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NRG

 

AMBITO: Biologia, Medicina
STATO:  ATTIVO 
VOTO: ( N.P. )

 

Najmanovich Reasearch Group - NRG - è un progetto di ricerca che utilizza in computer connessi ad internet per fare delle ricerche nel riconoscimento molecolare e nella biologia computazionale.
NRG è basato all'Università di Sherbrooke.

 

Per ulteriori informazioni visitate il thread ufficiale presente nel nostro forum.


NRG



Infrastruttura di elaborazione grid

Il docking è una tecnica computazionale utilizzata per predire l'interazione di un ligando con un recettore (vedete il video sotto). La tecnica è largamente utilizzata in studi con alto throughtput considerando il suo relativo piccolo tempo di esecuzione comparato con altre tecniche. Così, il docking è ampiamente utilizzato per schermare migliaia di composti per identificare possibili nuove molecole con effetti terapeutici. Tuttavia, questi studi con elevato throughput richiedono grandi potenze di calcolo considerando il numero di composti da attraccare.

http://bcb.med.usherbrooke.ca/videos/FlexAID_Movie.mp4

Hanno implementato in laboratorio un'infrastruttura BOINC che gli permette di suddividere i compiti computazionali del loro programma di docking FlexAID tra tutti i computer connessi al loro server. Con i recenti sviluppi, il software è ora compatibile sotto il sistema operativo Windows. Questo permette la partecipazione di volontari da molti laboratori dei dipartimenti di biochimica (Dr. Martin Bisaillon e il Dr. Jean-Guy Lehoux) e di farmacologia (Dr. Pierre Lavigne, Dr. Richard Leduc e il Dr. Éric Marsault), volontari dal CRC (Dr. Maxime Descoteaux) oltre ad un grande numero di utenti del world-wide (guardate i grafici a torta sottostanti).

hosts country piechart

 

hosts platform piechart

 Ora sono in grado di attraccare ben 2500 composti all'ora (vedete figura sottostante).

boinc fig1

Richiedono l'assistenza di ulteriori volontari per condividere il tempo al fine di accelerare la ricerca in diversi progetti relativi alla salute.

Infatti, lo scopo dei progetti è di caratterizzare nuovi mirati inibitori:

La proteasi Matriptase coinvolta nella progressione dello sviluppo del cancro

La proteasi Matriptase-2 importante regolatore per l'omeostasi del ferro

Il GPCRs coinvolto nel diabete

Le chinasi responsabili per il triplo carcinoma mammario negativo

La germinazione proteasi del Clostridium difficile


NRG




Stato del progetto: progetto attivo
Iscrizione libera.

 

Requisiti minimi: nessuno
Gli sviluppatori non segnalano requisiti minimi da rispettare.

 

Screensaver: non disponibile

 

Assegnazione crediti: variabili in base al tempo di elaborazione
Quorum = 1

 

Applicazioni e WU disponibili: vedi scheda "Link"
Cliccare sulle icone relative alle "Applicazioni" ico32_applicazioni e allo "Stato del server" ico32_server.

 

Sistemi operativi supportati: vedi scheda "Info tecniche"

 

Dati specifici sull'elaborazione: vedi scheda "Info tecniche"
Per ottenere dati sulla durata media dell'elaborazione, la RAM necessaria e la dead line, consultare la scheda "Info tecniche" qui a destra. Per informazioni particolareggiate (specifiche per applicazione e sistema operativo, intervallo di backup e crediti assegnati) rifarsi alla pagina dei risultati del progetto WUprop@home.

 

Problemi comuni: nessuno
Non si riscontrano problemi significativi.

 


NRG

 

 

 




Supporto al progetto: supportato
Per unirsi al team BOINC.Italy consultare la scheda "Link" qui a destra cliccando sull'icona relativa al "JOIN" ico32_bi.

 

Referente/i: posizione vacante
Se sei interessato al progetto e vuoi dare una mano diventando referente, contatta i moderatori in privato o attraverso le pagine del forum.

 

Posizione del team nelle classifiche modiali:



Andamento dei crediti giornalieri:



Andamento del RAC:



Statistiche interne: vedi scheda "Link"
Cliccare sulle icone relative alle "Statistiche progetto" ico32_stats o alla "Classifica utenti" ico32_classutenti (solo per iscritti al team).

 

Statistiche BOINC.Stats: vedi scheda "Link"
Cliccare sulle icone relative alle "Statistiche del team sul progetto" ico32_boincstats o alla "Classifica dei team italiani" ico32_statita.

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Avatar di astroale
astroale ha risposto alla discussione #116439 20/07/2015 13:03

New publication
Hi BOINC users,

It has been a while since I have given any news related to this project. Don't worry the project is not dead despite not having sent any jobs in the last couple of months.

We were very busy with some other important tasks. One of them was the publication of the method FlexAID you all have been running on your own machines for years. Your precious work has been rewarded as the method has been published in the peer-reviewed and high-quality Journal of Chemical Information and Modeling. For more information, please refer to
pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jcim.5b00078
The article is open-access and all of you can access it.

As a matter of fact, here is another article we recently published in which many BOINC users contributed to:
pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/jm5015633

We made sure to acknowledge, in the papers themselves, the work of all BOINC users who contributed to our project since the beginning. Your work has definitely allowed us to make our method much more accurate than we had hoped, and has helped advancing the field of drug discovery.

As for myself, I am currently in the process of writing my thesis. However, FlexAID still remains in development as another student (Louis-Philippe Morency) is taking over the project. LP will require your help in the upcoming months as to increase the performance of our method even more.

I hope many of you will comeback to contribute to the work of our group again :)

Francis Gaudreault

19 Jun 2015 18:11:19 UTC

Avatar di boboviz
boboviz ha risposto alla discussione #116436 20/07/2015 11:44

Il progetto è chiuso.... :read:


?? Ma se hanno appena pubblicato un paper scientifico ottenuto con il progetto e uno degli admin ha scritto che stanno lavorando per ripartire con le wus....
Avatar di ReLeon
ReLeon ha risposto alla discussione #116427 20/07/2015 00:09

Il progetto è chiuso.... :read:

...... dove è scritto esplicitamente???? :ave:
Avatar di Gattorantolo
Gattorantolo ha risposto alla discussione #116381 16/07/2015 21:19
Il progetto è chiuso.... :read:
Avatar di Alezz95
Alezz95 ha risposto alla discussione #116377 16/07/2015 21:06
non si può fare un account in qualche modo?