Infrastruttura di elaborazione grid
Il docking è una tecnica computazionale utilizzata per predire l'interazione di un ligando con un recettore (vedete il video sotto). La tecnica è largamente utilizzata in studi con alto throughtput considerando il suo relativo piccolo tempo di esecuzione comparato con altre tecniche. Così, il docking è ampiamente utilizzato per schermare migliaia di composti per identificare possibili nuove molecole con effetti terapeutici. Tuttavia, questi studi con elevato throughput richiedono grandi potenze di calcolo considerando il numero di composti da attraccare.
http://bcb.med.usherbrooke.ca/videos/FlexAID_Movie.mp4
Hanno implementato in laboratorio un'infrastruttura BOINC che gli permette di suddividere i compiti computazionali del loro programma di docking FlexAID tra tutti i computer connessi al loro server. Con i recenti sviluppi, il software è ora compatibile sotto il sistema operativo Windows. Questo permette la partecipazione di volontari da molti laboratori dei dipartimenti di biochimica (Dr. Martin Bisaillon e il Dr. Jean-Guy Lehoux) e di farmacologia (Dr. Pierre Lavigne, Dr. Richard Leduc e il Dr. Éric Marsault), volontari dal CRC (Dr. Maxime Descoteaux) oltre ad un grande numero di utenti del world-wide (guardate i grafici a torta sottostanti).
Ora sono in grado di attraccare ben 2500 composti all'ora (vedete figura sottostante).
Richiedono l'assistenza di ulteriori volontari per condividere il tempo al fine di accelerare la ricerca in diversi progetti relativi alla salute.
Infatti, lo scopo dei progetti è di caratterizzare nuovi mirati inibitori:
La proteasi Matriptase coinvolta nella progressione dello sviluppo del cancro
La proteasi Matriptase-2 importante regolatore per l'omeostasi del ferro
Il GPCRs coinvolto nel diabete
Le chinasi responsabili per il triplo carcinoma mammario negativo
La germinazione proteasi del Clostridium difficile