ARGOMENTO:

baxnimis ha scritto:

effettivamente noi riusciamo a raccogliere qualche info, magari più di una, sul cuore del progetto... ma non riusciamo certo ad approfondirla a tal punto da poter dire: IO SO

quello che volevo dire era "cerchiamo di approfondire" è ovvio che non posso essere un conoscitore delle scienze a tutto campo..

però, pur non comprendendo appieno gli studi di Docking (Ibercivis), sono riuscito a intuire abbastanza bene i concetti base dello studio. Qui invece mi sfuggono completamente.
Una spiegazione elementare sarebbe sufficiente

semplicemente "si studia l'evoluzione" non mi pare una spiegazione

Da quel (poco) che ho capito, mentre i vari progetti di docking studiano il funzionamento del nostro motore a basso livello su scala temporale piccola, i vari modelli matematici evolutivi cercano di ricostruire quello che il motore genetico produce ad alto livello, cioe' di popolazioni e di ecosistemi, quindi su scala temporale grande.

Eseguire delle simulazioni basate su questi modelli matematici, dovrebbe servire a confrontare i risultati con la realta' (o con quella parte che possiamo ricostruire) per verificarli.

Credo inoltre che, i nostri pronipoti, potranno vedere la convergenza di questi due rami e che da una profonda conoscenza del motore a basso livello si potra' validare quello che succede ad alto e viceversa. Una verifica incrociata.

sarebbe una bella idea, le università sono l'unico terreno fertile qui in italia
ho visto che che avete fatto i volantini, si potrebbero distribuire in università

Ducati 749 ha scritto:

... Qui invece mi sfuggono completamente.
Una spiegazione elementare sarebbe sufficiente...

ho trovato delle effettive difficoltà a mettere giù delle info perchè sono "estraneo" a tutti e 4 i progetti seguiti da yoyo... e mi sono fermato a EVOLUTION

dai... qualcuno prima o poi lo troviamo che ci illumini

lampyris ha scritto:

completamente d'accordo!!
Infatti io preferisco partecipare a progetti "sicuri", di cui conosco esattamente l'utilità. E se ho qualche dubbio, mi metto ad informarmi meglio.
Per esempio ho smesso con Poem, ma non perchè non lo ritengo affidabile, ma perchè da quello che ho capito, Rosetta è assai più avanti rispetto a Poem, e in teoria i risultati sono migliori, con una qualità migliore della struttura 3d predetta.
E anche perchè ritengo che la ricerca biologica/medica sia la più importante (ma è solo una opinione personale, eh...), in quanto ci sono troppe malattie ancora incurabili, in quanto prediligo la salute in confronto alla scoperta di tracce aliene nello spazio (per carità, con tutto il rispetto, ma a me non interessa assolutamente)

Ti quoto anch'io! Una sola cosa: anch'io ho un p4 che fa a metà con rosetta e poem: dici che sia il caso di sospendere poem?

lampyris ha scritto:

...
Per esempio ho smesso con Poem, ma non perchè non lo ritengo affidabile, ma perchè da quello che ho capito, Rosetta è assai più avanti rispetto a Poem, e in teoria i risultati sono migliori, con una qualità migliore della struttura 3d predetta...

a dicembre sono anche usciti i risultati del CASP 2008 e per quello che ho capito io ROSETTA (gruppo DBAKER) si è piazzato 2° mentre POEM (gruppi POEMQA e POEM) solo 60°

non ci azzecca con yoyo ma.... qualcuno che voglia scrivere 2 righe sul CASP 2008 ? (su un altro thread naturalmente )

veramente interessante
se ci fossero classifiche per ogni tipologia di progetto, constatare la bontà di tutti i progetti a disposizione sulla piattaforma BOINC sarebbe una quisquiglia, e i progetti "misteriosi" verrebbero subito a galla

akd ha scritto:

Ti quoto anch'io! Una sola cosa: anch'io ho un p4 che fa a metà con rosetta e poem: dici che sia il caso di sospendere poem?

Un mesetto fa è uscita la notizia che la struttura 3d predetta da rosetta, sembra essere qualitativamente superiore a quella "calcolata" in laboratorio. Una cosa straordinaria, vuol dire che rosetta è assai avanti! E le sue predizioni sono precise!
Poi poem usa un metodo diverso, non ho competenze biologiche per dirti qual'è il prcedimento migliore, ma a quanto sembra, visti anche i risultati del CASP 2008, io lascerei solo Rosetta.

lampyris ha scritto:

akd ha scritto:

Ti quoto anch'io! Una sola cosa: anch'io ho un p4 che fa a metà con rosetta e poem: dici che sia il caso di sospendere poem?

Un mesetto fa è uscita la notizia che la struttura 3d predetta da rosetta, sembra essere qualitativamente superiore a quella "calcolata" in laboratorio. Una cosa straordinaria, vuol dire che rosetta è assai avanti! E le sue predizioni sono precise!
Poi poem usa un metodo diverso, non ho competenze biologiche per dirti qual'è il prcedimento migliore, ma a quanto sembra, visti anche i risultati del CASP 2008, io lascerei solo Rosetta.

Mah, io avrei un po piu' di dubbi, spiego. La ricerca non e' come una linea di montaggio dove immediatamente scegli le soluzioni piu' produttive.
Anche il solo valutare un algoritmo differente per capire che risultati produce, puo' essere comunque interessante.
Che ne dite ?

astroale ha scritto:

Mah, io avrei un po piu' di dubbi, spiego. La ricerca non e' come una linea di montaggio dove immediatamente scegli le soluzioni piu' produttive.
Anche il solo valutare un algoritmo differente per capire che risultati produce, puo' essere comunque interessante.
Che ne dite ?

In ambito medico poi può dare in futuro risultati inaspettati!!!

astroale ha scritto:

lampyris ha scritto:

Mah, io avrei un po piu' di dubbi, spiego. La ricerca non e' come una linea di montaggio dove immediatamente scegli le soluzioni piu' produttive.
Anche il solo valutare un algoritmo differente per capire che risultati produce, puo' essere comunque interessante.
Che ne dite ?

si, certo... ma per adesso sembra che i risultati interessanti siano prodotti da rosetta.
Alla fine ciò che serve è avere una struttura 3d della proteina, che sia il più reale e dettagliata possibile.
Hanno approci diversi, ma se si nota, dai risultati, che rosetta riesce ad avere una risuluzione maggiore e più accurata della proteina? Si ha un dato di fatto.
Poi io non sono un biologo, non so se nell'altro metodo si può risalire ad altre informazioni che in questo risultano mancanti.
Ma alla fine, una volta che hai la struttura, perchè cercarla nuovamente con un algoritmo diverso? Non è perdere tempo? Se unissero gli sforzi?

lampyris ha scritto:

Ma alla fine, una volta che hai la struttura, perchè cercarla nuovamente con un algoritmo diverso? Non è perdere tempo? Se unissero gli sforzi?

Mah, se fosse giusta questa strada non avrebbe neanche senso indire una competizione come il CASP, che prevede che piu' gruppi lavorino con metodi diversi sullo stesso problema.
Piu' in generale credo che sia considerata come parte non rinunciabile del metodo scientifico, la verifica del risultato trovato da un laboratorio, da un'altro laboratorio diverso e indipendente dal primo.

ragazzi mi si è incagliato lo yoyo
non capisco perché ma nonostante il tempo di elaborazione vada avanti (ci sn da fare altre 2 ore e 46 minuti) la percentuale dell'elaborato è ferma al 33.33333333333...% nonostante siano passate cmq 1 ora e 20 minuti dall'inizio
l'applicazione è muon 1.10
qualke spiegazione razionale???

astroale ha scritto:

Piu' in generale credo che sia considerata come parte non rinunciabile del metodo scientifico, la verifica del risultato trovato da un laboratorio, da un'altro laboratorio diverso e indipendente dal primo.

Quoto in toto

Karl89 ha scritto:

ragazzi mi si è incagliato lo yoyo
non capisco perché ma nonostante il tempo di elaborazione vada avanti (ci sn da fare altre 2 ore e 46 minuti) la percentuale dell'elaborato è ferma al 33.33333333333...% nonostante siano passate cmq 1 ora e 20 minuti dall'inizio
l'applicazione è muon 1.10
qualke spiegazione razionale???

Non ti preoccupare e' normale. A me lo fa' con il client OGR su sparc, dove la percentuale sale a gradini da 12,5% o 25%. E' sintomo di un client ottimizzato che interagisce poco con lo scheduler per non perdere tempo lato gestione e lavorare con meno interruzioni sul calcolo.

Mi sembra che, come ulteriore ottimizzazione, il client OGR abbia dei breakpoint fissi a 15 minuti, quindi assolutamente da non far girare a intermittenza (solo in idle), altrimenti si spreca un sacco di tempo (ogni volta che lo interrompi toccando il mouse sprechi in media gli ultimi 7,5 min.)

astroale ha scritto:

il client OGR abbia dei breakpoint fissi a 15 minuti, quindi assolutamente da non far girare a intermittenza (solo in idle), altrimenti si spreca un sacco di tempo (ogni volta che lo interrompi toccando il mouse sprechi in media gli ultimi 7,5 min.)

Ma così è una cavolata... O no?

astroale ha scritto:

Mi sembra che, come ulteriore ottimizzazione, il client OGR abbia dei breakpoint fissi a 15 minuti, quindi assolutamente da non far girare a intermittenza (solo in idle), altrimenti si spreca un sacco di tempo (ogni volta che lo interrompi toccando il mouse sprechi in media gli ultimi 7,5 min.)

ma non credo... perchè comunque dovrebbe rimanere in memoria. Credo sospenda e basta il calcolo, non lo interrompe.
Però non ho mai approfondito più di tanto il funzionamento tecnico di boinc, quindi sono solo supposizioni...

akd ha scritto:

astroale ha scritto:

il client OGR abbia dei breakpoint fissi a 15 minuti, quindi assolutamente da non far girare a intermittenza (solo in idle), altrimenti si spreca un sacco di tempo (ogni volta che lo interrompi toccando il mouse sprechi in media gli ultimi 7,5 min.)

Ma così è una cavolata... O no?

Ehm, direi di no, basta saperlo.
Ad ogni modo non prenderlo come un dato sicuro perche' non riesco a ricordare (e trovare) dove l'avevo letto, forse in una delle mail private che scambiavo quando testavo i client per solaris e hp-ux.
Inoltre questa cosa dei breakpoint la puoi verificare in modo relativamente semplice controllando la data di modifica dei file xml nella cartella di boinc. Naturalmente se hai impostato che l'applicazione rimanga in memoria non si spreca nulla (a parte la memoria occupata), a meno che nel frattempo non restarti lo scheduler (boinc.exe) o il PC. Purtroppo in molti PC con poca RAM quest'opzione non e' attuabile.

Cmq un effetto di questa ricerca e' che ho trovato una nuova pagina in italiano (!) che descrive per bene il progetto OGR.

astroale ha scritto:

...
Cmq un effetto di questa ricerca e' che ho trovato una nuova pagina in italiano (!) che descrive per bene il progetto OGR.

finalmente ho capito cosa sono i REGOLI DI GOLOMB

ho trovato anche questo simpatico articolo sull'uso spicciolo dei regoli

poi questo articolo su wikipedia che però non aggiunge niente a quello scovato da astroale

faccio inoltre notare che il progetto RC5 (quello che trattava di crittografia e sul quale avevamo storto il naso) è terminato.

baxnimis ha scritto:

faccio inoltre notare che il progetto RC5 (quello che trattava di crittografia e sul quale avevamo storto il naso) è terminato.

ma che progetto è? di che si occupava?