo organizziamo? Questa è la timetable della competizione:

April 2016 - Start of the registration for CASP12 prediction experiment.
April 20, 2016 - Start of the testing of server connectivity ("dry run" for server predictors).
May 1, 2016 - Release of the first CASP12 prediction target.
July 15, 2016 - Last date for releasing regular prediction targets.
July 31, 2016 - End of the regular prediction season.
August 18, 2016 - End of the refinement and data-assisted prediction season.

Possiamo decidere come procedere ed organizzarci.

zi zi non c'ho mai preso parte ..

oltre a rosetta ? immagino folding ... altro ?

come funziona ?

C'è qualche articolo che spiega più in dettaglio in cosa consiste il CASP?

Edit: in pratica è una sfida tra ricercatori per stabilire i metodi di simulazione più affidabili?

sabayonino ha scritto:

oltre a rosetta ? immagino folding ... altro ?

di sicuro CAS@Home, ma quelli han poco lavoro di solito
Altre volte han partecipato quelli di Poem, stavolta non so
No, folding no.

come funziona ?

Se intendi come funziona il casp.ita, ecco un "vecchio" esempio.

Se invece intendi come funziona il Casp è piuttosto semplice.
Una commissione di ricercatori di "terze parti" (tra cui l'italiana Anna Tramontano) rilasciano delle proteine unfolded sconosciute ai team - che si suddividono in 2 categorie: automatici (tipo rosetta) e manuali (con l'intervento umano durante il ripiegamento) - e questi devono produrre le proteine ripiegate che più si avvicinano a quelle di laboratorio.
Alla fine di tutto, di solito, si trovano in Italia per una convention in cui parlano dei risultati e decidono gli articoli da pubblicare.

Mantis-89 ha scritto:

Edit: in pratica è una sfida tra ricercatori per stabilire i metodi di simulazione più affidabili?

Esatto. L'ho descritto un pò meglio a Saba, e qui su wiki inglese trovi qualcosa di più.

Mi sembra ancora un "impegno" un po "labile" nel senso che non è chiaro su quale progetto partecipare e se si deve dichiarare un intervallo di tempo nel quale partecipare (con l'ovvia domanda: e se uno partecipa a un altro progetto e a un'altra durata, che cosa succede ??)

E poi esiste una graduatoria tra teams o questo non è volutamente imposto ??

La formula di questo Challenge è interessante ma...si va anche qui di bunker o cosa?

zioriga ha scritto:

Mi sembra ancora un "impegno" un po "labile" nel senso che non è chiaro su quale progetto partecipare e se si deve dichiarare un intervallo di tempo nel quale partecipare (con l'ovvia domanda: e se uno partecipa a un altro progetto e a un'altra durata, che cosa succede ??)

E poi esiste una graduatoria tra teams o questo non è volutamente imposto ??

credo basti scaccolarci sopra . le classifiche sono "interne". (tra di noi , un qualcosa di simile al chaleng einterno che abbiamo fatto con TN-Grid)
non credo che "loro" ne rilascino alcuna (almeno non ne ho viste)

basta eaborarci sopra poco o tanto

io più provo ad addentrarmi su questo argomento e più sono sconcertato. Provo a mettere un primo elenco di dubbi/problemi:

- se è una "sfida" tra metodi/algoritmi portati avanti da vari progetti/piattaforme , dovrebbe esserci un elenco chiaro di quest'ultimi. non ho ancora trovato una pagina dove sia riportato questo elenco (potrebbe essere interessante sperimentare altre piattaforme progetti)

- ho rintracciato un forum ma è fermo al 2012

- nell'ottica di aiutare questa gara, che mi sembra molto interessante al fine di migliorare le metodiche di calcolo, sarebbe molto più corretto poter elaborare sulle WU destinate a questo scopo. Su questo non sarei molto d'accordo a scaccolare tanto per scaccolare, senza tener conto delle finalità di questo assessment

per ora mi fermo

Credo che il Casp.Ita "sia solo" un challenge interno organizzato in parallelo al CASP (che è la sfida tra ricercatori) e solitamente viene organizzato su Rosetta (che se non ho capito male partecipa al CASP).
Quindi mi sembra di capire che aiutare il progetto scelto nel CASP non sia l'obiettivo principale

scusa Mantis, ma nel tuo discorso ci sono troppi "mi sembra"

e poi il mio discorso ha proprio la finalità di aiutare i ricercatori sui loro progetti/elaborazioni

e poi perchè Rosetta e non altri ???

zioriga ha scritto:

scusa Mantis, ma nel tuo discorso ci sono troppi "mi sembra"

e poi il mio discorso ha proprio la finalità di aiutare i ricercatori sui loro progetti/elaborazioni

e poi perchè Rosetta e non altri ???

sul ripiegamento proteico mi sembra ci sia solo rosetta.forse qualche volta POEM

il saba ha detto:

sul ripiegamento proteico mi sembra ci sia solo rosetta.forse qualche volta POEM

a parte il suo dubbio, credo si debba indagare su quale altra piattaforma di calcolo vengono effettuati calcoli di biologia numerica.
L'altra piattaforma che conosco e che è stata già citata è Folding@home, ma il bobo ha detto che non partecipa al Casp (dove poi sia riportata questa notizia io no lo so)

dovrei supporre che debbano esistere altre piattaforme di calcolo che comprendano biologia numerica volta al folding.

WCG ??

e poi ???

in altri termini quali sono questi "contendenti".

Se noi ci limitiamo a solo Rosetta, a stima direi che falsiamo i risultati, per nostra ignoranza. Nulla vieta ci sia qualche "contendente" che sia decisamente migliore rispetto a Rosetta

zioriga ha scritto:

...
in altri termini quali sono questi "contendenti".

Se noi ci limitiamo a solo Rosetta, a stima direi che falsiamo i risultati, per nostra ignoranza. Nulla vieta ci sia qualche "contendente" che sia decisamente migliore rispetto a Rosetta

Credo che la sfida sia rivolta a tutti i ricercatori di quello specifico campo, non solo ai progetti BOINC.
Attendiamo boboviz se ci può dare maggiori informazioni in merito

zioriga ha scritto:

- se è una "sfida" tra metodi/algoritmi portati avanti da vari progetti/piattaforme , dovrebbe esserci un elenco chiaro di quest'ultimi. non ho ancora trovato una pagina dove sia riportato questo elenco (potrebbe essere interessante sperimentare altre piattaforme progetti)

Eh, ma bisogna vedere se girano su boinc, per dire.
Storicamente i progetti che partecipano, lo dicono sul loro forum
Quest'anno solo 2 lo hanno detto in anticipo: Rosetta e Cas

- ho rintracciato un forum ma è fermo al 2012

La competizione è biennale e la scorsa volta, il 2014, avevamo altro per la testa.

- nell'ottica di aiutare questa gara, che mi sembra molto interessante al fine di migliorare le metodiche di calcolo, sarebbe molto più corretto poter elaborare sulle WU destinate a questo scopo. Su questo non sarei molto d'accordo a scaccolare tanto per scaccolare, senza tener conto delle finalità di questo assessment.

Giusto. Rosetta, per esempio, di solito quando siamo sotto il casp rilascia wu che lo indicano chiaramente con un nome che all'interno ha il "tag" _casp_

zioriga ha scritto:

a parte il suo dubbio, credo si debba indagare su quale altra piattaforma di calcolo vengono effettuati calcoli di biologia numerica.

Su qualsiasi altra piattaforma. Il panorama di CASP, rileggendo un pò di pubblicazioni degli scorsi anni, è assolutamente eterogeneo: università, centri di ricerca privati, piccole case farmaceutiche, ecc.
Lo stesso dicasi per i metodi di calcolo: chi usa boinc, chi ha un cluster interno, chi usa boinc in rete privata, ecc, ecc.
Per questo motivo è molto interessante, scientificamente: diversi punti di vista e diversi metodi.

L'altra piattaforma che conosco e che è stata già citata è Folding@home, ma il bobo ha detto che non partecipa al Casp (dove poi sia riportata questa notizia io no lo so)

Perchè storicamente non ha mai partecipato e non mi sembra di aver visto, nel forum, cenni a una partecipazione.

dovrei supporre che debbano esistere altre piattaforme di calcolo che comprendano biologia numerica volta al folding.

Tutti quelli di citizen science non compresi in boinc, tipo Eterna, Foldit, ecc
Tra l'altro pure quelli di foldit aiutano per il Casp di Rosetta

in altri termini quali sono questi "contendenti".

Ieri sera han pubblicato la chiusura definitiva delle iscrizioni: 150 team.

Se noi ci limitiamo a solo Rosetta, a stima direi che falsiamo i risultati, per nostra ignoranza. Nulla vieta ci sia qualche "contendente" che sia decisamente migliore rispetto a Rosetta

1) Magari qualcuno di meglio c'è ma, come detto sopra, non usa la piattaforma boinc
2) Nel 2014, nelle tre categorie che erano previste, Rosetta è arrivata prima su due e seconda nella terza. Non mi sembra male :-P

Mantis-89 ha scritto:

Credo che la sfida sia rivolta a tutti i ricercatori di quello specifico campo, non solo ai progetti BOINC.

Esatto. Come ho scritto sopra c'è un pò di tutto, boinc incluso.

Attendiamo boboviz se ci può dare maggiori informazioni in merito

Ah, niente. Come dicevo ieri sera han chiuso le iscrizioni e cominciano a distribuire il lavoro ai team a partire dal 2 Maggio.
Sta poi ai team come Rosetta e Cas adattare le strutture native al loro codice e cominciare a distribuire il lavoro.

La conferenza finale sarà a Gaeta, in un albergo in riva al mare.
Si trattano mica male stì ricercatori

Ora che, finalmente dopo anni di cose capite a metà, hai fatto un pò di luce nella mia comprensione di tutto ciò, dimmi:

1- si può pensare a una sorta di statistica su chi per caso riceve queste wu di cas e rosetta?
2- hai intenzione di andare a Gaeta a assistere alla conferenza?
3- secondo la timeline, dal 1° maggio al 31 luglio c'è la possibilità di contribuire, quindi definirlo challenge è una oscenità?

In effetti su CAS@home si fa riferimento alla possibilità che la piattaforma CAS@home possa essere utilizzata in ambito Casp.

E' riportato in main page, ma con data 12 febbraio, e da allora tutto tace

zioriga ha scritto:

E' riportato in main page, ma con data 12 febbraio, e da allora tutto tace

E intanto ieri, come da calendario, è stata mollata la prima bomba

>T0859 AP205, , 133 residues
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