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ARGOMENTO:

[Thread Ufficiale] World Community Grid 30/04/2021 09:30 #136263

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Anche io ho fatto una analisi per determinare la configurazione che fornisce il maggior numero di crediti giornalieri.

Con 1 client non avevo utilizzato un campione significativamente grande per cui la stima avrà grande incertezza.
Con 2 client non ho alcun dato.
Con 3 e 4 clients ho utilizzato i risultati contenuti in 10 pagine, eliminando quelli pending, invalid o server aborted.

Risultato: meglio 3 o 4 client, fra i quali non vi è alcuna differenza tangibile in termini di crediti.
Allego foglio di calcolo.


P.S. @admins: dovreste aggiornare lo script degli allegati. Non è possibile che le estensioni .odt e .ods non siano accettate mentre accettate .doc e .xls. :asd:
COVID-19

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[Thread Ufficiale] World Community Grid 30/04/2021 16:47 #136265

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www.worldcommunitygr...ums/wcg/viewthread_thread,43399_offset,0

L'applicazione opng è dannosa per le SSD.
Ho verificato personalmente con smartctl e il tempo medio di scrittura è di circa 4.5mb/s. Che sarebbero 380gb al giorno.
È arrivato il momento di rispolverare il ramdisk, mi sa.

Potete provare voi stessi con i seguenti comandi su Linux.
Eseguite il seguente comando nel terminale
t1=$(date +%s);b=$(sudo smartctl -a /dev/sda | grep "Total_LBAs_Written" | cut -d "-" -f2);b1=$((b*512))

Dopo un'oretta eseguite questi altri due comandi
t2=$(date +%s);b=$(sudo smartctl -a /dev/sda | grep "Total_LBAs_Written" | cut -d "-" -f2);b2=$((b*512))
echo $(((b2-b1)/(t2-t1)/1024))"kb/s"
e otterrete il tempo medio di scrittura in kb/s.

P.S. Se la Sector Size della vostra SSD è diversa da 512bytes, i comandi vanno un attimo sistemati con il valore corretto.
COVID-19

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[Thread Ufficiale] World Community Grid 30/04/2021 19:27 #136266

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Ciao a tutti
Non ho mai messo le "mani" su boinc e il discorso dei 2-3 client mi è nuovo... esiste qualche guida/indicazione su come fare?

Grazie in anticipo

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[Thread Ufficiale] World Community Grid 30/04/2021 21:22 #136267

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Occhio che se si tiene il terminale attivo i comandi possono essere eseguiti senza problemi .

Se il terminale viene chiuso , i valori delle variabili vengono persi

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Ultima Modifica: da sabayonino.

[Thread Ufficiale] World Community Grid 30/04/2021 21:49 #136268

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P.S. @admins: dovreste aggiornare lo script degli allegati. Non è possibile che le estensioni .odt e .ods non siano accettate mentre accettate .doc e .xls. :asd:


Nei filtri ODT e ODS sono inclusi. Li ho inseriti io stesso quando abbiamo aggiornato il server nel 2018 . Mi sono trattenuto nel rimuovere la concorrenza :asd:

Estensioni doc supportate (escluse immagini)
7z,zip,txt,doc,gz,tgz,rtf,rar,odt,ods,pdf,xls,bz2,tar,gz

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Ultima Modifica: da sabayonino.

[Thread Ufficiale] World Community Grid 30/04/2021 21:50 #136269

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@Stepas85

www.boincitaly.org/f...a-multisessioni-boinc-su-singolo-pc.html

qui hai una guida molto lunga
Ringraziano per il messaggio: stepas85

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[Thread Ufficiale] World Community Grid 30/04/2021 22:01 #136270

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P.S. @admins: dovreste aggiornare lo script degli allegati. Non è possibile che le estensioni .odt e .ods non siano accettate mentre accettate .doc e .xls. :asd:


Nei filtri ODT e ODS sono inclusi. Li ho inseriti io stesso quando abbiamo aggiornato il server nel 2018 . Mi sono trattenuto nel rimuovere la concorrenza :asd:

Estensioni doc supportate (escluse immagini)
7z,zip,txt,doc,gz,tgz,rtf,rar,odt,ods,pdf,xls,bz2,tar,gz

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[Thread Ufficiale] World Community Grid 30/04/2021 22:06 #136271

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Occhio che se si tiene il terminale attivo i comandi possono essere eseguiti senza problemi .

Se il terminale viene chiuso , i valori delle variabili vengono persi

Oppure
t1=$(date +%s);b=$(sudo smartctl -a /dev/sda | grep "Total_LBAs_Written" | cut -d "-" -f2);b1=$((b*512));sleep 1800;t2=$(date +%s);b=$(sudo smartctl -a /dev/sda | grep "Total_LBAs_Written" | cut -d "-" -f2);b2=$((b*512));echo $(((b2-b1)/(t2-t1)/1024))"kb/s"
e lasci aperto il terminale una mezz'oretta. :asd:

Ad ogni modo ho montato gli slots dei vari client ciascuno su un tmpfs da 2GB e fila tutto liscio.
L'utilizzo della SSD è sceso a circa 90kb/s.
COVID-19

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[Thread Ufficiale] World Community Grid 30/04/2021 22:10 #136272

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Nei filtri ODT e ODS sono inclusi. Li ho inseriti io stesso quando abbiamo aggiornato il server nel 2018 . Mi sono trattenuto nel rimuovere la concorrenza :asd:

Estensioni doc supportate (escluse immagini)
7z,zip,txt,doc,gz,tgz,rtf,rar,odt,ods,pdf,xls,bz2,tar,gz

Sono abbastanza sicuro che stamattina non ci fossero. Ho pure provato a caricare il .ods e dava errore.
Ora invece li vedo fra le estensioni dei file ammessi. :asd:
COVID-19

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[Thread Ufficiale] World Community Grid 30/04/2021 22:26 #136273

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[Thread Ufficiale] World Community Grid 02/05/2021 17:30 #136281

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Ciao a tutti
Non ho mai messo le "mani" su boinc e il discorso dei 2-3 client mi è nuovo... esiste qualche guida/indicazione su come fare?

Grazie in anticipo


Ecco qua quella per windows www.boincitaly.org/f...boinc-su-singolo-pc.html?start=40#134220

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[Thread Ufficiale] World Community Grid 18/05/2021 07:18 #136409

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www.worldcommunitygr...bout_us/viewNewsArticle.do?articleId=702

17 May 2021

Summary

The project received extra support this month from the 2021 BOINC Pentathlon.




Background

Trillions of bacteria live inside and on our bodies. The Microbiome Immunity Project uses the computational power of World Community Grid to study the proteins produced by these bacteria, which are encoded in their genomes. This can help scientists understand the role of the microbiome in disease.

So far, the researchers have run more than 300,000 protein sequences through their pipeline, and they have more sequences to run in the future.


BOINC Penthathlon 2021

Each year, SETI Germany holds a BOINC Pentathlon to give extra support to a number of worthy projects. The Microbiome Immunity Project was one of the lucky projects to get extra crunching time this year. Thanks to the many volunteers who participated!

Current status of work units
•Available for download: 3,097 batches
•In progress: 3,355 batches (5,866,258 work units)
•Completed: 329,818 batches (1,334 batches in the past 30 days,
an average of 44.47 batches per day)
•Estimated backlog: 70 days

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[Thread Ufficiale] World Community Grid 09/06/2021 01:20 #136495

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Ciao a tutti. In questi giorni ho messo mano alla lista delle pubblicazioni scientifiche prodotte dai progetti WCG.

Vi segnalo alcuni paper mancanti.

# Progetto "Microbiome Immunity Project"

- Gligorijević, V. et al. (2021) ‘Structure-based protein function prediction using graph convolutional networks’, Nature Communications, 12(1), p. 3168. doi: 10.1038/s41467-021-23303-9. Link: www.nature.com/articles/s41467-021-23303-9

# Progetto "Discovery Dengue Drugs"

- Malmstrom, R. D. (2011) Discovering Dengue Drugs-Together: Grid Scale Virtual Screening with Mean Field Free Energy of Binding Rescoring. Dissertation. The University of Texas Medical Branch. Available at: hdl.handle.net/2152.3/763.

# Progetto "Help Defeat Cancer"

- Yang, L. et al. (2007) ‘High Throughput Analysis of Breast Cancer Specimens on the Grid’, in Ayache, N., Ourselin, S., and Maeder, A. (eds) Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention – MICCAI 2007. Berlin, Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg, pp. 617–625. doi: 10.1007/978-3-540-75757-3_75. Link: link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-540-75757-3_75

# Progetto "AfricanClimate@Home"

- Tadross, M. et al. (2010) Modelling the Influence of Vegetation, Soil Moisture and Aerosols on Early Summer Southern African Climate. Report to the Water Research Commission WRC Report No. 1681/1/10. Available at: www.wrc.org.za/wp-content/uploads/mdocs/1681-1-101.pdf.

# Su infrastruttura WCG

- Raabe, K. and Powell, L. M. (2020) ‘Exploring grid computing & volunteer computing: analyzing daily computing runtimes on the World Community Grid’, Issues In Information Systems. doi: 10.48009/3_iis_2020_289-297. Link: www.iacis.org/iis/2020/3_iis_2020_289-297.pdf

- Yadav, P. and Darlington, J. (2016) ‘Design Guidelines for the User-Centred Collaborative Citizen Science Platforms’, Human Computation, 3(1), pp. 205–211. doi: 10.15346/hc.v3i1.15. Link: www.iacis.org/iis/2020/3_iis_2020_289-297.pdf


A seguire alcune correzioni dell'elenco pubblicato su boincitaly

# Progetto "Clean Energy Project"
--2011--
Hachmann J., Olivares-Amaya R. et al. - "Design principles and top non-fullerene acceptor candidates for organic photovoltaics using the Harvard clean energy project". J of Phys Chem 2(17), 2011. Link
Da eliminare perché l'articolo non esiste. Esiste invece:
Lopez S.A., Sanchez-Lengeling B. et al. - "Design Principles and Top Non-Fullerene Acceptor Candidates for Organic Photovoltaics". Joule 1(4), 2017. Link
che è già citato correttamente come articolo del 2017.

# Progetto "Computing for Clean Water"
Learmonth G.P., Bobko R. et al. - "Impact of Best Management Practices on Water Quality". 2017. Link
Da spostare sotto "Computing for Sustainable Water". Inoltre il pdf è stato rimosso e al momento il paper è disponibile unicamente sotto archive.org a questo indirizzo: web.archive.org/web/...aculty.virginia.edu/CFSW/Papers/CFSW.pdf

# Progetto "Smash Childhood Cancer"
- Fukuda M., Takatori A. et al. - "Effects of novel small compounds targeting TrkB on neuronal cell survival and depression-like behavior". Neochemis Intern 97, 2016. Link
Da rimuovere perché fa parte di Help Fight Childhood Cancer dove è già correttamente citato.

Infine, scaricando i paper e facendoli passare uno alla volta ho notato che diverse pubblicazioni non contengono alcun riferimento al WCG né al progetto di ricerca a cui sono associati. La mia idea è che si tratti di lavori che i ricercatori segnalano nelle news come pubblicazioni accessorie relative all'argomento trattato (per esempio, qui li presentano come "Some related published work".) Se lo scopo dell'elenco che pubblichiamo è di mostrare la scienza "prodotta" dal WCG probabilmente quei paper non andrebbero citati. Stesso discorso per quanto riguarda alcuni convegni / seminari di cui non esistono atti e che vengono segnalati solo con un riferimento alla pagina web dell'evento.
A seguire metto l'elenco nel caso decidiate di rimuoverli.

# Progetto "Mapping Cancer Markers"
- Hauschild A.C., Jurisica I. et al. - "Visualization of Biomedical Networks".Encyclopedia of Bioinf and Comput Biology 81, 2018.
(nessuna citazione del WCG)
- Paulitti A, Jurisica I, et al. - "The ablation of the matricellular protein EMILIN2 causes defective vascularization due to impaired EGFR-dependent IL-8 production affecting tumor growth". Oncogene, Feb 27. 2018.
(nessuna citazione del WCG)
- Wong S., Jurisica I. et al. - "SDREGION: Fast spotting of changing communities in biological networks". BMC Cancer 18(1):408, 2018.
(nessuna citazione del WCG)
- Rahmati S., Jurisica I. et al - "Two Decades of Biological Pathway Databases: Results and Challenges". Encyclopedia of Bioinf and Comput Biology 81, 2018
(nessuna citazione del WCG)
- Fortney K, Griesman J, Jurisica I. et al. - "Prioritizing therapeutics for lung cancer: An integrative meta-analysis of cancer gene signatures and chemogenomic data". Plos One 11(3), 2015.
(nessuna citazione del WCG)
- Kotlyar M., Pastrello C., Jurisica I. et al. - "In silico prediction of physical protein interactions and characterization of interactome orphans". Nature Methods 12 (79-84), 2015
(nessuna citazione del WCG)
- Wong S., Cercone N. and Jurisica I. - "Comparative network analysis via differential graphlet communities". Proteomics 15 (2-3), 2015
(nessuna citazione del WCG)

# Progetto "Computing for Clean Water"
- Cao W., Wang J. et al. - "Carbon nanostructure based mechano-nanofluidics". J of Micromod and Microeng 28(3), 2018.
(nessuna citazione del WCG)

# Progetto "FightAIDS@Home"
- Morris G.M., Huey R., Lindstrom W., Sanner M.F., Belew R.K. – "AutoDock4 and AutoDockTools4: Automated docking with selective receptor flexibility". J. of Computer Chem. 30(16), 2009.
(nessuna citazione del WCG)

# Progetto "Help Conquer Cancer"
- Snell E.H., Luft J.R., Potter S.A. et al. – "Establishing a training set through the visual analysis of crystallization trials. Part I: 150 000 images". Acta Crystal D Biol. 64(11), 2008. Link
(nessuna citazione del WCG; idem la Parte II)

# Progetto "Help Cure Muscolar Dystrophy"
- Engelen S., Trojan L.A., Mora S.S., Lavery R., Carbone A. – "Joint Evolutionary Trees: A Large-Scale Method To Predict Protein Interfaces Based on Sequence Sampling". PLOS Comput. Biol. 5(1), 2009. Link
(nessuna citazione del WCG)

# Progetto "Help Defeat Cancer"
- DiPaola R., Dvorzhinski D., Thalasila A. et al. – "Therapeutic starvation and autophagy in prostate cancer: A new paradigm for targeting metabolism in cancer therapy". Prostate 68(16), 2008.
(nessuna citazione del WCG)

# Progetto "Human Proteome Folding"
- Nissen E.A., Smith K.D., Bonneau R., Strong R.K., Aderem A. – "A conserved surface on Toll-like receptor 5 recognizes bacterial flagellin". J. of Experimental Medicine 204(2), 2007.
(nessuna citazione del WCG)
- Bonneau R., Facciotti M.T., Reiss D.J. et al – "A Predictive Model for Transcriptional Control of Physiology in a Free Living Cell". Cell 131(7), 2007
(nessuna citazione del WCG)

# Progetto "Help Stop TB"
- Meletiou A., Shannon G. et al. - "Utilising IBM’s World Community Grid (WCG) virtual supercomputer to model mycolic acids from Mycobacterium tuberculosis". Big Data in Biomolec Syst Confer, 2016. Link
(convegno)

# Progetto "OpenZika"
- Mottin M. - "Discovery of new antiviral candidates against zika virus". ACS National Meeting, 2018
(convegno)
- Mottin M. - "OpenZika: Opening the Discovery of New Antiviral candidates against Zika Virus and Insights into Dynamic behavior of NS3 Helicase". 46th World Chemist Congress, 2017.
(convegno)
- Motim M., Perryman A.L. et al. - "OpenZika: an open science collaboration project to discover drug candidates against Zika virus". 8th Brazilian Symposium on Medicinal Chem, 2016.
(convegno)

# Progetto "Clean Energy Project"
- Lopez S.A. - "Identification of next-generation materials for organic solar cells via a collaborative theory-experimental approach". ICNM Seminars, 2017
(convegno)

Continuerò a lavorarci anche nei prossimi giorni / settimane per cui è possibile che tornerò per qualche aggiornamento.
Ringraziano per il messaggio: boboviz

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[Thread Ufficiale] World Community Grid 09/06/2021 15:03 #136499

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Ciao a tutti. In questi giorni ho messo mano alla lista delle pubblicazioni scientifiche prodotte dai progetti WCG.

- Purtroppo alcuni dei link che NON esistono più li avevo inseriti ANNI fa e non più ricontrollati. Se spostano/eliminano i paper non è colpa mia.
- Come hai notato giustamente tu, i paper che non fanno diretto riferimento a WCG non me li sono inventati e/o presi a caso, ma erano stati citati direttamente dai ricercatori nelle news dei progetti. E' abbastanza comune che i ricercatori, nonostante usino "risorse" Boinc (spesso sono legati ai software che vengono usati nelle simulazioni), non le citino direttamente. Purtroppo. Mi sembrerebbe giusto tenerli, visto che "indirettamente" hanno a che fare con boinc. Poi, eh, si posson pure togliere.
- Per quanto riguarda le conferenze/convegni/meeting è ovvio che quelli non sono veri e propri paper referati e non hanno la stessa valenza, ma comunque sono importanti per far conoscere le possibilità della piattaforma Boinc a più persone possibili (soprattutto ricercatori). Ho scritto la cosa al punto 6 ("Abbiamo cercato di dare precedenza a pubblicazioni su riviste/libri. Per vari progetti possono esserci anche poster di conferenze/talk/phd thesis, ecc."), ma forse non è chiarissima. Magari la amplio e la "aggiusto".

Continuerò a lavorarci anche nei prossimi giorni / settimane per cui è possibile che tornerò per qualche aggiornamento.

Grazie mille. Ogni aiuto è benvenuto. Inserirò le modifiche nelle prossime revisioni.


Sei curioso dei risultati scientifici di Boinc? Guarda la sezione Pubblicazioni.

"We continue to face indifference and resistance from the high­-performance computing establishment." D. Anderson

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Ultima Modifica: da boboviz.

[Thread Ufficiale] World Community Grid 09/06/2021 15:17 #136500

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Chiude MIP di WCG, in pratica si faranno tutto "in casa"


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[Thread Ufficiale] World Community Grid 09/06/2021 23:04 #136503

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> Se spostano/eliminano i paper non è colpa mia.

Figurati, spero di non averti dato l'idea che la mia fosse una critica. Anzi, apprezzo davvero lo sforzo non banale di tenere aggiornata la raccolta delle pubblicazioni scientifiche. Rispetto ai link, una soluzione potrebbe essere citare nell'elenco anche il doi oltre che l'url del documento in modo che se quest'ultimo viene modificato il paper resti recuperabile (ovviamente questo è fattibile solo per i documenti provvisti di doi)

> Mi sembrerebbe giusto tenerli, visto che "indirettamente" hanno a che fare con boinc. Poi, eh, si posson pure togliere.

Io ho iniziato a raccogliere il materiale dentro un database e mi sono dato un criterio stringente soprattutto perché non ho le competenze per comprendere se / quanto il risultato presentato in un articolo sia legato all'impiego del WCG. Di conseguenza scarto tutti i paper dove manca una citazione diretta. Riguardo alla possibilità di tenerli o meno nella lista su boincitaly lascio ovviamente a te / voi la scelta, limitandomi a suggerire che una soluzione intermedia potrebbe essere citarli come pubblicazioni accessorie (o formula simile per rendere quel "related published work"). Stessa cosa si potrebbe forse fare anche per i convegni / seminari.

Segnalo un nuovo articolo che ho recuperato:

# Progetto: Help Defeat Cancer:
Yang, L. (2009) ‘Robust segmentation and object classification in natural and medical images’. doi: 10.7282/T3DN458J.
Link: rucore.libraries.rutgers.edu/rutgers-lib/26109/PDF/1/play/

> Grazie mille. Ogni aiuto è benvenuto. Inserirò le modifiche nelle prossime revisioni.

Grazie a te per tutto l'impegno Quando considererò ultimate le ricerche (ci vorrà ancora un po') posterò qui l'elenco che ho realizzato in modo da (forse) facilitarti il lavoro.
Ringraziano per il messaggio: boboviz

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[Thread Ufficiale] World Community Grid 11/06/2021 10:15 #136507

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Rispetto ai link, una soluzione potrebbe essere citare nell'elenco anche il doi oltre che l'url del documento in modo che se quest'ultimo viene modificato il paper resti recuperabile (ovviamente questo è fattibile solo per i documenti provvisti di doi)[/url]

Non è una brutta idea, ma sai che lavoraccio farlo per tutte le pubblicazioni che ci sono?? Ci penso

Io ho iniziato a raccogliere il materiale dentro un database e mi sono dato un criterio stringente soprattutto perché non ho le competenze per comprendere se / quanto il risultato presentato in un articolo sia legato all'impiego del WCG. Di conseguenza scarto tutti i paper dove manca una citazione diretta. Riguardo alla possibilità di tenerli o meno nella lista su boincitaly lascio ovviamente a te / voi la scelta, limitandomi a suggerire che una soluzione intermedia potrebbe essere citarli come pubblicazioni accessorie (o formula simile per rendere quel "related published work"). Stessa cosa si potrebbe forse fare anche per i convegni / seminari.

All'inizio anche io avevo dubbi se essere più o meno stringente nella selezione, e ho pensato di usare una via "mediana".
Altrimenti, per dire, non avrei neppure aperto la sezione "matematica" delle pubblicazioni.
MOLTO raramente la citazione di Boinc è esplicita e diretta. Talvolta, per dire, l'ho trovata nei "materiali supplettivi" di una pubblicazione (se ci sono)
Cosa intendi per "pubblicazioni accessoria", aggiungere una nota di lato?

Segnalo un nuovo articolo che ho recuperato:

# Progetto: Help Defeat Cancer:
Yang, L. (2009) ‘Robust segmentation and object classification in natural and medical images’. doi: 10.7282/T3DN458J.
Link: rucore.libraries.rutgers.edu/rutgers-lib/26109/PDF/1/play/

Ottimo!!

Grazie a te per tutto l'impegno Quando considererò ultimate le ricerche (ci vorrà ancora un po') posterò qui l'elenco che ho realizzato in modo da (forse) facilitarti il lavoro.

Daje.

P.S. Passiamo qui a parlarne.


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[Thread Ufficiale] World Community Grid 17/06/2021 12:30 #136525

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- è arrivato in pianta stabile un nuovo ricercatore
- questo nuovo ricercatore si occuperà di implementare sistemi di machine learning sui risultati delle nostre simulazioni


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[Thread Ufficiale] World Community Grid 19/06/2021 07:51 #136533

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Notizia triste.

Tempo fa era uscita sul sito del WCG un articolo riguardante un ragazzino canadese, Dylan Bucci, divenuto "famoso" per aver contribuito con la sua scuola al progetto Mapping Cancer Marker.

Qui ci sono un paio di servizi tv:
www.ctvnews.ca/video?clipId=1625619
toronto.ctvnews.ca/video?clipId=1675312

Dylan era stato successivamente invitato dal team del progetto a visitare il centro di ricerca.
www.worldcommunitygr...bout_us/viewNewsArticle.do?articleId=595

Ieri sera ho scoperto che pochi mesi fa è stata diagnosticata a Dylan un tumore osseo al quarto stadio.


Qui c'è una raccolta fondi promossa dalla famiglia.
www.gofundme.com/f/take-care-of-barb-and-family
Ringraziano per il messaggio: boboviz

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[Thread Ufficiale] World Community Grid 19/06/2021 15:40 #136534

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Notizia triste.
Tempo fa era uscita sul sito del WCG un articolo riguardante un ragazzino canadese, Dylan Bucci, divenuto "famoso" per aver contribuito con la sua scuola al progetto Mapping Cancer Marker.


Si, ricordo il ragazzo.
Bruttissima notizia.
Forza, forza, siamo con te


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