ARGOMENTO:

Quindi dura un bel po' insomma...
Cmq da parte mia nessun problema nell'upload di rosetta direi...

akd ha scritto:

Quindi dura un bel po' insomma...
Cmq da parte mia nessun problema nell'upload di rosetta direi...

Ci sono i server un pò sovraccarichi, dal momento che è appena uscita la versione 2.11 anche su Rosetta...

David aggiorna le notizie su Rosetta:

Being able to rapidly design proteins which bind to and neutralize viruses and other pathogens would definitely be a significant step towards being able to control future epidemics. However, in itself it is not a complete solution because there is a problem in making enough of the designed proteins to give to people--each person would need a lot of protein and there are lots of people!

We are also working on designing new vaccines, but the flu virus binder is not a vaccine, it is a virus blocker. vaccines work by mimicking the virus so your body makes antibodies in advance that can then neutralize the virus if you get infected later. the designed protein, if you had enough of it, should block the flu virus from getting into your cells after you had been exposed; a vaccine cannot do this.

One additional problem is that the designed protein may elicit an antibody response from people who are treated with it. in this case, it could be a one time treatment but not used chronically.

Finally-with CASP9 starting and more flu virus and other pathogen binder design projects ramping up--we are really limited by CPU time--please spread the word.

thanks!

David

Non ho ben capito l'accenno alla cpu time. Hanno poca potenza cpu a disposizione per le simulazioni??

Sì, specie adesso con l'avvicinarsi del CASP e con le nuove simulazioni che hanno intenzione di rilasciare...

akd ha scritto:

Sì, specie adesso con l'avvicinarsi del CASP e con le nuove simulazioni che hanno intenzione di rilasciare...

Bon, da oggi tutte le mie cpu verranno virate verso ralph/rosetta (ecchissenefrega del rac).

boboviz ha scritto:

Bon, da oggi tutte le mie cpu verranno virate verso ralph/rosetta (ecchissenefrega del rac).

Bè dai consolati, wcg dà ancora meno crediti... Alla fine rosetta non è malissimo...

akd ha scritto:

boboviz ha scritto:

Bon, da oggi tutte le mie cpu verranno virate verso ralph/rosetta (ecchissenefrega del rac).

Bè dai consolati, wcg dà ancora meno crediti... Alla fine rosetta non è malissimo...

veramente?pensavo il contrario...un motivo in più per convertire una parte dei criceti su Rosetta

boboviz ha scritto:

Bon, da oggi tutte le mie cpu verranno virate verso ralph/rosetta (ecchissenefrega del rac).

scusate la mia ignoranza sul progetto Rosetta. Quali differenze ci sono tra Rosetta mini, Rosetta e Ralph?

BOINC ha scritto:

scusate la mia ignoranza sul progetto Rosetta. Quali differenze ci sono tra Rosetta mini, Rosetta e Ralph?

Rosetta mini (adesso alla versione 2.11) è semplicemente l'applicativo del progetto Rosetta@home. Ralph@home è il progetto che testa le versioni beta dell'applicativo prima di passarle a Rosetta e quindi alla distribuizione di massa. Spero di essere stato chiaro.

Altra notizia sul forum di David:

We got some good news today in an announcement by Vice President Biden:
arpa-e.energy.gov/Ne...ews/tabid/83/vw/1/ItemID/21/Default.aspx
We were funded to work with three other research groups to develop a completely new pathway for using solar energy to transform CO2 into the large molecules that the world has grown to depend on (fuels, etc)--this if successful could greatly reduce dependence on fossil fuels and contribute to removing CO2 from the atmosphere.
While the large majority of rosetta@home calculations will remain focused on biomedical problems, expect to see from time to time work units relating to design of enzymes for CO2 capture and conversion.

???
Adesso Rosetta sarà in grado di fare anche simulazioni sulla conversione dell'anidride carbonica??

Sì, stanno lavorando con un gruppo che studia la conversione della co2 in qualcosa di utilizzabile come carburante tramite l'energia solare... Bello, ma che c'entra con rosetta?
Non era meglio fare un progetto separato, magari sempre loro?

akd ha scritto:

Sì, stanno lavorando con un gruppo che studia la conversione della co2 in qualcosa di utilizzabile come carburante tramite l'energia solare... Bello, ma che c'entra con rosetta?

La stessa cosa ho pensato io....
Non vorrei che questo li "distraesse" dal vero scopo di rosetta

Raccogliamo i pareri, poi li riporteremo sul forum di Rosetta.
Io sono d'accordo con voi: progetto diverso (a la WCG)

Venturini Dario ha scritto:

Raccogliamo i pareri, poi li riporteremo sul forum di Rosetta.
Io sono d'accordo con voi: progetto diverso (a la WCG)

Quoto anch'io, che sia presente nella pagina del proprio account la possibilità di selezionare entrambe le ricerche o no...

Venturini Dario ha scritto:

Raccogliamo i pareri, poi li riporteremo sul forum di Rosetta.

Ottima idea!!

Campos ha scritto:

Quoto anch'io, che sia presente nella pagina del proprio account la possibilità di selezionare entrambe le ricerche o no...

Anche questa è una ottima idea
Se ho voglia di scaccolare per le proteine scelgo quel ramo di progetto, se mi interessa la conversione della Co2, scelgo l'altro.

Mi trovate d'accordo!

D'accordo anche io sulla "separazione". Effettivamente tutto insieme mi sembra un po' una cavolata.. meglio poter scegliere.

Lo scopo di Rosetta è quello di sviluppare un software in grado di predire la struttura delle proteine e di progettarne di nuove.
In questo caso penso che il lavoro sarà rivolto alla progettazione di nuove varianti di proteine che permettano ai batteri di convertire più efficacemente la CO2 in biocarburanti. Lo trovo un progetto interessantissimo e sono molto contento. Anche perchè se Rosetta è riuscita ad ottenere dei fondi per questo, vuol dire che sta veramente iniziando ad essere considerata un valido strumento per la ricerca biomolecolare.

D'altra parte non avete tutti i torti. Non so se divideranno Rosetta in sottoprogetti, ma quantomeno sarebbe giusto che modificassero la descrizione introduttiva del progetto dicendo che Rosetta lavora anche nell'ambito dell'energia oltre che nell'ambito medico.
E dovrebbero anche scrivere (quando succederà) che sarà usata da vari scienziati del mondo per le loro ricerche (vedi qualche post sopra la storia di usare il calcolo distribuito per Robetta).

7D9 ha scritto:

D'altra parte non avete tutti i torti. Non so se divideranno Rosetta in sottoprogetti, ma quantomeno sarebbe giusto che modificassero la descrizione introduttiva del progetto dicendo che Rosetta lavora anche nell'ambito dell'energia oltre che nell'ambito medico.

Non siamo stati gli unici ad avere questi dubbi...
Dal forum:

Will the energy WUs be handled by a separate application?
And if so, will users be able to choose which applications they receive WUs for?
And who owns the IP rights for what R@H might develop / discover in this sub-project?

P.s.
Sono un paio di giorni che hanno cominciato a distribuire wu con all'interno la sigla _casp9. Ho pure scaricato delle _casp8, probabilmente stanno rigirando i risultati dell'altra volta per vedere come vanno con il nuovo codice...