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ARGOMENTO:

[Thread Ufficiale] Rosetta@home 09/08/2020 20:35 #134419

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Come ogni anno, prima della chiusura estiva, l'IPD (Istitute for Protein Design, la "casa" di Rosetta@Home) pubblica il report annuale delle attività svolte, i finanziamenti ricevuti ed utilizzati e le prospettive future: qui quello di quest'anno con, ovviamente, importanti riferimenti al Covid19


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[Thread Ufficiale] Rosetta@home 11/09/2020 15:41 #134548

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Due interessanti novità dal progetto:
1 - importante pubblicazione su Science riguardo alcuni inibitori simulati da Rosetta@home contro il Covid19. Adesso si passa alla sperimentazione
2 - David Baker ha vinto il Breakthroug Prize 2021 per le sue ricerche pionieristiche sulle simulazioni protiche. Ha detto che devolverà i 3 milioni di premio al suo centro di ricerca.


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Ringraziano per il messaggio: Antonio Cerrato

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[Thread Ufficiale] Rosetta@home 27/10/2020 18:16 #134894

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Uff, sono giorni che la coda di Rosetta fa su e giù.
E nessuno degli admin che dice che cosa sta succedendo...


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[Thread Ufficiale] Rosetta@home 03/11/2020 12:32 #134940

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Le code di lavoro sono ricominciate e c'è anche un interessante paper in cui alcuni ricercatori hanno fatto girare il framework di Rosetta sui sistemi D-Wave (qualche vecchio scaccolatore ricorderà quel progetto).


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[Thread Ufficiale] Rosetta@home 19/11/2020 12:03 #135040

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Le wus "horn5" sono belle esose di ram, variando da 2,5 ai 4 gb cadauna.
Almeno permettessero di scegliere, nel profilo utente, le app che si vogliono scaccolare....


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[Thread Ufficiale] Rosetta@home 19/11/2020 14:45 #135043

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Qui stiamo rasentando il ridicolo...

Va bene fare wu che sono esose di ram, ma non dare la scelta ed intasare tutto quanto non ha senso. Anche perchè così facendo i rischi di eventuali errori sono dietro l'angolo.
Vedersi 8h o più di wu in errore per una cosa del genere dà parecchio fastidio

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[Thread Ufficiale] Rosetta@home 08/02/2021 16:12 #135605

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Qui stiamo rasentando il ridicolo...

E questo è niente.
In questi giorni in molti stanno riportando un bug (MotifGraftMover.cc:537) che io avevo già segnalato ad Agosto e a Novembre su Ralph, ma che è arrivato "in produzione" su Rosetta.
A naso devono rivedere qualcosa del processo di debugging del codice, eh.


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[Thread Ufficiale] Rosetta@home 17/03/2021 10:30 #135900

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Ciao a tutti, spero di scrivere nel posto giusto, sono anni che non scaccolavo più e adesso che ho rimesso BOINC sui miei PC, su uno dei due continua a dirmi questo errore:
"Rosetta@home: Notice from BOINC
You are attached to this project twice. Please remove projects named Rosetta@home, then add boinc.bakerlab.org/rosetta/"
Io uso BOINC Stats Bam per gestire i progetti su cui lavoro e sull'altro PC non mi dà quest'errore e su entrambi sembra che il lavoro sul progetto stia andando correttamente...

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[Thread Ufficiale] Rosetta@home 17/03/2021 15:03 #135903

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Provo a buttare un'ipotesi.

Potrebbe essere che precedentemente tu fossi iscritto al progetto con http://
e adesso al progetto con https://

Nel caso di BAM non me la sento di dirti di procedere manualmente a rimuovere il progetto e di riattaccarto con l'indirizzo corretto (come farebbe chiunque abituato a fare queste operazioni in manuale)

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Ultima Modifica: da zioriga.

[Thread Ufficiale] Rosetta@home 25/03/2021 16:49 #135978

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Dopo un veloce passaggio in Ralph, nella pagina degli applicativi di Rosetta è apparsa l'applicazione "rosetta python projects" alla versione 1.00
Per ora niente lavoro in coda


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[Thread Ufficiale] Rosetta@home 29/03/2021 09:49 #136006

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Per ora niente lavoro in coda

Non sembrano aver molta fretta di metterlo in produzione....


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[Thread Ufficiale] Rosetta@home 01/04/2021 11:35 #136021

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Non sembrano aver molta fretta di metterlo in produzione....

Stanno, invece, lavorando alacremente per implementare trRosetta direttamente dentro il codice di Rosetta.
Speriamo di vedere qualcosa anche sui nosti pc.


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[Thread Ufficiale] Rosetta@home 26/04/2021 17:17 #136223

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Neoleukin Therapeutics, uno dei tanti spin-off dell'IPD di David Baker, ha avuto l'ok dall'FDA per la Fase I dei trials di una proteina antitumorale di nuova generazione, completamente progettata al computer. Sarebbe veramente un incredibile passo avanti per la ricerca medica (e pure per i malati).
Speriamo bene.


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[Thread Ufficiale] Rosetta@home 26/04/2021 18:38 #136225

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Direi soprattutto che, se i risultati saranno buoni, potrà essere una meravigliosa testimonianza della validità di BOINC

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[Thread Ufficiale] Rosetta@home 30/05/2021 08:07 #136452

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Dopo un veloce passaggio in Ralph, nella pagina degli applicativi di Rosetta è apparsa l'applicazione "rosetta python projects" alla versione 1.00


Se su Ralph stanno lavorando alacremente, pure su Rosetta non scherzano.
In due giorni hanno rilasciato prima la versione 1.01 e poi la 1.02 ieri notte


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[Thread Ufficiale] Rosetta@home 30/05/2021 18:34 #136453

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Stanno rilasciando queste wus virtualbox su Rosetta.
Sono mischiate a quelle "standard".
Ne parte solo 1 alla volta e il consumo di ram sembra contenuto


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[Thread Ufficiale] Rosetta@home 31/05/2021 17:15 #136454

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Ne parte solo 1 alla volta e il consumo di ram sembra contenuto

Mi sbagliavo. Ho controllato e ne parte 1 sola perchè ho finito la ram :maroni:
Sembra che ogni wu python richieda circa 8 gb di ram.....
Qualcuno ha dei moduli da 32 Gb di DDR4 che gli avanzano??


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[Thread Ufficiale] Rosetta@home 01/06/2021 08:50 #136456

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Sembra che ogni wu python richieda circa 8 gb di ram....

Sembra inoltre (non ho controllato mentre giravano) che ogni singola wu occupi circa 10gb di spazio su disco.
Niente male questa nuova pagina di rosetta!!


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[Thread Ufficiale] Rosetta@home 11/06/2021 10:30 #136508

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Finalmente qualche novità riguardo il nuovo applicativo Python di Rosetta.


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Ultima Modifica: da boboviz.

[Thread Ufficiale] Rosetta@home 16/06/2021 21:41 #136522

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Interessante pre-review paper riguardante l'implementazione di alcuni metodi di AlphaFold2 in Rosetta (con alcune simulazioni fatte girare in gpu).


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