Rosetta@home

E' stato pubblicato un articolo sulla rivista Nature riguardante il metodo di Rosetta che permette di determinare le strutture di un'ampia classe di proteine usando dati cristallografici limitati.

Grazie a tutti i per aver reso possibile questo lavoro.

In un post precedente ho descritto la progettazione di piccole proteine che si legano e bloccano la funzione della proteina di superficie del virus dell'influenza, chiamata emoagglutinina. Siamo molto entusiasti della possibilità di creare più proteine che si leghino ai vari ceppi del virus e che potrebbero servire come farmaci anti influenza (queste sarebbero solo per le infezioni molto gravi, perché probabilmente non vorreste prendere una dose di queste troppe volte) e stiamo lavorando su questo. Nel frattempo un articolo che descrive la progettazione di queste prime proteine e come bloccano l’emoagglutinina del virus dell'influenza spagnola, è appena stato accettato sulla rivista Science. Siamo entusiasti (e nervosi) perché non siamo mai stati così vicini a creare un vero farmaco prima (come ho spiegato prima, la maggior parte di ciò che facciamo è rivolto più alla comprensione di base che allo sviluppo dei farmaci). Ovviamente la strada è ancora lunga (studi clinici e altro, se arriveremo fino a quel punto) per ottenere qualcosa che possa essere utilizzato come farmaco. Vi terrò aggiornati man mano che procederemo con questo lavoro.

Oggi gli eroi sono Keith e Darwin, i nostri amministratori di sistemi e architetti hardware. Ieri il nostro filesystem principale si è arrestato gravemente. C'erano spie lampeggianti dietro ogni disco sul SAN e sembrava piuttosto grave. Fortunatamente Keith e Darwin sono stati in grado di individuare il problema a due moduli laser ridondanti per i loop in fibra ottica (è stata una sfortuna incredibile che si siano danneggiati entrambi). I moduli laser sono stati sostituiti e il filesystem è ripartito. Riavvieremo di nuovo il progetto a breve. Grazie per la vostra pazienza.

Per prima cosa vorrei ringraziare tutti voi per il supporto durante la recente fase critica in cui abbiamo dovuto ripristinare il progetto dopo una serio problema hardware. Entro un paio di mesi installeremo altro hardware più potente e più affidabile, quindi c'è la speranza che cose del genere non accadano più.

Dal Diario del Dr. David Baker

La Fondazione Bill & Melinda Gates aveva lanciato un programma di sovvenzioni per dieci progetti innovativi nel campo della ricerca medica; recentemente ha quindi elargito 1,000,000 $ ad un progetto per lo sviluppo di specifici enzimi che catalizzano il taglio del DNA del virus HIV all'interno delle cellule infette.Una delle molte disgustose caratteristiche del virus HIV è che esso può rimanere latente (nascosto) per molto tempo e in questo modo non viene riconosciuto dal sistema immunitario umano. Se fosse possibile generare degli enzimi che tagliano la sequenza genomica facendo venire alla scoperta il virus, allora perlomeno si potrebbe distruggere il suo nascondiglio.Il laboratorio di Keith Jerome presso l'Università di Washington sta sviluppando dei metodi per rilasciare enzimi a cellule potenzialmente infette dal HIV e uno dei suoi collaboratori utilizza proprio Rosetta per progettare tali enzimi. E' un progetto molto eccitante per noi e vi terremo informati!