ARGOMENTO:

Io cmq ho notato che le Wu vengono calcolate 1 volta sola..non hanno un quorum minimo.. per esempio 3. Il metodo che ha spiegato bax poco sopra è cmq valido?

Penso di sì, da quel che ha scritto Bax fanno la media sul TIPO di WU, non sulla WU.

Ossia la media di TUTTE le abrelax, TUTTE le enfree ecc

SickBoy88 ha scritto:

Io cmq ho notato che le Wu vengono calcolate 1 volta sola..non hanno un quorum minimo.. per esempio 3. Il metodo che ha spiegato bax poco sopra è cmq valido?

Il sistema di calcolo di ROSETTA è completamente diverso da tutti gli altri. Non è una questione di Replicazione iniziale o Quorum (che è 1).
Innanzitutto ognuno di noi scaccola per trovare una configurazione spaziale di una proteina ma le configurazioni possibili sono infinite.
Si cerca il modello con l'energia libera minore che si discosti il meno possibile dal modello reale conosciuto (si perchè il modello reale è noto e guarda caso tutti i modelli reali noti sembra che assumano sempre la configurazione con energia minima).
Con i nostri calcoli noi cerchiamo un metodo per avvicinarci alla realtà... solo in seguito questo metodo verrà usato per prevedere nuove proteine.
Ognuno di noi ha già calcolato diverse configurazioni: potete trovare le vostre cliccando alla voce Results - view your results sul sito ufficiale di Rosetta@home.

A esempio io ho per la :# abinitio_norelax_homfrag_129_B_1t2iA_SAVE_ALL_OUT
mio best RMSD = 0.579
best RMSD tra tutti gli user = 0.551
mio best CREDITO = 26.49
best CREDITO tra tutti gli user = 110.745
mie configurazioni trovate = 26
configurazioni trovate da tutti gli utenti = 34257

Ogni configurazione trovata da me è visualizzata con un punto ROSSO sul grafico seguente:

http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_results.php?BatchID=4626&SubBatchName=abinitio_norelax_homfrag_129_B_1t2iA_SAVE_ALL_OUT&UserID=263607&image=1

-> sull'asse delle ordinate (verticale) troviamo l'energia libera dei modelli di proteina calcolati: più bassa è meglio è
-> sull'asse delle ascisse (orizzontale) troviamo la RMSD (Root Mean Square Deviation) = deviazione quadratica standard. Senza entrare nei particolari è un indice della differenza geometrica/spaziale tra la configurazione che abbiamo trovato noi e quella nota... più bassa è meglio è. Trovare RMSD=0 significa trovare il modello reale !

Non ho ancora ben capito se le configurazioni con energia<0 siano "migliori" di quella reale

Si, è come dici tu Ducati.
Alla fine si avranno un tot di "tentativi" di ripiegamento per una proteina e penso proprio che non importi niente se fai 10 WUs da un ripiegamento o una da 10 ripiegamenti.

Naturalmente più tieni alto il numero di ore per WU e meno sovraccarichi i server di Rosetta... Per questo vogliono alzare a 3 ore la durata minima impostabile.

7D9 ha scritto:

Si, è come dici tu Ducati.
Alla fine si avranno un tot di "tentativi" di ripiegamento per una proteina e penso proprio che non importi niente se fai 10 WUs da un ripiegamento o una da 10 ripiegamenti.

Naturalmente più tieni alto il numero di ore per WU e meno sovraccarichi i server di Rosetta... Per questo vogliono alzare a 3 ore la durata minima impostabile.

Non erano 3 ore adesso e volevano portarle a 6?

morse ha scritto:

Non erano 3 ore adesso e volevano portarle a 6?

mi pareva fosse 1 ora e volevano portarla a 3

La minima sicuramente è 1 ora. Forse vogliono impostare la durata di default più alta per alleggerire il DB

WE ARE PLANNING TO INCREASE THE DEFAULT RUN TIME TO 6 HOURS AND THE MINIMUM TO 3 TO REDUCE THE LOAD ON OUR SERVERS. When and how this will occur has not yet been decided. If you have any concerns or would like to add to the discussion please post to this thread.

Non mi ricordavo male allora.

News

December 15, 2008
The minirosetta application has been updated to version 1.47. For details and to report bugs, go to this thread . Happy Xmas !

morse ha scritto:

WE ARE PLANNING TO INCREASE THE DEFAULT RUN TIME TO 6 HOURS AND THE MINIMUM TO 3

Non mi ricordavo male allora.

se posso permettermi, ti faccio notare che ti ricordavi male..
lì c'è proprio scritto che vogliono portare la durata minima a 3 ore (da 1 ora attuale), mentre la durata 'normale' a 6 ore.

Ducati 749 ha scritto:

se posso permettermi, ti faccio notare che ti ricordavi male..
lì c'è proprio scritto che vogliono portare la durata minima a 3 ore (da 1 ora attuale), mentre la durata 'normale' a 6 ore.

Ma visto che io parlavo di quella di default allora mi ricordavo bene.
Comunque lo hanno fatto o no?

Anche il mio E5200 ottiene meno crediti di quelli pretesi (questi ultimi dipendono esclusivamente dai risultati del benchmark del client per il tempo processore)

secondo me il thead che c'è tutt'ora nel forum ufficiale non spiega per niente come funziona il sistema dei crediti in Rosetta
anche le formule che ha postato Bax magari vengono usate, ma vi assicuro al 100% che in Rosetta (ma presumo anche qualche altro progetto) la dimensione della cache L2 conta moltissimo

il problema è che nessuna formula ne tiene conto, tanto meno il benchmark del client (che è influenzato solo dal clock cpu, SO utilizzato, architettura del processore)
ad esempio non rileva la quantità di cache L2 e nemmeno la presenza del dual channel o meno

quindi il valore claimed è spesso fuorviante e non è assolutamente un parametro affidabile da prendere in considerazione per valutare le prestazioni di una piattaforma

anche al variare dei programmi usati da Rosetta ho notato differenze prestazionali notevoli
ad esempio con le 5.98 ho ottenuto sempre valori granted superiori (anche del 20-25%) rispetto ai claimed
quasi sicuramente con le 5.98 la cache L2 viene usata meno intensamente e quindi anche processori che ne hanno poca lavorano bene lo stesso

avevo aperto un thread a riguardo comunque

--> boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=4528

se a qualcuno interessa e non mastica bene l'inglese lo posso tradurre



i primi risultati dei Nehalem non sembrano molto promettenti come si sperava, sembra che la cache L2 piccola tarpi le ali a questa nuova architettura su Rosetta

se ne parla qui

--> boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=4524

ad un certo punto dicono che l'Hyperthreading in passato (Pentium 4) non aveva dato quel boost prestazionale che si riscontrava con altre applicazioni (mi sembra potesse arrivare anche a +30/40% in determinati ambiti)
probabilmente anche con Nehalem l'HT non alza molto le prestazioni rispetto ai quad Core 2

GT82 ha scritto:

...la dimensione della cache L2 conta moltissimo...

avevo aperto un thread a riguardo comunque

--> boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=4528

mmm... però su quel thread hanno fatto un confronto tra varie CPU con diverse cache L2 calcolando i credits per hour per core rapportati a una frequenza di 3,2 GHz e ne è venuto fuori:

Q6600 (2MB/core): 21.5-27.3
E4300 (1MB/core): 21.0
E2180 (0.5MB/core): 15.6

E5200 (1MB/core): 15.5

It looks a bit low for 3.2GHz

e tu stesso poi chiudi il thread dicendo che "Now I've raised the FSB to 320 (3200=320x10), which with the previous 5.98 WUs had not led to increases in performance, also I turned off EIST and C1E in bios"

quindi, senza addentrarmi nel discorso della cache L2 (che non conosco affatto) sembra che tu abbia risolto i problemi in altro modo
quindi questa chache L2 è poi risultata così fondamentale ?
Probabilmente lo è se è troppo poca... dovrebbe essere il caso degli i7.

credo comunque che si debba aspettare che vi sia una media stabile dei risultati... certo... non è che i primi (su Rosetta) abbiano particolarmente impressionato

Dopo aver fatto quelle modifiche sono passato a 20-22 anche con l'E5200, in linea con gli E4xx che hanno anch'essi 2 Mb di cache

non so spiegarmi fino in fondo perchè facevo 15.5 a 3.2 Ghz

la cache conta moltissimo, perlomeno con MiniRosetta, le 5.96-5.98 erano meno sensibili
l'ho letto spesso nel forum ufficiale

basta guardare che ottimi punteggi ottengono i dual 45 nm con 6 Mb o i quad con 12 Mb

ad esempio ne parla qui l'amministratore del progetto

--> boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=4559

Ma visto che io parlavo di quella di default allora mi ricordavo bene.
Comunque lo hanno fatto o no?[/quote]

Sulle preferenze è ancora selezionabile un'ora come durata, quindi per il momento non ci sono stati cambiamenti.

raga come faccio ad aumentare la cache di lavoro? Mi spiego: certe (molte) volte mi capita di aver finito tutte le wu di rosetta senza avere nessuna in più da elaborare. Come faccio per avere una autonomia di due giorni, considerato che ho un intel quad q9450 (tempo medio wu: 2h30min)?

BlackLukes ha scritto:

raga come faccio ad aumentare la cache di lavoro? Mi spiego: certe (molte) volte mi capita di aver finito tutte le wu di rosetta senza avere nessuna in più da elaborare. Come faccio per avere una autonomia di due giorni, considerato che ho un intel quad q9450 (tempo medio wu: 2h30min)?

dal BOINC manager
menu AVANZATE
poi PREFERENZE
scheda USO DELLA RETE
RISERVA DI LAVORO ADDIZIONALE = max 10 giorni

ho messo 3 giorni.. magari aumento più avanti. Grazie mille!

approfitto di questo post per non aprirne un'altro....
con rosetta vi è mai capitata una cosa del genere?

Mi faceva dei cicli cortissimi... faceva 34000 step poi mi andava qualche step con la proteina piu complicata, mi dava il vodello concluso e ricaminciava da 1. Mi ha fatto 99 modelli... mi sembrano tanti, non sapete mica se è un tipo di WU particolare?
Ciao ciao!

io non ho più wu... voi?