BOINC.Italy
La community italiana dedicata al calcolo distribuito
Galaxy Zoo è stato importante (e lo è ancora) non solo per la sua incredibile popolarità, ma anche perché ha prodotto risultati scientifici unici e scoperte inaspettate, derivanti dal lavoro di classificazione delle galassie fatto dai visitatori del sito. Il progetto si è evoluto attraverso due fasi (Galaxy Zoo e in seguito Galaxy Zoo 2) per approdare poi recentemente alla fase Hubble in cui si utilizzano le immagini scattate dal famosissimo telescopio della NASA.



L'insieme dei progetti che contiene sono portati avanti dalla Citizen Science Alliance, organizzazione che collabora con molti istituti accademici e altri partner mondiali per produrre dei progetti che sfruttano le abilità dei volontari per aiutare gli scienziati con le loro ricerche. Per la maggior parte si tratta di progetti a sfondo astronomico.
ZOOniverse iniziò, come già detto, dal progetto Galaxy Zoo che fu lanciato nel luglio del 2007. Il suo team di sviluppo si aspettava una tranquilla vita di ricerca ma fu sopraffatto dalla risposta del pubblico al progetto e quando riuscì a ripristinare i server dal sovraccarico, iniziò a pianificare un futuro ancora più grandioso! GalaxyZoo non fu importante solo per la sua incredibile popolarità (e lo è ancora), ma anche perché produsse risultati scientifici unici e scoperte inaspettate, derivanti dal lavoro di classificazione delle galassie fatto dai visitatori del sito.
Ci sono diversi progetti all'interno di ZOOniverse, molti regolarmente operativi, alcuni appena partiti e altri in cantiere.
Si tratta in tutti i casi di riconoscere, classificare, scoprire dei corpi o dei fenomeni partendo da foto ad alta risoluzione prese da telescopi robotizzati oppure da qualche laboratorio qui sulla Terra. Non c'è bisogno di installare alcun software sul proprio computer e il percorso di apprendimento è graduale.
Il programma BOINC utilizza due cartelle, una cartella del programma e una cartella dei dati. Nella prima c'è il core client di BOINC, il boinc.exe cuore del sistema e il BOINC Manager cioè l'interfaccia grafica per gestirlo, le skin dell'interfaccia e le localizzazioni nella lingua del proprio paese. Nella seconda ci sono i dati dei progetti, applicazioni, WU, errori e icone.
Dove trovare la cartella del programma: ci sono delle posizioni di default delle cartelle per i vari sistemi operativi; se le avete modificate in fase di installazione non è detto che si trovino nella stessa posizione. Il progetto World Community Grid consiglia vivamente di non modificare le impostazioni di default in fase di installazione.
Windows XP/2000 -> C:\Programmi\BOINC -oppure- C:\Program Files\BOINC
Windows Vista -> C:\Program Files\BOINC
Linux -> /var/lib/boinc-client -oppure- ~/BOINC
Dove trovare la cartella dei dati: BOINC registra la posizione della cartella dei dati all'apertura del BOINC Manager nella scheda Messaggi.
Un esempio preso da Windows XP:
Starting BOINC client version 6.2.28 for windows_intelx86
log flags: task, file_xfer, sched_ops, cpu_sched
Libraries: libcurl/7.19.0 OpenSSL/0.9.8i zlib/1.2.3
Running as a daemon
Data directory: C:\Documents and Settings\All Users\Application Data\BOINC
Ci sono delle posizioni di default delle cartelle per i vari sistemi operativi; se le avete modificate in fase di installazione non è detto che si trovino nella stessa posizione. Si consiglia vivamente di non modificare le impostazioni di default in fase di installazione.
Windows XP/2000 -> C:\Documents and Settings\All Users\Application Data\BOINC
Windows Vista -> C:\ProgramData\BOINC
Linux -> /var/lib/boinc-client -oppure- ~/BOINC
OSX -> /Library/Application Support/BOINC Data
FreeBSD -> /var/db/boinc
NOTA: normalmente la cartella dei dati su Windows è "nascosta", non è visibile all'utente standard a meno che non si abiliti la visualizzazione delle cartelle nascoste dal menù Strumenti --> Opzioni cartella
All'interno della cartella dei dati vi sono:
Per questa FAQ ringraziamo l'utente baxnimis e il sito calcolodistribuito.it.
Le statistiche combinate sono stilate sommando i crediti degli account di uno stesso utente nei vari progetti. Ma come si fa a sapere quali sono gli account appartenenti ad uno stesso utente nei diversi progetti? Questo è possibile grazie al CPID (Cross Project IDentifier), un codice univoco ricavato dall'indirizzo email utilizzato per l'iscrizione a un progetto. Se l'utente utilizza la stessa email in tutti i progetti a cui partecipa, il suo CPID sarà identico su tutti i progetti e le statistiche combinate funzioneranno correttamente.
Nel caso si siano utilizzate email diverse su alcuni progetti, per unificare il CPID è sufficiente modificare l'email dal proprio profilo sul sito del progetto. Sarà poi necessario agganciare tutti i progetti a cui si è iscritti sullo stesso pc in modo che il client BOINC possa sincronizzare correttamente i diversi account.
2,2086L è stato fattorizzato. Il cofattore composito è il prodotto di due numeri primi di 55 e 149 cifre.
Prosegue inoltre il lavoro sui numeri 5,895M e 2,997+.
Come possiamo aiutare a prevedere che effetti hanno avuto i cambiamenti al clima indotti dall'uomo sugli eventi climatici estremi? Partecipando al nuovo progetto Weather@home sviluppato da Climateprediction.net in collaborazione con Microsoft, la Commissione Europea e il quotidiano inglese Guardian.Da un messaggio di uno scienziato del progetto.
Ciao,
come avrete letto sul blog di David Baker, recentemente abbiamo avuto molti interessanti sviluppi sul fronte dell’emoagglutinina influenzale, tra cui una struttura cristallina che conferma una delle progettazioni a computer e dei dati biochimici rispetto ad un’altra progettazione che dimostrano che la proteina inibisce l'azione dell’emoagglutinina. Speriamo che questo significhi che queste proteine possano servire come piattaforma per lo sviluppo di medicinali e diagnostica per molti tipi diversi di influenza. Più in generale, l’idea che la progettazione di proteine al computer potrebbe produrre proteine utili come anticorpi è un segno di maturità in questo campo. Sono molto lieto di ricordare anche che entrambe queste progettazioni, come l'80% delle proteine che abbiamo generato nel progetto emoagglutinina, provengono dai vostri computer su Rosetta@Home. Questo progetto è stato così complesso che senza le vostre stupefacenti risorse sarebbe stato impossibile ottenere dei leganti funzionanti.
Riguardo ad un lavoro analogo, stiamo progettando più leganti putativi di RhoA, quindi vedrete più lavori di progettazione con l'etichetta "progettazione di inibitori di RhoA". Ho già introdotto RhoA in questo post.
Grazie mille! Sarel.
Abbiamo, recentamente, analizzato un sacco di risultati delle simulazioni sperimentali che sono state fatte negli ultimi mesi. Alcuni dei risultati sono attualmente in fase di scrittura per la pubblicazione, altri sono già stati presentati alla communità di ricerca sulla malaria nel corso dei meeting scientifici. Ecco i link dei riassunti delle presentazioni date di recente alla conferenza Parasites to Prevention: Advances in the understanding of malaria e al Annual meeting of the American Society of Tropical Medicine and Hygiene.
Using ensemble modeling to predict the cost-effectiveness of pre-erythrocytic malaria vaccines
Modeling the effects of vector control interventions in reducing malaria transmission and disease
Grazie per il vostro continuo sostegno
Nick.
Dal Diario del Dr. David Baker
In passato ho descritto un nuovo approccio, usando Rosetta, per la progettazione di vaccini per i quali non esistono attualmente trattamenti efficaci di vaccinazione. L’HIV, per esempio, si è rivelato essere diabolicamente efficace a eludere il sistema immunitario e, come probabilmente sapete, nonostante il molto lavoro non esiste un vaccino veramente buono. In collaborazione con altri gruppi, Rosetta è stata utilizzata per progettare piccole proteine che presentano regioni "tallone d'Achille" del virus al sistema immunitario, in modo da stimolare la produzione di anticorpi che riconoscono queste regioni. Ci sono già state le prime pubblicazioni scientifiche a riguardo e, nonostante le proteine progettate non hanno ancora suscitato reazioni fortemente neutralizzanti, vi è un notevole entusiasmo per questo nuovo approccio. Potete trovare maggiori informazioni qui (in inglese).
È stato deciso di raddoppiare i crediti assegnati per le WU particolarmente lunghe. In particolare per quelle oltre i 2.200 crediti "normali".
Il progetto Proth Prime Search (sieve) si prende una pausa. I risultati sino ad ora ottenuti devono essere analizzati per poi passare alla fase successiva.
Rosetta@home si può seguire ora anche su Twitter, una delle più famose piattaforme di social network disponibili in rete.
Importante annuncio da parte dei responsabili di QuantumFIRE: il progetto sarà offline per un lungo periodo (4-8 settimane) per effettuare il passaggio dalla fase "alfa" a quella "beta"... e probabilmente per iniziare a lavorare sulle nuove applicazioni scientifiche.
The Charity Engine™ sta per lanciare la più veloce, economica, eco-sostenibile - e anche la più etica - piattaforma di calcolo distribuito al mondo. Questo è quello che annuncia il sito ufficiale del progetto... sarà vero? Vedremo.
Ci sono stati dei notevoli passi avanti nel nostro lavoro di sviluppo di metodi per la progettazione di proteine che possano legarsi e bloccare le attività di altre proteine bersaglio. Al momento ci sono 3 bersagli per i quali abbiamo già non solo progettato ma anche sperimentato dei leganti: un enzima chiamato lisozima molto usato come "modello", una proteina coinvolta nella biosintesi batterica che causa la tubercolosi, una proteina chiave presente sulla superficie del virus influenzale H1N1. Nell'ultimo caso i nostri collaboratori hanno già risolto (determinato) la struttura reale della proteina, progettata da noi, legata al virus e la somiglianza con il modello computazionale è davvero elevata!È stato aggiornato l'assimilator/validator di Milkyway nel tentativo di eliminare il problema sull'assegnazione di crediti avvenuto negli ultimi giorni. Si è infatti registrato un incremento ingiustificato nei crediti assegnati al termine delle elaborazioni.
Si dovranno attendere un paio di giorni per conoscere gli esiti dell'intervento odierno.
Il progetto sarà down finché non avremo rimodellato i server del database.
La macchina su cui era posizionato il database principale di BOINC è diventata troppo insicura per poter essere utilizzata ed il server di backup non ha la capacità di eseguire il progetto da solo.
La buona notizia è che abbiamo appena ordinato due nuovi server. Uno sarà il nuovo server di BOINC mentre l'altro sarà il nuovo server scientifico. La capacità di distribuire ed analizzare i dati aumenterà significativamente con questi due nuovi server.
Mentre ci prepareremo a farli funzionare, appena arriveranno, il progetto sarà fermo. Anche se nessuna nuova wu sarà distribuita, tutte le wu in sospeso saranno uploadate e accreditate. Il sito ed il forum rimarranno attivi per buona parte del tempo di rimodellazione.
I finanziamenti per i nuovi server sono venuti interamente dalla community si SETI@home grazie alle generose donazioni. 28 Ottobre 2010, 22:26:47 UTC
Benvenuti nella nuova versione del portale di BOINC.Italy! Ci sono voluti ben 10 giorni per completare il lavoro, durante i quali il sito è stato chiuso, ma ce l'abbiamo fatta! Qualche problemino tecnico ma soprattutto una stima sbagliata della mole di lavoro da fare, che è stato veramente tanto, ha prolungato l'attesa, ma speriamo che sia ripagata dal risultato ottenuto.
BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing) è una piattaforma open source universale che permette agli scienziati di sfruttare il calcolo distribuito volontario per le proprie ricerche.
BOINC è un programma che permette la sottoscrizione a uno o più progetti di calcolo distribuito volontario (sono ormai decine): una volta che il programma è installato sul proprio computer, scaricherà i dati dai server BOINC, quelli dei progetti a cui ci si è connessi, e li elaborerà. BOINC utilizza i tempi morti del proprio computer (che sia Windows, Mac, Linux, sia su CPU che su GPU) per aiutare la ricerca. E' utile, sicuro e facile da usare.
Abbiamo suddiviso i vari progetti BOINC in base al loro ambito di ricerca; nel riquadro che segue potrete trovare una lista completa dei progetti di facile consultazione.
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Nell’ambiente del calcolo distribuito sono ormai numerosi i progetti che si occupano della struttura delle proteine. Si va dal più famoso Rosetta@home a Human Protein Folding (WCG) fino ad arrivare al più recente POEM@home. Tutto questo sottolinea quanto sia importante e allo stesso tempo problematico in campo biomedico riuscire a predire la struttura tridimensionale di una proteina.
Può capitare che un utente non abbia lo stesso CPID in tutti i progetti e quindi venga mostrato più di una volta nelle classifiche. Per far sì che BOINC unifichi correttamente il CPID tra i vari progetti è necessario che su almeno un PC siano agganciati tutti i progetti seguiti da quell'utente e che venga fatto un aggiornamento con ciascun server. Questa operazione verrà fatta automaticamente da BOINC, ma può essere forzata manualmente selezionando i progetti uno alla volta dall'interfaccia grafica avanzata e cliccando sul pulsante Aggiorna (o Update) nella barra di sinistra.
Naturalmente, l'indirizzo email usato per l'iscrizione dovrà essere identico su tutti i progetti. In caso contrario, esso dovrà essere modificato manualmente sul sito del progetto.
Il RAC (Recent Average Credit) è un'unità di misura della potenza di calcolo messa a disposizione dall'utente. In pratica il RAC è una media giornaliera dei crediti accumulati nell'ultimo periodo (15 giorni circa). Più alto è il RAC, più si accumulano velocemente crediti.
Alcuni siti di statistica calcolano altre unità di misura parzialmente differenti rispetto al RAC calcolato dai singoli progetti.
Le statistiche presenti sul portale BOINC.Italy riportano i dati e la quantità di elaborazione effettuata dei vari membri, progetti e gruppi del team BOINC.Italy. Le statistiche sono personalizzate per il team e sviluppate per mostrare anche il contributo dei vari gruppi interni al team secondo i TAG presenti nel nick degli utenti. Chi volesse partecipare in BOINC.Italy come gruppo interno (ad esempio un gruppo di amici, una community di un sito/portale web, una azienda/associazione/ente, ecc) può creare il proprio gruppo direttamente dalla pagina della statistiche (vedi informazioni dettagliate più avanti).
Le statistiche si aggiornano automaticamente ogni ora, prendendo i dati dai siti web dei vari progetti BOINC. Può capitare che un progetto sia momentaneamente off line o che non sia raggiungibile, oppure semplicemente che l'aggiornamento non vada a buon fine. I dati rimarranno quindi non aggiornati per qualche ora. La lista dei progetti riporta, evidenziandoli in rosso i progetti le cui statistiche non sono aggiornate.
Le statistiche sono semplicemente classifiche costruite a partire dai crediti accumulati da un utente o da un team. Non hanno alcuno scopo se non quello di misurare il contributo alla ricerca di ogni utente, cioè la quantità di potenza elaborativa donata alla scienza dai vari partecipanti.
Anche sul portale di BOINC.Italy è presente una sezione dedicata alle statistiche. Si tratta di statistiche personalizzate per il team e sono illustrate più in basso.
I crediti sono, in parole semplici, la misura del contributo di ognuno ai vari progetti BOINC. Per ogni pacchetto di dati elaborato (detto Work Unit) riceverete un certo punteggio (chiamato ufficialmente Cobblestone) che riflette la quantità di calcoli che il vostro computer ha dovuto effettuare durante l'elaborazione. Tutti i progetti BOINC tengono traccia dei crediti assegnati a ogni utente e a ogni computer.
Esistono inoltre numerosi siti internet che aggregano i crediti degli utenti e forniscono statistiche e classifiche approfondite. I crediti non danno diritto ad altro se non a scalare le classifiche.
Sono detti claimed credits quelli richiesti dal vostro pc come compenso per il lavoro svolto; dipendono dalla vostra potenza di elaborazione (i benchmark calcolati da BOINC) e dal tempo necessario a concludere la Work Unit. I crediti richiesti rimangono in fase di pending (in sospeso) fino alla risposta degli altri computer coinvolti nella vostra WU, solo a quel punto i crediti vengono assegnati (granted credits). I crediti assegnati possono differire dai crediti richiesti a causa delle differenze con gli altri pc che hanno elaborato la stessa WU.
Sì e No. Fino a poco fa, il multithreading in BOINC era considerato poco conveniente e ogni WU veniva assegnata a un solo core alla volta. In effetti il 99% dei progetti continua a seguire questa filosofia.
Attualmente, l'unico progetto che consente di elaborare in multithreading è AQUA.
NO, la deadline è scelta arbitrariamente dai gestori del progetto e calcolata al momento del download della WU. Non è possibile modificarla in alcun modo. Questo è molto importante: le date di scadenza sono scelte in modo che la mancata elaborazione di una WU da parte di un solo utente non possa compromettere l'avanzamento dell'intero progetto.
Se non riuscite a completare le elaborazioni entro la data di scadenza, potete aprire un thread sul forum chiedendo un elenco di progetti con deadline più lunghe.
Per qualsiasi dubbio, potete chiedere nel forum.