- Inizio con una catena proteica completamente rilassata.
- Muovere una parte della catena per creare una nuova conformazione.
- Calcolare l’energia di questa conformazione.
- Accettare o rifiutare il ripiegamento in base a come si è modificata l’energia.
- Ripetere i punti dal 2 al 4 fino a che ogni parte della catena è stata piegata molte volte.
"Searching…” mostra i ripiegamenti che Rosetta sta testando sulla proteina. (L’inizio della catena è in blu e la fine in rosso).
“Accepted” mostra il più recente ripiegamento accettato tra quelli tentati in “Searching…”
“Low Energy” mostra la conformazione proteica a più bassa energia della trajectory in esecuzione in quel momento.
“Native” mostra la conformazione determinata sperimentalmente, se conosciuta.
“Accepted Energy” è un grafico che mostra l’energia di ogni ripiegamento accettato in quella trajectory. (Asse x: progresso della trajectory; Asse y: energia).
“RMSD” (root mean square deviation) mostra quanto la struttura al momento accettata è vicina alla soluzione corretta. (Asse x: RMSD; Asse y: progresso)
Il riquadro finale nell’angolo in basso a destra segna l’energia e RMSD di ogni conformazione accettata. Questa è la stessa trama mostrata nella pagina delle “top predictions”. Eccetto per il fatto che sullo screensaver vengono mostrati tutti i punti della trajectory corrente, mentre nelle top predictions ci sono solo i punti a più bassa energia di ogni trajectory calcolata.
(I punti rossi in questo riquadro indicano la struttura a minor energia per quella unità di calcolo).
N.B. se la struttura della proteina in esame è sconosciuta i riquadri "Low Energy", "Native" e "RMSD" non verranno ovviamente mostrati.