ARGOMENTO:

Ciao. Scusate, ma esattamente qual'è la differenza fra poem e rosetta?
Io sinceramente sono indeciso quale scegliere fra i due. Rosetta occupa un bel po di ram (anche se ne ho tanta, però...)

Prendi con le pinze quello che dico perchè per trovare esattamente le differenze dovrei leggermi dei papiri

Entrambi i progetti si occupano di predire le strutture delle proteine ed entrambi i progetti lo fanno seguendo il principio che la struttura ottimale trovata (e quindi quella verosimile) avrà il minor valore di energia libera tra quelle con gli stessi componenti molecolari.

Probabilmente ROSETTA studia anche le interazioni delle proteine con il "mondo esterno".

In sostanza credo che siano 2 modi diversi (ma fondalmentalmente simili) di ottenere lo stesso risultato tipo: scoprire come volare usando le ali... mica detto che la soluzione sia univoca

Ma ripeto... le pinze...

si si, d'accordo... ma a questo punto non è un "fare le stesse cose 2 volte"? Oppure si mettono d'accordo?


Cmq... piccolo ot: ma se le preferenze impostate sul sito sono diverse dalle preferenze impostate sul client.... quali vengono considerate? Ho appena scoperto che sul sito dice di elaborare solo quando il computer non è in uso... invece il client dice di elaborare sempre...

lampyris ha scritto:

si si, d'accordo... ma a questo punto non è un "fare le stesse cose 2 volte"? Oppure si mettono d'accordo?

ci sono diversi progetti che cercano di ottenere quei risultati, alcuni legati a BOINC, alcuni sperimentali, alcuni altro ancora... la ricerca non è unica.
Alla fine i metodi numerici daranno sicuramente alcuni risultati duplicati. Considera però che sono metodi numerici e non sperimentali quindi una doppia conferma non può fare che bene

Cmq... piccolo ot: ma se le preferenze impostate sul sito sono diverse dalle preferenze impostate sul client.... quali vengono considerate? Ho appena scoperto che sul sito dice di elaborare solo quando il computer non è in uso... invece il client dice di elaborare sempre...

Vince il client

cmq... non sono progetti a 64bit, vero? Quindi avere un sistema 64bit in questi casi è inutile?

Cmq credo sia lo stesso per tutti i progetti di biologia/medicina....

Ho passato tutta la giornata a rimuginare sul fatto che avevo visto da qualche parte un thread che spiegava le differenze...

C'ho messo un po' ma alla fine l'ho trovato!

boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=4119

interessante, davvero interessante

solo che già al secondo post c'è un "this is wrong". Credo che sia necessario leggersi tutto (link compresi) per trarre delle conclusioni. Magari è utile anche per il forum... qualcuno si offre volontario ?

baxnimis ha scritto:

interessante, davvero interessante

solo che già al secondo post c'è un "this is wrong". Credo che sia necessario leggersi tutto (link compresi) per trarre delle conclusioni. Magari è utile anche per il forum... qualcuno si offre volontario ?

certo che di carne al fuoco ne stiamo mettendo veramente tanta ultimamente...

magari inseriscilo nella "7D9 TODO LIST" così quando 7D9 non ha voglia di studiare si mette a tradurre tutto il thread

eheh grazie Poi mi leggerò quel link appena ho tempo (credo domani)

Cmq... nessuno saprebbe chiarirmi la questione del 32-64bit?
Perchè io installerei un sistema linux a 32bit sul nuovo computer (perchè i 64bit non mi servono realmente, e il sistema a 64bit ha binari più grandi (quindi maggior spazio occupato), e usa più ram.)
Io ho intenzione di dedicarmi principalmente a progetti di medicina/biologia.... dite che con tali progetti, avrei dei vantaggi ad usare i 64bit invece dei 32bit?

domanda da niubbo:
perchè un sistema a 64bit dovrebbe usare più ram?

cmq da qualche parte avevo letto che rosetta guadagnava qualcosa in termini di prestazioni su un sistema a 64 bit
mi pare..

ma perchè:
1) usa indirizzi a 64bit invece che 32bit.
2) il programma eseguito viene caricato in memoria. Se ha un binario maggiore, la quantità di ram usata è maggiore
3) Carica in memoria sia le librerie a 32bit che quelle a 64bit.
4) Dimezza la cache del processore: : infatti, una cache da (poniamo) 1 mega puo' cachare 32768 registri da 32bit, e solo 16384 a 64 bit.

Io su gentoo (in sè occupa pochissima ram, sui 200mb) + firefox + rosetta@home ero arrivato a 1.6GB di ram usati. (senza contare la cache, ovvio)

lampyris ha scritto:

ma perchè:
1) usa indirizzi a 64bit invece che 32bit.
2) il programma eseguito viene caricato in memoria. Se ha un binario maggiore, la quantità di ram usata è maggiore
3) Carica in memoria sia le librerie a 32bit che quelle a 64bit.
4) Dimezza la cache del processore: : infatti, una cache da (poniamo) 1 mega puo' cachare 32768 registri da 32bit, e solo 16384 a 64 bit.

Io su gentoo (in sè occupa pochissima ram, sui 200mb) + firefox + rosetta@home ero arrivato a 1.6GB di ram usati. (senza contare la cache, ovvio)

Non è così semplice come la metti te, non è vero che a 64 si dimezza tutto. Se i dati da allocare sono 1MB, occuperanno 1MB sia a 32 che a 64 bit, indipendentemente da come viene indirizzata la ram o da come è organizzata internamente. Idem per i dati in cahce. E il binario di un file piò essere anche di 10K e allocarti tutta la ram....dipende da cosa fa il programma. E' vero che i registri del processore sono a 64 bit, ma non è detto che questo serva a velocizzare i conti, dipende dal tipo di operazioni che esegue il programma. Infatti ci sono progetti che con il client a 64 bit guadagnano molto, e altri che invece guadagnano poco o nulla.

GHz ha scritto:

E' vero che i registri del processore sono a 64 bit, ma non è detto che questo serva a velocizzare i conti, dipende dal tipo di operazioni che esegue il programma. Infatti ci sono progetti che con il client a 64 bit guadagnano molto, e altri che invece guadagnano poco o nulla.

Lo so bene questo. Dipende dal tipo di operazioni svolte, e dal programma.
E' per questo che la mia richiesta iniziale è stata: Con i client di rosetta/poem si guadagna qualcosa, oppure nulla?

lampyris ha scritto:

eheh grazie Poi mi leggerò quel link appena ho tempo (credo domani)

Cmq... nessuno saprebbe chiarirmi la questione del 32-64bit?
Perchè io installerei un sistema linux a 32bit sul nuovo computer (perchè i 64bit non mi servono realmente, e il sistema a 64bit ha binari più grandi (quindi maggior spazio occupato), e usa più ram.)
Io ho intenzione di dedicarmi principalmente a progetti di medicina/biologia.... dite che con tali progetti, avrei dei vantaggi ad usare i 64bit invece dei 32bit?

Dipende dal progetto, innanzi tutto per controllare quali versioni del client sono disponibili devi andare sul link "application" che trovi in praticamente tutte le home dei progetti (su QMC non l'ho trovato):
abcathome.com/apps.php
sull'ABC ho provato il sia il client a 64 che a 32 sulla stessa macchina (uno xeon quad core) e ho verificato che in quel caso la velocita' letteramente dimezzava col client a 32 (ebbene si, sono stato costrettto per esigenze di lavoro ad installare una specifica distribuzione linux e a rinunciare al 64-criceto).
Quindi su Rosetta esiste un client a 64 bit boinc.bakerlab.org/rosetta/apps.php sia per linux che per windows, non e' detto che che si comporti come quello dell'ABC, ad esempio sul SIMAP avevo verificato senza pero' fare conti precisi che la differenza era minima.

Che io sappia a tutt'oggi solo ABC ed Einstein beneficiano dei 64bit

ok, grazie!

Venturini Dario ha scritto:

Che io sappia a tutt'oggi solo ABC ed Einstein beneficiano dei 64bit

Ho un deja vu su questa cosa, ma la mia memoria da criceto non mi permette di visualizzare
... mi dici che l'Einstein va piu' veloce con i 64 bit ma (vedi: einstein.phys.uwm.edu/apps.php ) non sembrano disporre di applicazioni a 64 bit:

ipotesi 1: la loro applicazione a 32 comunque riesce lo stesso a trarre un particolare vantaggio sui 64

ipotesi 2: esistono, come per il SETI, applicazioni ottimizate ricompilate da terze parti (in tal caso le voglio provare subito!!!!!)

altrimenti

Penso che la risposta giusta sia la 1, per qualche motivo pare che le librerie fossero più veloci. In realtà, e non vorrei dire una cazzata, ho il dubbio che il paragone fosse tra windows32 e Linux64 e che quindi il tutto potesse essere frutto non dei bit di indirizzamento ma del sistema operativo.

beh, il sistema operativo influenza molto. Anche una singola distro piuttosto che un altra, può influenzare...

Venturini Dario ha scritto:

Penso che la risposta giusta sia la 1, per qualche motivo pare che le librerie fossero più veloci. In realtà, e non vorrei dire una cazzata, ho il dubbio che il paragone fosse tra windows32 e Linux64 e che quindi il tutto potesse essere frutto non dei bit di indirizzamento ma del sistema operativo.

Si quello l'avevo notato anche io all'epoca ma solo su processori multi core, (allora avevo solo dei linux 32), mentre su vecchi PIII e P4 non vedevo differenze, tanto che sospettavo fosse un problema del kernel di windows che disottimizzava la schedulazione sui multicore.
Ma ora dopo la fine della fase S5R3 e quindi dopo che hanno aggiornato il client e anche il meccanismo di assegnazione dei crediti, non vedo piu' molta differenza tra windows e linux.