BOINC.Italy

Da un messaggio di uno scienziato del progetto.

Ciao,

come avrete letto sul blog di David Baker, recentemente abbiamo avuto molti interessanti sviluppi sul fronte dell’emoagglutinina influenzale, tra cui una struttura cristallina che conferma una delle progettazioni a computer e dei dati biochimici rispetto ad un’altra progettazione che dimostrano che la proteina inibisce l'azione dell’emoagglutinina. Speriamo che questo significhi che queste proteine possano servire come piattaforma per lo sviluppo di medicinali e diagnostica per molti tipi diversi di influenza. Più in generale, l’idea che la progettazione di proteine al computer potrebbe produrre proteine utili come anticorpi è un segno di maturità in questo campo. Sono molto lieto di ricordare anche che entrambe queste progettazioni, come  l'80% delle proteine che abbiamo generato nel progetto emoagglutinina, provengono dai vostri computer su Rosetta@Home. Questo progetto è stato così complesso che senza le vostre stupefacenti risorse sarebbe stato impossibile ottenere dei leganti funzionanti.

Riguardo ad un lavoro analogo, stiamo progettando più leganti putativi di RhoA, quindi vedrete più lavori di progettazione con l'etichetta "progettazione di inibitori di RhoA". Ho già introdotto RhoA in questo post.

Grazie mille! Sarel.

Abbiamo, recentamente, analizzato un sacco di risultati delle simulazioni sperimentali che sono state fatte negli ultimi mesi. Alcuni dei risultati sono attualmente in fase di scrittura per la pubblicazione, altri sono già stati presentati alla communità di ricerca sulla malaria nel corso dei meeting scientifici. Ecco i link dei riassunti delle presentazioni date di recente alla conferenza Parasites to Prevention: Advances in the understanding of malaria e al Annual meeting of the American Society of Tropical Medicine and Hygiene.

Modeling the effects of vector control interventions in reducing malaria transmission, morbidity and mortality

Predicted impact of mosquito-stage transmission-blocking vaccines using an ensemble of microsimulations

Using ensemble modeling to predict the cost-effectiveness of pre-erythrocytic malaria vaccines

Modeling the effects of vector control interventions in reducing malaria transmission and disease

Grazie per il vostro continuo sostegno

Nick.

Dal Diario del Dr. David Baker

In passato ho descritto un nuovo approccio, usando Rosetta, per la progettazione di vaccini per i quali non esistono attualmente trattamenti efficaci di vaccinazione. L’HIV, per esempio, si è rivelato essere diabolicamente efficace a eludere il sistema immunitario e, come probabilmente sapete, nonostante il molto lavoro non esiste un vaccino veramente buono. In collaborazione con altri gruppi, Rosetta è stata utilizzata per progettare piccole proteine che presentano regioni "tallone d'Achille" del virus al sistema immunitario, in modo da stimolare la produzione di anticorpi che riconoscono queste regioni. Ci sono già state le prime pubblicazioni scientifiche a riguardo e, nonostante le proteine progettate non hanno ancora suscitato reazioni fortemente neutralizzanti, vi è un notevole entusiasmo per questo nuovo approccio. Potete trovare maggiori informazioni qui (in inglese).

È stato deciso di raddoppiare i crediti assegnati per le WU particolarmente lunghe. In particolare per quelle oltre i 2.200 crediti "normali".

Il progetto Proth Prime Search (sieve) si prende una pausa. I risultati sino ad ora ottenuti devono essere analizzati per poi passare alla fase successiva.

Rosetta@home si può seguire ora anche su Twitter, una delle più famose piattaforme di social network disponibili in rete.

Importante annuncio da parte dei responsabili di QuantumFIRE: il progetto sarà offline per un lungo periodo (4-8 settimane) per effettuare il passaggio dalla fase "alfa" a quella "beta"... e probabilmente per iniziare a lavorare sulle nuove applicazioni scientifiche.

È stato aggiornato l'assimilator/validator di Milkyway nel tentativo di eliminare il problema sull'assegnazione di crediti avvenuto negli ultimi giorni. Si è infatti registrato un incremento ingiustificato nei crediti assegnati al termine delle elaborazioni.

Si dovranno attendere un paio di giorni per conoscere gli esiti dell'intervento odierno.

Il progetto sarà down finché non avremo rimodellato i server del database.

La macchina su cui era posizionato il database principale di BOINC è diventata troppo insicura per poter essere utilizzata ed il server di backup non ha la capacità di eseguire il progetto da solo.

La buona notizia è che abbiamo appena ordinato due nuovi server. Uno sarà il nuovo server di BOINC mentre l'altro sarà il nuovo server scientifico. La capacità di distribuire ed analizzare i dati aumenterà significativamente con questi due nuovi server.

Mentre ci prepareremo a farli funzionare, appena arriveranno, il progetto sarà fermo. Anche se nessuna nuova wu sarà distribuita, tutte le wu in sospeso saranno uploadate e accreditate. Il sito ed il forum rimarranno attivi per buona parte del tempo di rimodellazione.

I finanziamenti per i nuovi server sono venuti interamente dalla community si SETI@home grazie alle generose donazioni. 28 Ottobre 2010, 22:26:47 UTC

Valutazione attuale: 5 / 5

Benvenuti nella nuova versione del portale di BOINC.Italy! Ci sono voluti ben 10 giorni per completare il lavoro, durante i quali il sito è stato chiuso, ma ce l'abbiamo fatta! Qualche problemino tecnico ma soprattutto una stima sbagliata della mole di lavoro da fare, che è stato veramente tanto, ha prolungato l'attesa, ma speriamo che sia ripagata dal risultato ottenuto.

Valutazione attuale: 4 / 5

Segui gli aggiornamenti di BOINC.Italy tramite i nostri fedd RSS!

Tramite i feed RSS puoi ricevere gli aggiornamenti di tutto quell che viene pubblicato nel portale direttamente sul tuo desktop, utilizzando uno dei tanti aggregatori RSS esistenti integrati anche nei moderni browser.

Rimani aggiornato sugli articoli, le news dei progetti e gli interventi del forum utilizzando i relativi feed RSS di seguito elencati:

	BOINC.Italy	(Articoli + Blog)
	News progetti
	Forum

Nel caso riscontri problemi nell'utilizzo di nostri feed RSS, segnalaci il problema tramite la pagina contatti. Se hai bisogno di aiuto nell'utilizzo dei feed RSS o per qualsiasi altra richiesta/segnalazione, non esitare a scriverci sul forum!

Oltre ai feed RSS, puoi seguire e rimanere aggiornato su BOINC.Italy iscrivendoti alla nostra pagina facebook, o al nostro canale twitter!

Può capitare che un utente non abbia lo stesso CPID in tutti i progetti e quindi venga mostrato più di una volta nelle classifiche. Per far sì che BOINC unifichi correttamente il CPID tra i vari progetti è necessario che su almeno un PC siano agganciati tutti i progetti seguiti da quell'utente e che venga fatto un aggiornamento con ciascun server. Questa operazione verrà fatta automaticamente da BOINC, ma può essere forzata manualmente selezionando i progetti uno alla volta dall'interfaccia grafica avanzata e cliccando sul pulsante Aggiorna (o Update) nella barra di sinistra.

Naturalmente, l'indirizzo email usato per l'iscrizione dovrà essere identico su tutti i progetti. In caso contrario, esso dovrà essere modificato manualmente sul sito del progetto.

Valutazione attuale: 5 / 5

Il RAC (Recent Average Credit) è un'unità di misura della potenza di calcolo messa a disposizione dall'utente. In pratica il RAC è una media giornaliera dei crediti accumulati nell'ultimo periodo (15 giorni circa). Più alto è il RAC, più si accumulano velocemente crediti.

Alcuni siti di statistica calcolano altre unità di misura parzialmente differenti rispetto al RAC calcolato dai singoli progetti.

Le statistiche presenti sul portale BOINC.Italy riportano i dati e la quantità di elaborazione effettuata dei vari membri, progetti e gruppi del team BOINC.Italy. Le statistiche sono personalizzate per il team e sviluppate per mostrare anche il contributo dei vari gruppi interni al team secondo i TAG presenti nel nick degli utenti. Chi volesse partecipare in BOINC.Italy come gruppo interno (ad esempio un gruppo di amici, una community di un sito/portale web, una azienda/associazione/ente, ecc) può creare il proprio gruppo direttamente dalla pagina della statistiche (vedi informazioni dettagliate più avanti).

Le statistiche si aggiornano automaticamente ogni ora, prendendo i dati dai siti web dei vari progetti BOINC. Può capitare che un progetto sia momentaneamente off line o che non sia raggiungibile, oppure semplicemente che l'aggiornamento non vada a buon fine. I dati rimarranno quindi non aggiornati per qualche ora. La lista dei progetti riporta, evidenziandoli in rosso i progetti le cui statistiche non sono aggiornate.

Le statistiche sono semplicemente classifiche costruite a partire dai crediti accumulati da un utente o da un team. Non hanno alcuno scopo se non quello di misurare il contributo alla ricerca di ogni utente, cioè la quantità di potenza elaborativa donata alla scienza dai vari partecipanti.

Anche sul portale di BOINC.Italy è presente una sezione dedicata alle statistiche. Si tratta di statistiche personalizzate per il team e sono illustrate più in basso.

Valutazione attuale: 4 / 5

I crediti sono, in parole semplici, la misura del contributo di ognuno ai vari progetti BOINC. Per ogni pacchetto di dati elaborato (detto Work Unit) riceverete un certo punteggio (chiamato ufficialmente Cobblestone) che riflette la quantità di calcoli che il vostro computer ha dovuto effettuare durante l'elaborazione. Tutti i progetti BOINC tengono traccia dei crediti assegnati a ogni utente e a ogni computer.

Esistono inoltre numerosi siti internet che aggregano i crediti degli utenti e forniscono statistiche e classifiche approfondite. I crediti non danno diritto ad altro se non a scalare le classifiche.

Sono detti claimed credits quelli richiesti dal vostro pc come compenso per il lavoro svolto; dipendono dalla vostra potenza di elaborazione (i benchmark calcolati da BOINC) e dal tempo necessario a concludere la Work Unit. I crediti richiesti rimangono in fase di pending (in sospeso) fino alla risposta degli altri computer coinvolti nella vostra WU, solo a quel punto i crediti vengono assegnati (granted credits). I crediti assegnati possono differire dai crediti richiesti a causa delle differenze con gli altri pc che hanno elaborato la stessa WU.

Sì e No. Fino a poco fa, il multithreading in BOINC era considerato poco conveniente e ogni WU veniva assegnata a un solo core alla volta. In effetti il 99% dei progetti continua a seguire questa filosofia.

Attualmente, l'unico progetto che consente di elaborare in multithreading è AQUA.

NO, la deadline è scelta arbitrariamente dai gestori del progetto e calcolata al momento del download della WU. Non è possibile modificarla in alcun modo. Questo è molto importante: le date di scadenza sono scelte in modo che la mancata elaborazione di una WU da parte di un solo utente non possa compromettere l'avanzamento dell'intero progetto.

Se non riuscite a completare le elaborazioni entro la data di scadenza, potete aprire un thread sul forum chiedendo un elenco di progetti con deadline più lunghe.

• saturazione della memoria ram: le WU in elaborazione restano generalmente in memoria anche quando non sono effettivamente elaborate, con conseguente rischio di riempire la ram e rallentare l'intero sistema
• superamento delle deadline: tutte le Work Unit hanno una scadenza (detta deadline) entro la quale vanno necessariamente elaborate. Se non terminate l'elaborazione della WU in tempo utile, questa verrà passata ad un altro utente e voi sarete costretti a scaricare un'altra WU ripartendo da 0. Ovviamente, se agganciate troppi progetti, se avete un computer poco potente o se tenete acceso il pc solo poche ore al giorno, questo problema potrebbe presentarsi abbastanza frequentemente. Naturalmente le deadline sono in genere proporzionate al carico di lavoro richiesto per l'elaborazione e tutto il sistema è stato pensato per ridurre al minimo il rischio di superare le scadenze.

Per qualsiasi dubbio, potete chiedere nel forum.

Ovviamente il computer funziona grazie alla corrente elettrica ed è chiaro che un pc acceso consuma energia. Secondo il nostro parere, però, utilizzare un computer già acceso per elaborare dati scientifici porta vantaggi che superano decisamente gli svantaggi causati da un piccolo aumento nel consumo di corrente. Negli ultimi anni, il proliferare degli abbonamenti "adsl flat" ha portato molti utenti a lasciare il proprio computer acceso 24 ore su 24 solo per scaricare da internet. Questo è indubbiamente uno spreco che non può essere in alcun modo paragonato all'utilizzo di BOINC.

Inoltre, l'impatto sul clima dei 600.000 computer della rete BOINC è assolutamente risibile. Assumendo un consumo di 100 Watt per ogni pc e immaginando che tutti questi computer rimangano costantemente accesi, possiamo stimare un'emissione di CO2 pari a circa 0,001% del totale delle emissioni terrestri. Agli utenti BOINC questo sembra tutto sommato uno spreco ragionevole, considerata la possibilità di partecipare attivamente al progresso scientifico.

BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing) è un programma open source sviluppato dall'Università di Berkely, in California, con lo scopo di consentire a qualunque centro di ricerca di usufruire dell'enorme potenza di calcolo dei milioni di personal computer sparsi per il mondo.

Il progetto BOINC è supportato dalla National Science Foundation americana.

Sì, il fatto che sia un programma usato da migliaia di utenti in tutto il mondo è la garanzia che BOINC non contenga o faccia da tramite per la trasmissione di alcun virus o malware.

Inoltre, BOINC non contiene spyware e non è richiesto l'inserimento di dati personali durante la registrazione. Il programma analizzerà solamente il vostro processore, la quantità di RAM e il sistema operativo installato, ma tutti questi dati potranno essere nascosti agli altri utenti. L'indirizzo email richiesto per l'iscrizione rimarrà nascosto.