ARGOMENTO:

7D9 ha scritto:

L'RMSD è un indice di quanto la struttura sia vicina a quella trovata sperimentalmente (infatti per proteine "sconosciute" l'RMSD non viene indicato).

In teoria l'RMSD del singolo utente dovrebbe essere al massimo uguale a quello All Users, essendo il singolo utente parte di tutti gli utenti.
Se trovi un RMSD basso vuol dire che hai trovato una buona struttura, ma magari se quella WU viene ancora distribuita un altro troverà una struttura più vicina alla realtà.

Non so se ti o confuso ancora di più le idee...

Aaaaaah! Allora le cose cambiano molto da quello che avevo intuito io.
No no.. nn preoccuparti! sei stato chiarissimo!
Grazie per la spiegazione.

In fondo all'home page di Rosetta@home c'è scritto:

Results reporting powered by and supported by Microsoft SQL Server 2005 and supported by Microsoft Research

Non me lo sarei MAI aspettato!

Venturini Dario ha scritto:

C'è da dire che i Core2Duo serie T2xxx sono un pò debolucci, però 15 crediti son proprio pochi... Io con un Athlon64 a 2500Mhz ne faccio 50 in 4 ore

Ecco lo screen della mia pagina Tasks, giusto per darvi un'idea:

E' normale che mi dia così pochi crediti?

Sto controllando le tue WU, non vedo errori durante l'elaborazione (casomai controlla nel tab "messaggi" del manager).

La cosa che più salta all'occhio è il notevole contrasto tra "claimed" e "granted". Per il resto non so che dirti.

12/05/2008 15.07.32||Starting BOINC client version 5.10.45 for windows_intelx86
12/05/2008 15.07.32||log flags: task, file_xfer, sched_ops
12/05/2008 15.07.32||Libraries: libcurl/7.18.0 OpenSSL/0.9.8e zlib/1.2.3
12/05/2008 15.07.32||Data directory: C:\Programmi\BOINC
12/05/2008 15.07.33||Processor: 2 GenuineIntel Intel(R) Core(TM) Duo CPU T2350 @ 1.86GHz [x86 Family 6 Model 14 Stepping 12]
12/05/2008 15.07.33||Processor features: fpu tsc pae nx sse sse2 mmx
12/05/2008 15.07.33||OS: Microsoft Windows XP: Professional Edition, Service Pack 2, (05.01.2600.00)
12/05/2008 15.07.33||Memory: 1014.42 MB physical, 2.38 GB virtual
12/05/2008 15.07.33||Disk: 85.59 GB total, 64.62 GB free
12/05/2008 15.07.33||Local time is UTC +2 hours
12/05/2008 15.07.34|ABC@home|URL: abcathome.com/; Computer ID: 44585; location: (none); project prefs: default
12/05/2008 15.07.34|rosetta@home|URL: boinc.bakerlab.org/rosetta/; Computer ID: 773517; location: home; project prefs: default
12/05/2008 15.07.34|boincsimap|URL: boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/; Computer ID: 108022; location: home; project prefs: default
12/05/2008 15.07.34|climateprediction.net|URL: climateprediction.net/; Computer ID: 849992; location: (none); project prefs: default
12/05/2008 15.07.34|Einstein@Home|URL: einstein.phys.uwm.edu/; Computer ID: 1167343; location: home; project prefs: default
12/05/2008 15.07.34|lhcathome|URL: lhcathome.cern.ch/lhcathome/; Computer ID: 9676863; location: home; project prefs: default
12/05/2008 15.07.34|SETI@home|URL: setiathome.berkeley.edu/; Computer ID: 4275194; location: home; project prefs: default
12/05/2008 15.07.34|Spinhenge@home|URL: spin.fh-bielefeld.de/; Computer ID: 107750; location: (none); project prefs: default
12/05/2008 15.07.34|World Community Grid|URL: www.worldcommunitygrid.org/; Computer ID: 549107; location: (none); project prefs: default
12/05/2008 15.07.34||General prefs: from SETI@home (last modified 23-Jan-2005 09:49:32)
12/05/2008 15.07.34||Host location: home
12/05/2008 15.07.34||General prefs: no separate prefs for home; using your defaults
12/05/2008 15.07.34||Reading preferences override file
12/05/2008 15.07.34||Preferences limit memory usage when active to 507.21MB
12/05/2008 15.07.34||Preferences limit memory usage when idle to 912.98MB
12/05/2008 15.07.34||Preferences limit disk usage to 42.79GB
12/05/2008 15.07.34|climateprediction.net|Restarting task hadcm3istd_0f7a_1920_160_15937826_5 using hadcm3i version 544
12/05/2008 15.07.34|rosetta@home|Restarting task fa_max_dis_9-1bkrA-test_2008-5-6_3222_8751_0 using minirosetta version 119
12/05/2008 17.41.39|rosetta@home|Sending scheduler request: To fetch work. Requesting 652 seconds of work, reporting 1 completed tasks
12/05/2008 17.41.44|rosetta@home|Scheduler request succeeded: got 1 new tasks
12/05/2008 17.41.46|rosetta@home|Started download of 1ptq_.abrelax_max_dis_9.fasta
12/05/2008 17.41.46|rosetta@home|Started download of 1ptq.pdb.gz
12/05/2008 17.41.49|rosetta@home|Finished download of 1ptq_.abrelax_max_dis_9.fasta
12/05/2008 17.41.49|rosetta@home|Finished download of 1ptq.pdb.gz
12/05/2008 17.41.49|rosetta@home|Started download of 1ptq_.3mers.gz
12/05/2008 17.41.49|rosetta@home|Started download of 1ptq_.9mers.gz
12/05/2008 17.42.00|rosetta@home|Finished download of 1ptq_.3mers.gz
12/05/2008 17.42.00|rosetta@home|Started download of 1ptq_.abrelax_max_dis_9.psipred_ss2.gz
12/05/2008 17.42.01|rosetta@home|Finished download of 1ptq_.abrelax_max_dis_9.psipred_ss2.gz
12/05/2008 17.42.14|rosetta@home|Finished download of 1ptq_.9mers.gz
12/05/2008 18.15.30|rosetta@home|Computation for task fa_max_dis_9-1bkrA-test_2008-5-6_3222_8751_0 finished
12/05/2008 18.15.30|rosetta@home|Starting fa_max_dis_9-1ptq_-test_2008-5-6_3222_9686_0
12/05/2008 18.15.30|rosetta@home|Starting task fa_max_dis_9-1ptq_-test_2008-5-6_3222_9686_0 using minirosetta version 119
12/05/2008 18.15.32|rosetta@home|Started upload of fa_max_dis_9-1bkrA-test_2008-5-6_3222_8751_0_0
12/05/2008 18.15.36|rosetta@home|Finished upload of fa_max_dis_9-1bkrA-test_2008-5-6_3222_8751_0_0

Non vedo nulla di strano neanche qui...

Leggo oggi sul sito:
"CASP8 is ramping up with a handful of targets released last week, and many more expected this week. The reason you haven't seen many CASP8 work units as we are making a final benchmarking of all the new structure prediction protocols we have developed over the past two years in the new miniRosetta code framework. The testing is on CASP7 targets--we want to determine which of our new methods are best before going all out on the CASP8 targets (yes, we would like to have completed the benchmarking before casp8 started, but there has been so much to do!). the testing should be complete monday and tuesday, and based on these results we will be sending out primarly casp8 work units next week using the approaches the tests currently running show are most successful.
I can't emphasize enough how critical all of your contributions are to our efforts to improve protein structure prediction methods! we have had many ideas on potential improvements which we have implemented, but the only way to know whether we are actually getting closer to the truth is to do rigorous testing (the casp7 targets for which we now know the structures are a perfect test set), and this would quite simply be impossible without your contributions! -- David Baker"


Ovvero, stanno vedendo come migliorare le previsioni facendo riferimento al CASP7 (proteine note) puntando molto sul minirosetta....
Inoltre David ringrazia tutti e spinge, tra virgolette, a scaccolare ancora di più.....

Problema sui server...non ci sono più WU e quelle caricate sono tutte pending per quanto riguarda i credit. I server, però, sono tutti verdi.
Avranno finito tutte le WU???

Appena uscita una nuova minirosetta (la 1.24), che dovrebbe correggere alcuni problemi di memoria

Ho già iniziato a ricevere le WU della nuova versione vi farò sapere se ci son problemi

Io ho ancora in cache WU di minirosetta 1.19.....aspetto un nuovo download di WU

Aggiornate le applicazioni disponibili nel primo post.

Vi riporto cosa dice Baker a proposito:

James Thompson and Andrew Leaver-Fay through some heroic work this weekend (particularly given the beautiful weather in Seattle which has been all too rare this spring) tracked down the problem that was interfering with the new miniRosetta code running well on some people's computers and preventing us from launching large scale miniRosetta calculations on the CASP8 targets which have come out so far. the problem turned out to be not in the miniRosetta code but in the compiler, so it was especially hard to track down. With this fixed, you should see your computers running miniRosetta calculations on CASP targets very soon!

Arrivate stamattina le prime WU per il CASP8...

Minirosetta aggiornata alla versione 1.25 che risolve alcune problemi riscontrati nella 1.24.

Arrivate le prime WUs CASP8 anche a me.

Oi Manuel, ho aggiornato il mio post, dimmi se ti va bene ed eventualmente se necessario dammi una traduzione per certe cose tipo "backbone" "side-chain" ecc che ho lasciato come ha scritto Sickboy

Io quei termini li avrei lasciati così come sono perchè sono termini piuttosto tecnici.. e pensavo che a tradurli si potesse fare confusione.

Backbone è l'ossatura, lo scheletro della proteina a cui sono legate le side-chain, i residui laterali (o catene laterali).

Poi quando posso guardo anche le parti restanti.

Solo una cosa... le parti sottolineate le ho sottolineate io solo perchè non ero tanto sicuro della traduzione. Togli pure la sottolineatura.

Per il resto... Bel lavoro!

Eh ma devo tradurle o no allora?

Comunque pensavo che le parti sottolineate fossero quelle importanti!

Ho visto che su Ralph sono tornate abbondanti le WU
Che dire? Sotto con i criceti

@ Dario: Se guardi nel thread delle traduzioni ho postato le ultime WUs riguardate.

Su RALPH è appena uscita la versione 1.27 del minirosetta
Ci stanno dando dentro con il CASP8!!