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Evolution@home
Scopo del progetto
Evolution@home è il primo sistema di calcolo distribuito, e al momento l'unico, utilizzato per la biologia evolutiva. Vogliamo supportare la ricerca che aiuta a capire l'evoluzione. Crediamo che questo sia importante per la nostra società dal momento che aiuta a chiarire dei punti vitali quali l'impatto dell'uomo sul pianeta, l'estinzione delle specie, l'evoluzione dei batteri patogeni e il significato delle sequenze geniche.
Per progredire nella ricerca sono necessari modelli matematici sempre più complicati e spesso la loro analisi richiede una capacità computazionale ben superiore a quella a disposizione dei ricercatori di biologia evolutiva. Ecco perchè ci siamo lanciati in questo progetto.
Per progredire nella ricerca sono necessari modelli matematici sempre più complicati e spesso la loro analisi richiede una capacità computazionale ben superiore a quella a disposizione dei ricercatori di biologia evolutiva. Ecco perchè ci siamo lanciati in questo progetto.
Capacità di calcolo
Le simulazioni
La simulazione si concentra principalmente sul cosiddetto ingranaggio di Muller, cioè sull'evoluzione anomala di una specie in caso di assenza di ricombinazione genetica (partenogenesi, endosimbionti, specie unisessuali, ecc..).
Normalmente in questi casi si accumulano rapidamente delle mutazioni che portano all'estinzione della popolazione ma in realtà a volte ciò non accade ma si ha una evoluzione della specie.
Applicazioni disponibili
E' disponibile solamente l'applicazione per OS Windows 32 bit
Il nome della WU contiene le seguenti parti (es. evo_1196518209-696_439KB_6.94)
evo_: nome dell'applicazione
1196518209: timestamp
439KB: stima della RAM necessaria
6.94: stima del tempo di elaborazione su un Pentium 500MHz
Nel campo della biologia evolutiva ci sono molte domande a cui è difficile dare una risposta. Le cose potrebbero andare in un modo o nell'altro e si possono raccontare molte storie plausibili su come e perchè la natura si evolve.
Normalmente queste storie derivano tutte da un comune insieme di meccanismi conosciuti e l'unica differenza è il peso reciproco che questi hanno. Sfortunatamente le conclusioni a volte possono essere diametralmente opposte.
Dal momento che molte di queste storie, o si potrebbero chiamare modelli, dipendono solamente da una descrizione verbale, ci sono ben poche possibilità di aprire un dibattito che porti a dei reali progressi. Spesso a parlarne si finisce per girare a vuoto.
Fortunatamente sembra esserci un modo per uscirne. Il rigore delle descizioni matematiche applicato ai modelli verbali è stato basilare per i successi nel campo della fisica.
Lo stesso metodo si può utilizzare per l'evoluzione. Questo è quello che hanno fatto già dal 1920 personaggi come Fisher, Wright e Haldane. I modelli matematici sono stati basilari per dare forma alle varie idee dei meccanismi evolutivi e senza il rigore matematico applicato dai molti ricercatori che li seguirono, la moderna teoria dell'evoluzione così come noi la conosciamo non esisterebbe nemmeno.
La natura non svela i suoi segreti facilmente. Una caratteristica comune dei modelli matematici evolutivi è la loro semplicità che li rende facilmente trattabili analiticamente. Spesso però questa semplicità si scontra con la realtà biologica degli organismi viventi: questo è frequeste causa di scetticismo.
Questo ci riporterebbe allo stadio verbale in cui si discute se e come questo o quel processo sono maggiormente importanti nell'evoluzione di un sistema: ora invece si vuole discutere se le assunzioni semplificative siano o meno appropriate per il modello scelto.
La soluzione ovvia è quella di costruire rigorosi modelli quantitativi che siano il più vicino possibile alla realtà biologica, più di quelli che in precedenza hanno fallito.
Sfortunatamente questi modelli eccedono le capacità di calcolo anche dei più brillanti matematici ma la soluzione ce l'ha data la tecnologia che ha equipaggiato milioni di case con dei PC.
Normalmente queste storie derivano tutte da un comune insieme di meccanismi conosciuti e l'unica differenza è il peso reciproco che questi hanno. Sfortunatamente le conclusioni a volte possono essere diametralmente opposte.
Dal momento che molte di queste storie, o si potrebbero chiamare modelli, dipendono solamente da una descrizione verbale, ci sono ben poche possibilità di aprire un dibattito che porti a dei reali progressi. Spesso a parlarne si finisce per girare a vuoto.
Fortunatamente sembra esserci un modo per uscirne. Il rigore delle descizioni matematiche applicato ai modelli verbali è stato basilare per i successi nel campo della fisica.
Lo stesso metodo si può utilizzare per l'evoluzione. Questo è quello che hanno fatto già dal 1920 personaggi come Fisher, Wright e Haldane. I modelli matematici sono stati basilari per dare forma alle varie idee dei meccanismi evolutivi e senza il rigore matematico applicato dai molti ricercatori che li seguirono, la moderna teoria dell'evoluzione così come noi la conosciamo non esisterebbe nemmeno.
La natura non svela i suoi segreti facilmente. Una caratteristica comune dei modelli matematici evolutivi è la loro semplicità che li rende facilmente trattabili analiticamente. Spesso però questa semplicità si scontra con la realtà biologica degli organismi viventi: questo è frequeste causa di scetticismo.
Questo ci riporterebbe allo stadio verbale in cui si discute se e come questo o quel processo sono maggiormente importanti nell'evoluzione di un sistema: ora invece si vuole discutere se le assunzioni semplificative siano o meno appropriate per il modello scelto.
La soluzione ovvia è quella di costruire rigorosi modelli quantitativi che siano il più vicino possibile alla realtà biologica, più di quelli che in precedenza hanno fallito.
Sfortunatamente questi modelli eccedono le capacità di calcolo anche dei più brillanti matematici ma la soluzione ce l'ha data la tecnologia che ha equipaggiato milioni di case con dei PC.
Le simulazioni
La simulazione si concentra principalmente sul cosiddetto ingranaggio di Muller, cioè sull'evoluzione anomala di una specie in caso di assenza di ricombinazione genetica (partenogenesi, endosimbionti, specie unisessuali, ecc..).
Normalmente in questi casi si accumulano rapidamente delle mutazioni che portano all'estinzione della popolazione ma in realtà a volte ciò non accade ma si ha una evoluzione della specie.
Applicazioni disponibili
E' disponibile solamente l'applicazione per OS Windows 32 bit
Il nome della WU contiene le seguenti parti (es. evo_1196518209-696_439KB_6.94)
evo_: nome dell'applicazione
1196518209: timestamp
439KB: stima della RAM necessaria
6.94: stima del tempo di elaborazione su un Pentium 500MHz
Deadline: 3 giorni per ogni 8 ore di elaborazione presunta (ce ne sono da 8 ore, 16, 24, 48)
Quorum = 1
Replicazione Iniziale = 1
Quorum = 1
Replicazione Iniziale = 1
Problemi conosciuti
Non ci sono checkpoints ma lasciando l'applicazione in memoria si può superare il problema in caso di sospensione dell'elaborazione.
L'indicatore di progresso non è molto accurato
I crediti sono calcolati in base alla grandezza delle popolazioni studiate (informazioni trovate su QUESTA pagina del sito ufficiale).
Stato del server di Evolution@home
Non ci sono checkpoints ma lasciando l'applicazione in memoria si può superare il problema in caso di sospensione dell'elaborazione.
L'indicatore di progresso non è molto accurato
I crediti sono calcolati in base alla grandezza delle popolazioni studiate (informazioni trovate su QUESTA pagina del sito ufficiale).
Stato del server di Evolution@home