ARGOMENTO:

boboviz ha scritto:

Speriamo che valutino in fretta e che aggiornino il tutto

Dopo più di 7 mesi nessuna novità sull'applicativo...
Una valutazione bella lunga, non c'è che dire

boboviz ha scritto:

boboviz ha scritto:

Speriamo che valutino in fretta e che aggiornino il tutto

Dopo più di 7 mesi nessuna novità sull'applicativo...
Una valutazione bella lunga, non c'è che dire

Ed anche Correlizer non so se è più morto o defunto vero? Ho visto che neanche li danno retta al forum

Il Fondatore di CHARMM ha vinto il Premio Nobel per la Chimica 2013!

Gli admin del progetto annunciano che Martin Karplus ha ricevuto il Premio Nobel per la Chimica 2013, insieme a Michael Levitt e Arieh Warshel per "lo sviluppo di modelli multiscala per sistemi chimici complessi". Karplus è il padre di CHARMM che è il codice utilizzato nel client del progetto Docking @ Home. Questo premio è un riconoscimento per il lavoro svolto negli ultimi 30 anni con modelli computazionali e supercomputer in dinamica molecolare! Gli admin si dichiarano molto orgogliosi di contribuire a questo sforzo attraverso Docking @ Home! Per saperne di più: Il Premio Nobel per la Chimica 2013

Founder of CHARMM won the 2013 Nobel Prize in Chemistry!
Martin Karplus received the 2013 Nobel Prize in Chemistry, together with Michael Levitt and Arieh Warshel for "the development of multiscale models for complex chemical systems". Karplus is the father of CHARMM which is the code used in our Docking@Home project. This Nobel is an acknowledgment to the work done in the past 30 years with computational models and supercomputers in molecular dynamics! We are very proud to contribute to this effort through Docking@Home! To read more: The Nobel Prize in Chemistry 2013

October 09, 2013 10:20 EST

astroale ha scritto:

Il Fondatore di CHARMM ha vinto il Premio Nobel per la Chimica 2013!

Gli admin del progetto annunciano che Martin Karplus ha ricevuto il Premio Nobel per la Chimica 2013, insieme a Michael Levitt e Arieh Warshel per "lo sviluppo di modelli multiscala per sistemi chimici complessi". Karplus è il padre di CHARMM che è il codice utilizzato nel client del progetto Docking @ Home. Questo premio è un riconoscimento per il lavoro svolto negli ultimi 30 anni con modelli computazionali e supercomputer in dinamica molecolare! Gli admin si dichiarano molto orgogliosi di contribuire a questo sforzo attraverso Docking @ Home! Per saperne di più: Il Premio Nobel per la Chimica 2013

Sono stato più veloce io a mettere la notizia nel forum che loro a pubblicare la news

Rick! ha scritto:

Ed anche Correlizer non so se è più morto o defunto vero? Ho visto che neanche li danno retta al forum

Ho una marea di WU andate in errore sullo Xeon…che succede?

Gattorantolo ha scritto:

Ho una marea di WU andate in errore sullo Xeon…che succede?

Anche sul forum si stanno lamentando. Vediamo se qualcuno risponde....

io invece ho visto transitare decine di WU da pochi minuti, ma con crediti del tipo 1 credito al secondo
cmq tranquilli sono terminate subito

boboviz ha scritto:

Gattorantolo ha scritto:

Ho una marea di WU andate in errore sullo Xeon…che succede?

Anche sul forum si stanno lamentando. Vediamo se qualcuno risponde....

'acci loro... anch'io ne ho parecchie fallate

Al momento mi sono staccato quindi dal progetto…aspettiamo tempi "migliori"

Gattorantolo ha scritto:

Al momento mi sono staccato quindi dal progetto…aspettiamo tempi "migliori"

Docking @ Home ligand dataset available for download!

The dataset of sampled ligands generated by Docking @ Home with the help of our volunteers is now publicly available for download through this link ! It is by far the largest public dataset of docked ligands that have been generated by volunteers’ desktops and laptops. Explore the results we have collected over the past years and share with us the exciting scientific findings with VMD or Chimera! Many thanks and happy holidays to our volunteers. All this would have not been possible without your help!

December 23, 2013 17:37 EST

Papers' section updated

We have updated our papers' section . Now this section also features our recent poster in SC13 and papers showcasing the efforts in efficient data analyses of Docking @ Home datasets and investigating the gender differences in our volunteers. We also put together the presentation slides of both papers for you to read! This work could not have been possible without your help. Thank you!!

December 23, 2013 16:37 EST

Gattorantolo ha scritto:

Ho una marea di WU andate in errore sullo Xeon…che succede?

….e….hanno risolto il problema?

Gattorantolo ha scritto:

Gattorantolo ha scritto:

Ho una marea di WU andate in errore sullo Xeon…che succede?

….e….hanno risolto il problema?

ho un solo core destinato al progetto e mi sembra dal RAC degli ultimi giorni che sia tutto a posto
boincstats.com/en/stats/35/user/detail/37245/lastDays

Quelli di questo progetto non li capisco
Oltre ad avere un applicativo di 5 anni fa, continuano a pubblicare ricerche sull'uso delle gpu nelle modellazioni molecolari. Non sarebbe male poterle usare su docking

boboviz ha scritto:

Quelli di questo progetto non li capisco
Oltre ad avere un applicativo di 5 anni fa, continuano a pubblicare ricerche sull'uso delle gpu nelle modellazioni molecolari. Non sarebbe male poterle usare su docking

Si vede che gli piace essere masochisti...

Gattorantolo ha scritto:

Si vede che gli piace essere masochisti...

Da quel che ho capito il team è composto da poche persone (e infatti stanno cercando 2 sviluppatori su gpu).
Ma almeno aggiornare il client cpu!!

boboviz ha scritto:

Gattorantolo ha scritto:

Si vede che gli piace essere masochisti...

Da quel che ho capito il team è composto da poche persone (e infatti stanno cercando 2 sviluppatori su gpu).
Ma almeno aggiornare il client cpu!!

Se ben ricordo --> vecchia news
il codice è di un applicativo di scritto da un altro gruppo di ricerca, e piuttosto famoso, può darsi che non abbiano bisogno di aggiornarlo o che abbiano qualche timore reverenziale a farlo, vista la fonte autorevole, lo stesso potrebbe valere per il porting su GPU

astroale ha scritto:

Se ben ricordo --> vecchia news
il codice è di un applicativo di scritto da un altro gruppo di ricerca, e piuttosto famoso, può darsi che non abbiano bisogno di aggiornarlo o che abbiano qualche timore reverenziale a farlo, vista la fonte autorevole, lo stesso potrebbe valere per il porting su GPU

Allora, la piattaforma che sta alla base di docking è CHARMM, un applicativo di modellistica molecolare come altri (autodock, vina, ecc) e viene aggiornato costantemente 2 volte l'anno (a febbraio e agosto vengono rilasciate contemporaneamente la versione stable e una beta che diventerà la successiva stable). Il tool, dietro pagamento di poche centinaia di euro, è liberamente utilizzabile per le più svariate implementazioni e risulta essere gratuito per Università/No Profit. Da 3 anni circa, la piattaforma supporta, attraverso l'implementazione di OpenMM, sia CUDA che OpenCl per il calcolo su gpu con ottimi risultati prestazionali.
Quelli di Docking stanno usano una versione beta di CHARMM del febbraio 2007 (la C34A2, per i più curiosi), con tutte le problematiche del caso (oltre a non avere il supporto gpu, hanno spesso problemi di codice, debug, ecc).
Sul forum hanno scritto che devono valutare se aggiornare l'applicativo
Magari stanno aspettando Febbraio per implementare la prossima stable (che sarà la C39A2)

Ecco perché forse le ultime WU che avevo elaborato andavano tutte in errore…mettiamo il progetto da parte fin che non si daranno una mossa...