ARGOMENTO:

Nubman ha scritto:

Ora si tira avanti, ma il disastro è avvenuto nel corso del tempo.
Porting non riuscito, scarsa coordinazione, principi di programmazione disattesi.

E alla fine ti ritrovi un codice mastodontico inefficiente.

Dai, fa ridere nel calcolo scientifico sentir parlare di "basta che funzioni".

Che siano motivazioni valide o scuse, lo spreco di risorse rimane.

boboviz ha scritto:

Perchè? Ai ricercatori interessa, principalmente, il risultato.
E, visti i risultati di questi anni, hanno ragione loro.

Nubman ha scritto:

Perché loro non pagano la corrente, ecco perché!
Potrebbero avere gli stessi risultati in meno tempo, no?

Leonardo ha scritto:

A livello di risultati (intendo quelli utili per la ricerca, non mi interessano più o meno crediti) è meglio elaborare più WU contemporaneamente oppure fornire più risultati su poche WU?

Inoltre, sull'argomento della durata del lavoro, ecco lo scenario difficile in cui mi trovo. Supponiamo ad esempio che io abbia 1 milione di proteine che devono essere progettate/simulate. Il mio obiettivo è farlo il più velocemente possibile. Ma come farlo al meglio? Per evitare di sprecare i cicli della CPU, devo assicurarmi che tutti i lavori abbiano proteine sufficienti per 8 ore.
Sottolineo in questo modo, sapendo perfettamente che non tutte le proteine saranno progettate. Alcune persone impostano il client per meno ore e alcune hanno computer lenti (casi che vanno entrambi bene, tra l'altro). C'è anche un altro caso in cui è in esecuzione per più di 8 ore, ma il lavoro viene interrotto un sacco di volte e non termina entro le 2 settimane.
Con questo in mente, aspetto circa 2 giorni dopo che tutti i lavori sono iniziati, a quel punto vedo cosa è finito e re-invio tutto ciò che non è ancora tornato. Questo processo deve ripetersi alcune volte, con ogni invio sempre più vicino al completamento del 100%, ma in genere mi arrendo all'80% -90% circa e quindi lo chiudo. (Non ho necessariamente bisogno di tutti gli output, ho solo bisogno di molti di quelli inviati) (Inoltre, quando re-invio, non rinuncio ai lavori attualmente in esecuzione, dò solo a qualcun altro lo stesso lavoro.)
Quindi, con questo in mente, sì, 8 ore sono meglio di 4 ore perché al momento il nostro server è molto carico. Ma, cosa più importante del numero di ore è il tempo di consegna, quindi se i tuoi lavori di 8 ore impiegano una settimana per finire, non c'è niente di sbagliato nell'andare con 4 ore.

Quindi, con questo in mente, sì, 8 ore sono meglio di 4 ore perché al momento il nostro server è molto carico. Ma, cosa più importante del numero di ore è il tempo di consegna, quindi se i tuoi lavori di 8 ore impiegano una settimana per finire, non c'è niente di sbagliato nell'andare con 4 ore.

Buro87 ha scritto:

Ciao ragazzi,
qualcuno riuscirebbe a creare un file app_info.xml(credo che serva quello) per ricevere solo le rosettaMini?
[...]

corla99 ha scritto:

Mi accodo anche io, solo con una necessità leggermente diversa: vorrei poter impostare un numero massimo di wu in esecuzione (contemporanea) di rosetta e lasciare che le altre siano le minirosetta
Es: cpu a 16 thread, 7 wu di rosetta ed 9 mini-rosetta

Buro87 ha scritto:

Ciao ragazzi,
qualcuno riuscirebbe a creare un file app_info.xml(credo che serva quello) per ricevere solo le rosettaMini?
Nella cartella di Rosetta sono presenti questi due eseguibili:

minirosetta_3.78_windows_intelx86.exe
minirosetta_3.78_windows_x86_64.exe

Grazie

<app_info>
	<app>
		<name>minirosetta</name>
		<user_friendly_name>Rosetta Mini</user_friendly_name>
	</app>
	<file_info>
		<name>minirosetta_3.78_windows_x86_64.exe</name>
		<executable/>
	</file_info>
	<app_version>
		<app_name>minirosetta</app_name>
		<version_num>378</version_num>
		<avg_ncpus>1.00</avg_ncpus>
		<max_ncpus>1.00</max_ncpus>
		<file_ref>
			<file_name>minirosetta_3.78_windows_x86_64.exe/file_name>
			<main_program/>
		</file_ref>
	</app_version>
</app_info>

corla99 ha scritto:

Buro87 ha scritto:

Ciao ragazzi,
qualcuno riuscirebbe a creare un file app_info.xml(credo che serva quello) per ricevere solo le rosettaMini?
[...]

Mi accodo anche io, solo con una necessità leggermente diversa: vorrei poter impostare un numero massimo di wu in esecuzione (contemporanea) di rosetta e lasciare che le altre siano le minirosetta
Es: cpu a 16 thread, 7 wu di rosetta ed 9 mini-rosetta

<app_config>
	<app>
		<name>rosetta</name>
		<max_concurrent>7</max_concurrent>	
	</app>
	<!--<app>
		<name>minirosetta</name>
		<max_concurrent>9</max_concurrent>	
	</app>-->
</app_config>

corla99 ha scritto:

Molto terra-terra, in questo momento le "classiche" wu denominate rosetta che riguardano il COVID-19 richiedono parecchia ram (circa 2GB per wu).
Invece le wu rosetta-mini sono wu molto più leggere e "meno complesse". Infatti necessitano solo di 500MB di ram.

Per una spiegazione più scientifica (ed appropriata), meglio chiedere a @Boboviz

corla99 ha scritto:

Per una spiegazione più scientifica (ed appropriata), meglio chiedere a @Boboviz

xdarma ha scritto:

@Buro87
Occhio che l'unica maniera per velocizzare la restituzione delle WU è ridurre la durata dal pannello utente.
E la riduzione ha senso solo se elabori in maniera discontinua, infatti faceva l'ipotesi che una WU da 8 ore venga restituita in una settimana.
Se quelli di rosetta hanno questi problemi, forse farebbero meglio a ridurre la scadenza delle WU.