ARGOMENTO:

Il team di Foldit sta cercando di unire l'interfaccia utente del gioco con la potenza di calcolo del machine learning (in particolare la piattaforma trRosetta, che sta restituendo interessanti risultati).
La cosa potrebbe aprire interessanti novità nello studio del ripiegamento proteico!!

P.S. Se ci riesco farò un'articolo al riguardo.

Rilasciata nuova versione con le seguenti caratteristiche:

Hey everyone,

We're releasing a new update with the following fixes and changes:

BUNS Filter:
* Only sidechains with BUNS will be automatically shown when the filter is enabled.
* Some symmetric puzzles may now penalize BUNS across every asymmetric unit.
* When enabled, the filter will show every bondable atom without enabling any HBonds. This is new behavior for the 'show bondable atoms' view option as well, as clicking it will show all bondable atoms regardless of what particular HBond types are visible.
* Enabling the filter will not change the view options boxes. Changes to ('show bondable atoms' and 'show hydrogens') will only take effect after the filter is disabled.

Bug Fixes:
* Fixed an issue where LUA errors would freeze Mac and Linux clients.
* Fixed a problem which caused the log file to become inflated with meaningless characters. We're actively working on this to solve any remaining issues.
* To improve script speed, Lua functions of the form filter.* now ignore DDG, Sasa, and shape complementarity. Functions to access these will come at a later date.

Molte novità il prossimo anno, a partire da un nuovo sito del progetto.

Succcose novità in arrivo con i prossimi aggiornamenti del programma.
Il "substrato" del codice, basato su Rosetta, è ormai vecchio di svariati anni e hanno intenzione di aggiornarlo all'ultima release per poter sfruttare tutte le migliorie.
La cosa non dovrebbe avere ripercussioni sull'usabilità del gioco e l'utente non dovrebbe rendersene conto, ma è molto importante per i ricercatori.

boboviz ha scritto:

Il "substrato" del codice, basato su Rosetta, è ormai vecchio di svariati anni e hanno intenzione di aggiornarlo all'ultima release per poter sfruttare tutte le migliorie.

Aggiornamento arrivato!

La cosa comincia a farsi veramente seria.
Quelli di Foldit hanno cominciato ad integrare AlphaFold nel gioco, chiedendosi: "Se è così incredibile nel campo della predizione delle strutture, come può cavarsela nel design di nuove proteine"?
Qui l'annuncio ed un breve video che spiega le novità

Hanno pubblicato, qualche giorno fa, una nuovo interfaccia del gioco e tante altre novità

Hanno rilasciato una nuova versione con molti bugfix e anche alcune novità:

- Add the screenshot and AlphaFold panel buttons to the list of rebindable keyboard shortcuts
- Other assorted hotkey-related bug and usability fixes.
- Update Help Menu.
- The puzzle timer tooltip has been updated to refresh more often to give an better display of the puzzle expiration.
- Puzzle timer in the scoreboard now displays minutes.
- Time abbreviations have been added.
- Address issue causing crash-on-exit bugs.
- Made small molecule design more robust to certain causes of crashes.
- Address crashes in scoring for ligand design puzzles.
- Fix bug in HBond Objective
- Fixed bug where the title wasn't resizing properly (leaving it and the objective panel as only three dots).

ecc

Molto più interessante è la preview di un nuovo tool che è stato chiamato, temporaneamente, "Trim Tool" che permette di lavorare su "sezioni" di grandi proteine senza aver problemi di prestazioni/crash/ecc.
Questa è sempre stato uno dei punti deboli di Foldit (e di Rosetta@home, che condivide il codice con Foldit): si è sempre lavorato su "piccole" proteine.
Adesso c'è la possibilità di affrontare la sfida di proteine grosse e complesse.

Il 7 Settembre sarà messo on-line il nuovo sito di Foldit.
Dopo l'aggiornamento sarà necessario reinstallare il client Foldit per poter riprendere il gioco.

boboviz ha scritto:

Dopo l'aggiornamento sarà necessario reinstallare il client Foldit per poter riprendere il gioco.

Qui alcune delle novità:

- The new Windows app uses 64-bit machine code (instead of 32-bit).
- The new website supports a 3D molecular viewer so that players can easily share and discuss solutions in the Forums.
- The new app has better support for AI algorithms, and includes a groundbreaking Neural Net Mutate action
ecc

Il sito è tornato su correttamente.
Hanno già rilasciato la nuova versione
E sul blog hanno fatto un bel post dove spiegano il nuovo strumento a disposizione: Neural Net Mutate

Da quando è arrivato il nuovo programmatore (e il nuovo sito) in pratica stanno rilasciando una nuova versione stabile a settimana
Qui la lista

Gli amministratori hanno fatto un bel video di riassunto di questa intesa annata di Foldit.

Oggi è il compleanno di Foldit, 15 anni
Auguri!!

Nuova versione di Foldit rilasciata

Qualche giorno fa Foldit ha compiuto 16 anni.
Auguri!!

Dopo molti mesi hanno rilasciato una nuova versione stabile (anche se sembra abbia alcuni problemini su delle distro linux)

Il team di Foldit ha introdotto Drugit, un "ambiente" all'interno di Foldit, che permette di lavorare direttamente su piccole molecole per uso farmaceutico (come dice esplicitamente il nome).
Qui maggiori info: fold.it/drugit

Interessante ricerca di quelli di Foldit riguardanti due proteine regolatrici ritenute "undruggable" (tradotto circa "non trattabili farmacologicamente"), l'LRH-1 e l'SF-1