ARGOMENTO:

SickBoy88 ha scritto:

Qua nel thread ufficiale andrebbe implementato anche questo:
www.boincitaly.org/i...nena&Itemid=2&func=view&id=1471&catid=20
Magari dategli prima un occhiata per correggere eventuali errori

L'ho messo nel secondo post. (Anche se non ci ho capito assolutamente niente. )

@djtux: la pagina di wikipedia mi sembra un po' lunghina da tradurre.

Più che altro buona parte delle cose mi sembrano ripetizioni di cose che abbiamo già detto...

ma come... veramente è facile farlo. io l'ho fatto varie volte. son 3 passaggi.

Mi son messo a scrivere il testo in inglese di quel video, non è cosa facile nè breve da farsi... datemi un pò di tempo

Venturini Dario ha scritto:

Mi son messo a scrivere il testo in inglese di quel video, non è cosa facile nè breve da farsi... datemi un pò di tempo

djtux ha scritto:

Gli sviluppatori di Rosetta stanno riscrivendo il client per poter usufruire delle potenzialità del C++. L'attuale client è scritto in fortran.
La nuova applicazione si chiama "minirosetta":
boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=3934

Lo stavo leggendo giusto stamattina.
Ma i vantaggi quali saranno? Maggiori prestazioni? Migliori simulazioni???

Venturini Dario ha scritto:

Mi son messo a scrivere il testo in inglese di quel video, non è cosa facile nè breve da farsi... datemi un pò di tempo

Alla via così, capitano!!
Ho rinunciato a tradurre quel pdf: troppo tecnico e specifico
Magari cerco altro materiale su Rosetta...

boboviz ha scritto:

djtux ha scritto:

Gli sviluppatori di Rosetta stanno riscrivendo il client per poter usufruire delle potenzialità del C++. L'attuale client è scritto in fortran.
La nuova applicazione si chiama "minirosetta":
boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=3934

Lo stavo leggendo giusto stamattina.
Ma i vantaggi quali saranno? Maggiori prestazioni? Migliori simulazioni???

Se non ho capito male per gli sviluppatori è più facile fare modifiche e correzioni sul codice scritto in C++ rispetto al fortran.
Dunque lo sviluppo di nuove versioni del client diventerà più agevole.

una domandina... da niubbo... chiedo delucidazioni
Ma fino ad ora, quante proteine sono state calcolate? Si sa quante ne mancano?
Intendo... si sa a che punto è il progetto?

lampyris ha scritto:

una domandina... da niubbo... chiedo delucidazioni
Ma fino ad ora, quante proteine sono state calcolate? Si sa quante ne mancano?
Intendo... si sa a che punto è il progetto?

In realtà non è che si possa dire quante proteine sono state calcolate e quante ne mancano.. perchè non è un progetto "1.000 proteine da calcolare, siamo a quota 300".. Non c'è un traguardo da raggiungere.
Devi tener conto che nel corpo umano ci sono decine di migliaia di proteine e molte devono ancora essere scoperte. Inoltre, per quanto riguarda l'ambito medico, ci sarebbero da mettere in conto tutte le varie proteine dei vari batteri e virus patogeni dell'uomo.
Quindi per il momento ci si sta concentrando su delle proteine "chiave" in certe malattie, ma sinceramente non ti so dire quali proteine, dovrei guardare nelle pagine riguardanti la ricerca sul sito di rosetta. Magari però qualcuno è più informato di me e ti può spiegare più precisamente.

Inoltre finora si stanno anche calcolando strutture di proteine di cui si conosce già la conformazione tridimensionale, proprio per vedere se rosetta dà dei risultati corrispondenti alla realtà e per continuare a migliorare la precisione del programma.


P.S. Ho appena letto che quest'estate in Sardegna ci sarà il CASP 8 (Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction), una sorta di competizione biennale tra vari gruppi di ricerca per vedere chi ha il miglior programma di predizione e soprattutto per fare il punto della situazione sulla predizione via software della struttura proteica.
Rosetta naturalmente vi parteciperà (e mi pare anche POEM@home).
Si pensa che tra qualche anno la predizione sarà diventata così accurata da poterla preferire ai raggi X, con i quali attualmente si vede la struttura delle proteine. (N.B. il metodo con i raggi X è molto lungo e complicato)

Per concludere:
Il progetto va bene, è stato tra i migliori partecipanti al CASP 7 e continuando così migliorerà sempre di più.

Cavoli non abbiamo mica qualche sardo che va a farsi fare una foto col Dott. Baker da pubblicare qui sul forum?


Comunque, ho completato la trascrizione, circa... manca qualche parola, potete per favore provare a sentire se riuscite a capirla?

The problem we're focusing on, at Rosetta@Home, is the prediction of protein structures from their aminoacid sequences.

Almost all human diseases are caused by mutations in proteins that affect their tridimensional structures and functions and so if we can reliably predict protein structures we could understand how mutations cause disease and from there perhaps go on to develop therapies.

I'm working on trying to design immunogens that will XXX? antibodies against HIV so, critical part about a vaccine.
Design proteins that will present that piece of HIV in just the right conformation so that protein, once it is taken off the computer and turned into a real phisical protein could be put into a person's XXX? and cause that person to make antibodies against the XXX? of HIV.

Up until recently, it has been pretty much about impossible to reliably predict the structure of proteins from their sequences. Instead protein structures are XXXly? determined using time consuming and expensive experiments, which could only be applied to a small subset of proteins. If instead we could accurately and reliable predict protein structures, it will revolutionize much of molecular biology.

To carry up this work, we've developed the computer program called Rosetta. Success in our work would have broad ranging applications for human's health ranging from development of a vaccine for HIV to the eradication of Malaria

The sequence of amminoacids that make up proteins is directly determined from the genetic code, otherwise known as the sequence of molecules in DNA.
DNA, like proteins, is also made of molecular sub-units with specific properties.
WIthin the nucleus a kind of XXX? of DNA is transcribed into a similar molecule called RNA.
Carrier molecules transport aminoacids to an enormous structure called the ribosome.
The ribosome translates the information in RNA into a chain of aminoacids

You know, think about putting a rope in a box of no gravity and think about how many different ways this rope could actually fall in that box. So you know the number of combination, the number of possibilities, are pretty much astronomical.

A strand of aminoacids, the order of which has been determined by the genetic code, can indeed be thought of as warped or chain-like. However, the properties of the links, in this case aminoacids, cause portions of the chain to be attracted to or repelled from each other. As well as elements in the cellular environment.

What the Rosetta program does, is calculate the likelihood of these interactions between segments of the chain, based upon favorable energy levels.
The most likely 3D structure of the chain will take the least amount of free energy to fold.

So last summer I started modifying Rosetta to be used with the BOINC distributed computing platform. Before BOINC we had about 400 computers that we can run our calculations on locally, but now with BOINC we have thousands of computers we can run our jobs on, located all around the globe, and it's really exciting to how it developed.

What we're doing at Rosetta@Home, is analogous to searching the surface of a large rocky planet for the lowest elevation point. Imagine you have a team of human explorers working with you, and they're all exploring around the planet. The team is small, it is quite like they XXX? no explorable/explorator? actually find the lowest elevation point, XXX? for a lot of tall mountains that lead the explorers getting trapped and XXX? the places on the planet. Instead imagine that you have a very large team of explorers and each person XXXly? on the surface of the planet and then start searching for the lowest elevation point. The more explorers you have, the more likely it is that at least one of them will find the lowest elevation point of the planet. At Rosetta@Home, we're instead searching the energy landscape for protein trying to find the lowest energy structure for the aminoacid sequence. The more computers there are doing these searches, the more likely it is that somebody will actually find it.

In each step of the Rosetta search process, a move is made in which part of the protein structure is randomly altered. The top left panel of the screensaver shows each move as it is being made. If Rosetta calculates that the energy has decreased with the move, it is accepted, and displayed in the middle panel.
The lowest energy structure found so far is displayed in the next panel over. Just below this is the actual shape of the protein, if it is known. The panel to the right tracks how closely each accepted move compares to the known protein structure. The bottom panel tracks the energy of each move. The energy after the most recent move is located on the right. In the bottom right corner is a graph which plot? the energy versus how close the shape is to the actual protein. From this graphic you can tell when you search has entered a new region of the energy landscape.

So one of the dreams of many people on this project is that out of the - say million users - on Rosetta@Home, there may be some, maybe some kids, a 9 years old girl in Korea, who grow up looking at this fascinating proteins on the screens and develop a very strong intuitions for what molecules do and are gonna grow up and become great biophisicists and because of this intuition that developed when they were young hopefully they will help solve? the problem immediately.

This is a whole new step forward in the relationship between scientists and the public. To solve the problem of protein structure prediction is quite clear that it is really not possible without the contributions of people from all over the world like yourself, because it's such a big computing problem that it just cannot be done with any inhouse resources so we can only do it collaboratively as a collaboration between us and you and through this collaboration we can solve a problem which I really think couldn't be solved otherwise

Io penso di aver capito ste parole.

Design proteins that will present that piece of HIV in just the right conformation so that protein, once it is taken off the computer and turned into a real phisical protein could be put into a person's blood and cause that person to make antibodies against the epitope of HIV.

Up until recently, it has been pretty much about impossible to reliably predict the structure of proteins from their sequences. Instead protein structures are currently determined using time consuming and expensive experiments, which could only be applied to a small subset of proteins. If instead we could accurately and reliable predict protein structures, it will revolutionize much of molecular biology.

Instead imagine that you have a very large team of explorers and each person XXX? randomly on the surface of the planet and then start searching for the lowest elevation point. The more explorers you have, the more likely it is that at least one of them will find the lowest elevation point of the planet. At Rosetta@Home, we're instead searching the energy landscape for protein trying to find the lowest energy structure for the aminoacid sequence. The more computers there are doing these searches, the more likely it is that somebody will actually find it.

Ho aggiunto nel secondo post la descrizione dello screensaver.

Se qualcuno ne sa di più di quanto ho scritto io me lo faccia sapere che eventualmente correggo o aggiungo qualcosa.

Inoltre non saprei proprio come tradurre trajectory...
"Traiettoria" non mi pare che abbia senso e non riesco a trovare un termine in italiano adeguato.

EDIT: ho spostato anche un po' di cose e usato il terzo post. E sono anche riuscito a mettere i link ai post esatti!

Un paio di cose....

1) Come faccio a mettere lo screenshot dello screensaver? Non ho la più pallida idea di come si faccia.

2) Adesso che guardavo la descrizione dello screensaver mi sono reso conto di non aver capito se l' RMSD deve essere alto o basso per indicare una struttura "buona". Qualcuno lo sa?

3) Per la traduzione del video come si può fare? Ci vuole qualche esperto di modifica video o lo può fare qualcuno di noi?

1) o ne cerchi in internet, ce ne sono di sicuro (forse anche su HWUP) oppure fai partire lo screensaver poi premi "stamp" (sta sopra a "ins" di solito), poi apri un programma di modifica immagini (tipo paint) e fai "incolla"

2) Mmm non mi ricordo, passo

3) Io mi affiderei a qualcuno che sa, ma possiamo sempre imparare. Più che altro resta da decidere se mettere i sottotitoli o rifare l'audio (consiglio i sottotitoli)

1) Si fa così:

Notebook hp pavilion zv5467EA:
fn+canc = screenshot di tutto lo schermo;
fn+alt+canc = screenshot della finestra attiva.

In generale:
stamp/r sist = screenshot di tutto lo schermo;
alt+stamp/r sist = screenshot della finestra attiva.


Poi incolli l'immagine in un programma di fotoritocco, bastano quelli freeware tipo IrfaView. Salvi l'immagine e la carichi sul forum.

Mi sono spiegato male.

Intendevo dire come faccio a far si che cliccando sull'immagine dello screensaver che ho messo nel primo post mi si apra una pagina con l'immagina a grandezza naturale.

Mi sembra che fossi stato proprio tu a consigliare una cosa del genere qualche post fa.
Però non so come si fa...

Ah. Io direi che, per farla facile, puoi usare imageshack.

Vai su www.imageshack.us, uppa l'immagine poi copia il codice della casella "thumbnail for forum (1)" e fai incolla dentro il post che ti interessa. A quel punto avrai il thumbnail cliccabile che rimanda all'immagine formato originale.

Ho aggiunto nel secondo post "Rosetta: le malattie".

Ho messo lo screensaver con imageshack.

Però forse era meglio prima, non si vedeva a grandezza naturale ma almeno c'era un'immagine un po' più grossa direttamente nel post.

Non so... ditemi voi cosa preferite...