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Da un messaggio di uno scienziato del progetto.
Ciao,
come avrete letto sul blog di David Baker, recentemente abbiamo avuto molti interessanti sviluppi sul fronte dell’emoagglutinina influenzale, tra cui una struttura cristallina che conferma una delle progettazioni a computer e dei dati biochimici rispetto ad un’altra progettazione che dimostrano che la proteina inibisce l'azione dell’emoagglutinina. Speriamo che questo significhi che queste proteine possano servire come piattaforma per lo sviluppo di medicinali e diagnostica per molti tipi diversi di influenza. Più in generale, l’idea che la progettazione di proteine al computer potrebbe produrre proteine utili come anticorpi è un segno di maturità in questo campo. Sono molto lieto di ricordare anche che entrambe queste progettazioni, come l'80% delle proteine che abbiamo generato nel progetto emoagglutinina, provengono dai vostri computer su Rosetta@Home. Questo progetto è stato così complesso che senza le vostre stupefacenti risorse sarebbe stato impossibile ottenere dei leganti funzionanti.
Riguardo ad un lavoro analogo, stiamo progettando più leganti putativi di RhoA, quindi vedrete più lavori di progettazione con l'etichetta "progettazione di inibitori di RhoA". Ho già introdotto RhoA in questo post.
Grazie mille! Sarel.
Ci sono stati dei notevoli passi avanti nel nostro lavoro di sviluppo di metodi per la progettazione di proteine che possano legarsi e bloccare le attività di altre proteine bersaglio. Al momento ci sono 3 bersagli per i quali abbiamo già non solo progettato ma anche sperimentato dei leganti: un enzima chiamato lisozima molto usato come "modello", una proteina coinvolta nella biosintesi batterica che causa la tubercolosi, una proteina chiave presente sulla superficie del virus influenzale H1N1. Nell'ultimo caso i nostri collaboratori hanno già risolto (determinato) la struttura reale della proteina, progettata da noi, legata al virus e la somiglianza con il modello computazionale è davvero elevata!Dal Diario del Dr. David Baker
In passato ho descritto un nuovo approccio, usando Rosetta, per la progettazione di vaccini per i quali non esistono attualmente trattamenti efficaci di vaccinazione. L’HIV, per esempio, si è rivelato essere diabolicamente efficace a eludere il sistema immunitario e, come probabilmente sapete, nonostante il molto lavoro non esiste un vaccino veramente buono. In collaborazione con altri gruppi, Rosetta è stata utilizzata per progettare piccole proteine che presentano regioni "tallone d'Achille" del virus al sistema immunitario, in modo da stimolare la produzione di anticorpi che riconoscono queste regioni. Ci sono già state le prime pubblicazioni scientifiche a riguardo e, nonostante le proteine progettate non hanno ancora suscitato reazioni fortemente neutralizzanti, vi è un notevole entusiasmo per questo nuovo approccio. Potete trovare maggiori informazioni qui (in inglese).
Rosetta@home si può seguire ora anche su Twitter, una delle più famose piattaforme di social network disponibili in rete.
L'applicazione di Rosetta è stata aggiornata alla versione 2.16. Per segnalare gli errori andate su questo thread.