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valterc Windows 7, Nvidia 980 (25.03.24, 21:11)
valterc https://www.gpugrid.net/results.php?hostid=100638 (25.03.24, 21:11)
puurome2 Purtroppo di Work Unit ATM non ce ne sono più per GPUGRID. Quando c'erano la work unit mi andava sempre in errore. Questo problema delle unità ATM ce l'hanno molti utenti Windows. (24.03.24, 21:09)
samu986 valterc, ah, ok, grazie mille! Speriamo ce ne possano essere allora! (24.03.24, 10:11)
valterc (non sono disponibili sempre però) (22.03.24, 16:18)
valterc uhmmm le workunit ATM: Free energy calculations of protein-ligand binding vanno anche su Windows (22.03.24, 16:17)
samu986 zioriga, oh...ecco spiegato l'arcano...beh, grazie mille per la delucidazione! Spero che andando avanti ce ne potranno essere anche per Windows. Grazie ancora! (21.03.24, 17:58)
zioriga la risposta è semplice, attualmente le Wu per GPU sono solo per LInux (21.03.24, 11:39)
samu986 Buongiorno a tutti, sapete per caso se GPUGRID funziona bene? A me interessano le WU per GPU, infatti ho selezionato solo quelle, ma non mi arriva niente da mesi. Qualcuno potrebbe aiutarmi, per cortesia? (21.03.24, 10:59)
boboviz problemi su Denis@home (11.03.24, 16:02)
Spot T entity macina con l'armata al completo, io a ranghi ridotti e Boinc.Italy è attualmente prima (in L2) (29.02.24, 19:12)
Spot T Ieri è iniziato FB 2024, con le varie novità e subito lo sprint. Per chi volesse partecipare il progetto è Numberfields (29.02.24, 19:10)
boboviz e con i 5gb da scaricare tutte le volte.... (29.02.24, 15:48)
boboviz con il vecchio wrapper (29.02.24, 15:48)
boboviz ancora le wus virtualbox di Rosetta (29.02.24, 15:48)
zioriga al momento io sono quarto assoluto e BOINC.Italy è al terzo posto (14.02.24, 17:57)
zioriga Per chi volesse 'partecipare, c'è in funzione il challenge BOINCStats su RamanujanMachine https://www.boincstats.com/stats/challenge/team/chat/1121 (14.02.24, 17:57)
Spot T eh... il discorso non fa una piega... (11.02.24, 19:33)
Nubman @valterc: chiedono di te https://www.primegrid.com/forum_thread.php?id=10427&nowrap=true#169137 (11.02.24, 18:29)
BeppeGio Asteroids@home non è chiuso.... ho scaricato un paio di giorni fa (07.02.24, 17:33)
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ARGOMENTO:

[Thread Ufficiale] Docking@home 02/02/2009 12:27 #18918

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Link utili:

Articolo di approfondimento sul portale
Indirizzo per connettersi al progetto: docking.cis.udel.edu/ (da copiare e incollare nel Boinc Manager)
Link per effettuare il Join a BOINC.Italy su Docking@Home


Sei curioso dei risultati scientifici di Boinc? Guarda la sezione Pubblicazioni.

"We continue to face indifference and resistance from the high­-performance computing establishment." D. Anderson


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Re:Docking@home 02/02/2009 14:43 #18924

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perchè non è supportato?
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Re:Docking@home 03/02/2009 17:27 #19007

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Ducati 749 ha scritto:

perchè non è supportato?


Credo sia perchè non ci sono informazioni sufficienti sul progetto


Sei curioso dei risultati scientifici di Boinc? Guarda la sezione Pubblicazioni.

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Re:Docking@home 03/02/2009 17:36 #19009

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Io vi partecipo, ho appena finito di elaborare qualcuna delle ultime wu.. mi durano 2 ore e 15 minuti circa. A me il progetto piace :)

Si occupa dello sviluppo di metodi per il docking delle proteine però non ho capito la differenza con Rosetta@home per esempio.
www.ecosia.org/index.php

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Re:Docking@home 03/02/2009 18:26 #19017

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djtux ha scritto:

però non ho capito la differenza con Rosetta@home per esempio.


eh, questa cosa sarebbe utile capirla... magari se riesco provo ad informarmi. Se qualcun'altro lo vuole fare ben venga :D
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Re:Docking@home 03/02/2009 18:38 #19019

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ci sono talmente tanti progetti che studiano le proteine che penso sia impossibile capirci qualcosa..:muro:
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Re:Docking@home 17/03/2009 13:23 #21307

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Ma ci starebbe male il nostro team su Docking@home??? :D
Perché non si scaccola pure qui come team e non ognuno per cavoli suoi???
www.ecosia.org/index.php

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Re:Docking@home 17/03/2009 14:41 #21317

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DOCKING @ HOME

Docking@Home is a project which uses Internet-connected computers to perform scientific calculations that aid in the creation of new and improved medicines. The project aims to help cure diseases such as Human Immunodeficiency Virus (HIV). Docking@Home is a collaboration between the University of Delaware, The Scripps Research Institute, and the University of California - Berkeley. It is part of the Dynamically Adaptive Protein-Ligand Docking System project ( DAPLDS ) and is supported by the National Science Foundation.
Before new drugs can be produced for laboratory testing, researchers must create molecular models and simulate their interactions to reveal possible candidates for effective drugs. This simulation is called docking. The combinations of molecules and their binding orientations are infinite in number. Simulating as many combinations as possible requires a tremendous amount of computing power. In order to reduce costs, researchers have decided that an effective means of generating this computing power is to distribute the tasks across a large number of computers.

About
Docking@Home is a collaborative project between computer scientists and bioscientists, with specific goals in each discipline. From the bioscience point of view, the project aims to further knowledge of the atomic details of protein-ligand interactions and, by doing so, will search for insights into the discovery of novel pharmaceuticals. From the computer science point of view, this project aims to extend volunteer computing to enable adaptive multi-scale modeling of the docking applications. Different models that represent the same phenomena in nature with different levels of accuracy and resource requirements will be chosen at run-time based on results collected to date and identified characteristics of the protein-ligand complex.
Docking@Home is a pure non-profit effort. The project is composed of academic researchers that are funded by public agencies [NSF and NIH] to benefit the public. This is accomplished by publishing results and methods in peer reviewed scientific journals, releasing results to the public via this project web site, and eventually by collaborating with other publicly funded experimental researchers. The results are also used to improve the protein-ligand docking methodology and to validate models. By collaborating with other publicly funded experimental researchers, we hope this will allow us all to get more out of our limited publicly funded research dollars.
The project focuses on the docking of small molecules (drug-like molecules also called "ligands" ) to proteins and developing and extending our current methodology for protein-ligand docking. Protein-ligand docking is now a very useful step in the identification of new small molecules that may bind to a protein. A protein-ligand docking simulation can help direct experimental investigations of important proteins of interest, such as proteins implicated in diseases. In principle, protein-ligand docking may aid in the identification of new "drug-like" small molecules that may be re-designed into molecules with more favorable "drug-like" properties. Therefore, protein-ligand docking is a general computational method that may be useful in the "structure-based-design" of new drug-like molecules, or as a tool for the design of protein-ligand interactions in general.

Goals
The immediate scientific goals of the docking@home project are aimed at the development of our protein-ligand docking methodology. Our CHARMM (Chemistry at Harvard Macromolecular Mechanics); a code developed by Harvard and other universities, based docking method has already been established as one of the most accurate docking methods that currently exist for docking of a flexible ligand to a rigid protein. We intend to continue to develop, extend, and validate our methods on new and more difficult test cases. We intend to develop accurate methods to include protein flexibility in protein-ligand docking, which is currently one of the most pressing issues in the field of docking. The validation of such an approach on a wide variety of protein targets would be a very important contribution to the scientific community.
The secondary scientific goal is to apply protein-ligand docking methods to important scientific problems. Eventually, we would like to open our site to collaborations with publicly funded experimental scientists who have a specific need for accurate protein-ligand docking, but do not have the time, resources, expertise or personnel for such a project.

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Re:Docking@home 17/03/2009 17:41 #21330

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Mi sembra un progetto interessante... :approve:
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Re:Docking@home 17/03/2009 19:31 #21338

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Re:Docking@home 17/03/2009 20:43 #21341

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akd ha scritto:

Posizione nel casp8?

è possibile che non abbiano mai partecipato?
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Re:Docking@home 17/03/2009 21:08 #21343

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Ducati 749 ha scritto:

akd ha scritto:

Posizione nel casp8?

è possibile che non abbiano mai partecipato?


Ma certo che è possibile!!
Perché Docking@home non si occupa del folding delle proteine, bensì del docking che non c'entra nulla con il ripiegamento delle proteine e i progetti tipo Rosetta@home, POEM@home o Folding@home... CREDO eh! :asd:
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Re:Docking@home 17/03/2009 23:12 #21353

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ma allora vaffan ... :fuck:
mi avete fatto cercare mezz'ora per niente :asd:

(però pensavo che docking e folding fossero la stessa cosa.. :look: )
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Re:Docking@home 18/03/2009 07:39 #21362

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Ducati 749 ha scritto:

ma allora vaffan ... :fuck:
mi avete fatto cercare mezz'ora per niente :asd:

(però pensavo che docking e folding fossero la stessa cosa.. :look: )


Dovrebbe essere tagliare il significato di docking.

Anche perchè gli altri due significati di dock, bacino di scarico (o piattaforma terminale di linea) e banco degli imputati non mi paiono calzanti... ;)

Ma potrei aver scritto una fesseria... e non sarebbe la prima :asd:
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Re:Docking@home 18/03/2009 09:33 #21366

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Il significato di "docking" (non letterale) è "agganciare" ;)

"Dock" sarebbe "porto", "molo", "banchina", ossia dove "attraccano" (--> si agganciano) le navi
"A proton walks into a Large Hadron Collider, and sees another proton, and OH SHI-"

La Repubblica Italiana è fondata sul lavoro, quindi LAVORATE !
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Re:Docking@home 18/03/2009 10:11 #21368

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Venturini Dario ha scritto:

Il significato di "docking" (non letterale) è "agganciare" ;)

"Dock" sarebbe "porto", "molo", "banchina", ossia dove "attraccano" (--> si agganciano) le navi


Esatto! :king:
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Re:Docking@home 18/03/2009 11:19 #21370

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Venturini Dario ha scritto:

Il significato di "docking" (non letterale) è "agganciare" ;)

"Dock" sarebbe "porto", "molo", "banchina", ossia dove "attraccano" (--> si agganciano) le navi


E' vero, il Dock è dove si agganciano le navi (il molo per intenderci)

Non ci avevo pensato... :fagiano:

Allora è chiaro, studiano gli "agganciamenti" delle proteine e non i loro ripiegamenti... (e io avevo scritto una boiata, come al solito :asd: )
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Re:Docking@home 18/03/2009 21:48 #21394

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Si vabbè comunque il Docking mi pare di pari importanza rispetto al folding, dunque se non si ha nulla in contrario cosa aspettiamo a creare BOINC.Italy pure su Docking@home? :)
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Re:Docking@home 18/03/2009 23:31 #21397

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Venturini Dario ha scritto:

Il significato di "docking" (non letterale) è "agganciare" ;)
"Dock" sarebbe "porto", "molo", "banchina", ossia dove "attraccano" (--> si agganciano) le navi

grazie prof, ottima spiegazione ;)
in effetti che "dock" volesse dire "molo" lo sapevo, ma l'avevo rimosso :asd:

@ djtux
io voto per il supporto a docking però bla bla bla .. raccogliere informazioni bla bla bla referente ...
chiaro no?
in realtà ci sono anche altri progetti ai quali vorrei estendere il supporto, però è un casino
c'è troppa burocrazia in qiesto team :D
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Re:Docking@home 18/03/2009 23:54 #21401

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Ducati 749 ha scritto:

c'è troppa burocrazia in qiesto team :D



Siamo in :italy: :asd:
PC1: Intel Q9400 2.66 GHz, ASUS P5KC, nVidia GeForce 9400GT (smontata al momento), ATI HD5850, maxtor 250 GB, 4 GB ram Kingston.
PC2: Intel E8400 3.0 GHz, ASROCK G31M-GS, 2 GB ram Kingston, maxtor 80 GB, nVidia GTX275





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